×

树状网状网络——什么时候树状距离也支持网状进化? (英语) Zbl 1315.92053号

摘要:杂交进化和水平基因转移(HGT)是通过网状网络比通过树更准确地描述进化关系的过程。在这样一个网络中,任何两个现存物种之间通常会有多条路径,这反映了遗传物质可能从共同祖先传给这些物种的可能路径。这些路径通常具有不同的长度,但任何两个分类群之间的“平均距离”仍然可以计算。在本文中,我们询问这个平均距离是否能够区分网状进化和纯树状进化。我们考虑两种类型的网状网络:杂交网络和HGT网络。对于前者,我们建立了一个一般结果,表明现有分类群之间的平均距离可以呈现树状,但仅在靠近根的单一杂交事件下;在所有其他情况下,这两种进化形式可以通过平均距离来区分。对于HGT网络,我们展示了一些类似但更复杂的结果。

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
92D15型 与进化有关的问题
05C90年 图论的应用
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用

参考文献:

[1] Felsenstein,J.,《推断系统发育》(Inferring Phylogenies)(2004年),西诺尔出版社
[2] McBreen,K。;洛克哈特,P.L.,重建植物的网状进化历史,《植物科学趋势》。,11, 8, 398-404 (2006)
[3] Huson,D.H。;鲁普,R。;Scornavaca,C.,《系统发育网络》(2010),剑桥大学出版社
[4] Huson,D.H。;Bryant,D.,进化研究中系统发育网络的应用,分子生物学。演变。,23, 254-267 (2006)
[5] 纳赫勒,L。;沃诺,T。;Linder,C.R.,《重建物种中的网状进化:理论与实践》,J.Compute。《生物学》,12796-811(2005)
[6] 霍尔德,M.T。;安德森,J.A。;Holloway,A.K.,检测杂交的困难,系统。生物学,50,6978-982(2001)
[7] 荷兰,B。;边沁,S。;洛克哈特,P.J。;莫尔顿,V。;Huber,K.T.,超网络通过基因树集合区分杂交和谱系分类的能力,BMC Evol。生物学,8202(2008)
[8] 林茨,S。;Semple,C。;Stadler,T.,《在时间约束下分析和重建网状网络》,J.Math。生物学,61715-737(2010)·Zbl 1205.92028号
[9] Bullini,L.,《动物杂交种的起源和进化》,Trends Ecol。演变。,9, 11, 422-426 (1994)
[10] 达根,T。;Artzy Randrup,纽约州。;Martin,W.,《模块化网络和原核生物基因组进化中横向转移的累积影响》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,105,10039-10044(2008)
[11] Semple,C。;Steel,M.,《系统发育学》(2003),牛津大学出版社·Zbl 1043.92026
[12] Cardona,G。;罗塞洛,G。;Valiente,G.,树-儿童系统发育网络的比较,IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。,6, 4, 552-569 (2009)
[13] 范·埃尔塞尔,L。;Semple,C。;Steel,M.,《在系统发育网络中定位树》,Inf.Process。莱特。,110, 1037-1043 (2010) ·Zbl 1379.68184号
[15] 连衣裙,A。;Huber,K.T。;Koolen,J。;莫尔顿,V。;Spillner,A.,《基本系统发育组合学》(2012),剑桥大学出版社·Zbl 1298.92008年
[16] Willson,S.J.,某些系统发育网络上的树平均距离具有唯一确定的权重,《分子生物学算法》。,7, 13 (2012)
[17] Willson,S.,从树平均距离重建某些系统发育网络,公牛。数学。生物学,75,10,1840-1878(2013)·Zbl 1275.92084号
[18] Durrett,R.,DNA序列进化的概率模型(2008),施普林格·Zbl 1311.92007年
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。