×
Lee，Ha Youn先生;Elena E.乔治。;布兰登·F·基尔。;布莱恩·加斯琴;盖亚提里·阿特里亚。;萨拉扎尔·冈萨雷斯，耶稣·F·。;Pham，Kimmy T。;保罗·戈普弗特。;迈克尔·基尔比，J。;迈克尔·萨格。;埃里克·德尔沃特。;Michael P.布施。;比阿特丽斯·哈恩。;乔治·M·肖。;Bette T.Korber。;坦莫·巴塔查里亚;艾伦·S·佩雷尔森。

急性HIV-1感染的序列进化建模。 （英语） Zbl 1403.92296号

J.西奥。生物。 261，第2期，341-360（2009）.
摘要：我们描述了急性感染期间病毒进化的数学模型和蒙特卡罗（MC）模拟。我们考虑新靶细胞病毒感染的同步和异步过程。该模型能够评估源于单一传播病毒株的新HIV-1感染的预期序列多样性，估计传播病毒谱系的最新共同祖先（MRCA），以及估计合并回MRCA的时间。我们还计算了MRCA成为传播病毒或进化变异病毒的概率。排除插入和删除，我们假设HIV-1在免疫应答之前的HIV-1感染早期阶段是通过无选择压力的碱基替换进化的。与沿袭谱系向后聚合的系统发育方法不同，我们将观察到的数据与病毒种群随时间向前变化的模型进行了比较。为了说明这些方法的应用，我们将模型和模拟结果与在单个时间点从八名新感染者获得的306个包络序列进行了详细的比较。来自68名患者的数据与模型预测一致，因此与在无选择压力下演变的单菌株感染相一致。其他两名患者的样本差异太大，无法用模型进行解释，这表明有多种HIV-1毒株传播。该模型还可以应用于纵向患者数据，以估计宿主内病毒的进化参数。

引用于6文件

理学硕士：

92天30分 流行病学
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
92C60型 医学流行病学
92-02 与生物学有关的研究博览会（专著、调查文章）
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

艾滋病病毒1型;人口动力学;病毒进化

软件：

野兽
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\textit{H.Y.Lee}等人，J.Theor。生物志261，第2341-360号（2009年；Zbl 1403.92296）
全文： 内政部 链接

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