艾哈迈德·西迪（Ahmed Sidi）、穆罕默德·莱明（Mohamed Lemine）;罗南·博基隆;哈菲德省穆罕默德·巴布;谢赫·迪希;艾曼纽·奈伦;阿穆尔·苏卡尔;穆罕默德·法鲁克·纳内 解决一对一串图问题的改进方法。 （英语） Zbl 1511.90398号 计算。操作。物件。 138，文章ID 105584，8 p.（2022）. 摘要：网络比较是生物、社会和通信网络分析中的一个基本问题，最近的网络比较要求在相似的顶点集上同时挖掘多个网络。在这项工作中，我们研究了输入由同一顶点集上的有向无环图（D）和无向图（G）组成的情况。然后，目标是找到（D）中的最长路径（P），该路径的顶点诱导了（G）的连通子图。这个问题是已知的（mathcal{NP}）-难问题，在生物网络分析中有直接的应用，在社会、信息和通信网络分析中也有可预见的应用。我们在下文中对现有的基于整数线性规划的分枝定界方法和不同的求解方法进行了改进。我们还对模拟数据和实际数据进行了实验评估。 MSC公司： 90立方厘米 涉及图形或网络的编程 关键词：运筹学;生物信息学;生物网络的比较;线性规划;分叉装订 软件：CoMetGeNe公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.L.Ahmed Sidi}等人，计算。操作。第138号决议，文章编号105584，第8页（2022年；Zbl 1511.90398） 全文： 内政部 参考文献： [1] Abdelmaguid，T.F.，最小生成树问题的有效混合整数线性规划模型，数学，6，10，1-17（2018）·Zbl 1515.90064号 [2] Aderem，A.，《系统生物学：实践与挑战》，《细胞》，121，4511-513（2005） [3] Babou，H.M.，《Réseaux生物制品生物制品比较》，第1-145页（2012年） [4] Barabasi，A.-L.，《无标度网络：十年及其后》，《科学》，325，5939，412-413（2009），网址https://science.sciencemag.org/content/325/5939/412 ·Zbl 1226.91052号 [5] Barabasi，A.-L。；Albert，R.，《随机网络中尺度的出现》，《科学》，286，5439，509-512（1999）·Zbl 1226.05223号 [6] Błażewicz，J。；Formanowicz，P。；Kasprzak，M.，《计算生物学的选定组合问题》，欧洲期刊。决议，161，3，585-597（2005），URLhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0377221704002218 ·Zbl 1176.90484号 [7] Blazewicz，J。；Kasprzak，M。；Kierzynka，M。；弗洛姆贝格，W。；斯威克斯，A。；Wojciechowski，P。；Zurkowski，P.，《DNA测序的图形算法——起源、当前模型和未来》，欧洲期刊。第264、3799-812号决议（2018年）·Zbl 1375.92041号 [8] Blin，G.、Fertin，G.，Mohamed-Babou，H.、Rusu，I.、Sikora，F.、Vialette，S.，2011年。异质生物网络比较的算法方面，见：计算机科学讲义（包括人工智能子系列讲义和生物信息学讲义）6831 LNCS，第272-286页·Zbl 1342.68153号 [9] Bordron，P。；Eveillard，D。；Rusu，I.，SIPPER:一种将异构数据集成到代谢网络中的灵活方法，（2011年IEEE第一届生物和医学计算进展国际会议（ICCABS）（2011年）），40-45 [10] Boyer，F。；Morgat，A。；拉巴雷。；Pothier，J。；Viari，A.，合成子、代谢子和相互作用子：探索基因组和功能数据之间邻域的精确图论方法，生物信息学，21，23，4209-4215（2005） [11] 布鲁格曼，F。；Westehoff，H.，《系统生物学的本质》，TIM，15 1，45-50（2007） [12] Bunke，H.，2000年。图形匹配：理论基础、算法和应用，收录于：《视觉界面学报2000》，蒙特利尔，第82-88页。 [13] Captivo，M.E。；Clímaco，J.C.N。；Pascoal，M.M.B.，最小标签生成树问题的混合整数线性公式，计算。操作。研究，36，11，3082-3085（2009），URLhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S030054809000458 ·Zbl 1162.90575号 [14] 孔戴，D。；Foggia，P。；Sansone，C。；Vento，M.，《模式识别中的图形匹配三十年》，《国际模式识别杂志》。Artif公司。智力。，18, 03, 265-298 (2004) [15] 直径，F.C.S。；坎佩洛，M。；苏扎，C。；Andrade，R.，具有固定中心和终端的最小度约束最小生成树问题：复杂性，性质和公式，计算。操作。Res.，84，46-61（2017），URLhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0305054817300606 ·Zbl 1391.90602号 [16] Durek，P。；Walther，D.，代谢和蛋白质相互作用网络的综合分析揭示了新的分子组织原理，BMC系统。生物学，21-20（2008） [17] 埃文斯，G.E。；Sofronov，G.Y。；基思，J.M。；Kroese，D.P.，《通过交叉熵方法估计生物序列中的变化点》，Ann.Oper。Res.，189，1，155-165（2011）·Zbl 1234.62143号 [18] Fertin，G。；Komusewicz，C。；Mohamed-Babou，H。；Rusu，I.，《在异构网络中寻找支持的路径，算法》，8，4，810-831（2015）·Zbl 1461.68151号 [19] Fertin，G.，Mohamed Babou，H.，Rusu，I.，2012年。异构网络中的子网络挖掘算法，收录于：计算机科学课堂讲稿（包括人工智能子系列课堂讲稿和生物信息学课堂讲稿）7276 LNCS，第184-194页。 [20] Girvan，M。；Newman，M.E.J.，《社会和生物网络中的社区结构》，Proc。国家。阿卡德。科学。，99,77821-7826（2002），网址https://www.pnas.org/content/99/12/7821 ·Zbl 1032.91716号 [21] Huthmacher，C。；Gille，C。；Holzhütter，H.-G.，代谢网络中蛋白质相互作用的计算分析揭示了可能参与代谢通道的新酶对，J.Theoret。生物学，252，3，456-464（2008），URLhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519307004742。纪念莱因哈特·海因里希 [22] 李，I。；日期，S.V。；Adai，A.T。；Marcotte，E.M.，《酵母基因的R EPORTS网络》，《科学》，3061555-1558年11月（2004） [23] Martin，R.，使用分离算法生成混合整数模型重新公式，Oper。Res.Lett.公司。，10、3、119-128（1991），网址https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/016763779190028N ·Zbl 0747.90071号 [24] Matsuo，Y。；滨崎步，M。；Y.中村。；西村，T。；Hasida，K。；武田，H。；Mori，J。；Bollegala，D。；Ishizuka，M.，为语义Web旋转多个社交网络，Proc。国家。Conf.Artif公司。智力。，2, 1381-1387 (2006) [25] 穆萨维，S.R。；Tabataba，F.，最长公共子序列问题的一种改进算法，Comput。操作。研究，39，3，512-520（2012）·Zbl 1251.90395号 [26] Nakaya，A。；Goto，S。；Kanehisa，M.，通过多重图形比较提取相关基因簇，基因组信息。Int.Conf.基因组信息。，12, 44-53 (2001) [27] Ogata，H。；Fujibuchi，W。；Goto，S。；Kanehisa，M.，一种启发式图比较算法及其在检测功能相关酶簇中的应用，《核酸研究》，28，20，4021-4028（2000） [28] 南卡罗来纳州里森。；Teichmann，美国。；桑顿，J.M.，大肠杆菌小分子代谢酶的同源性、路径距离和染色体定位，分子生物学杂志。，318, 3, 911-932 (2002) [29] Shyu，S。；Tsai，C.-Y.，通过蚁群优化找到多个生物序列的最长公共子序列，计算。操作。决议，36，73-91（2009年）·Zbl 1176.90515号 [30] Silvestri，S。；拉波特，G。；Cerulli，R.，最小分支顶点生成树问题的分支切割算法，计算。操作。Res.，81322-332（2017），网址https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0305054816302726 ·Zbl 1391.90619号 [31] Tilk，C。；Irnich，S.，最优通信生成树问题的组合列与行生成，计算。操作。决议，93，113-122（2018），URLhttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0305054818300030 ·Zbl 1391.90165号 [32] Towfic，F。；Greenlee，M.H.W。；Honavar，V.，《使用模块化图形内核对齐生物分子网络》（Salzberg，S.L.；Warnow，T.，《生物信息学中的算法》（2009），施普林格-柏林-海德堡：施普林格–柏林-海德堡-柏林，海德堡），345-361 [33] Wernicke，S。；Rasche，F.，《利用当地多样性实现代谢途径的简单快速比对》，生物信息学，23,151978-1985（2007） [34] Zaharia，A。；拉比丹，B。；弗罗伊德沃，C。；Denise，A.，CoMetGeNe:挖掘代谢和基因组背景下的保守邻域模式，BMC生物信息学，20，1，1-20（2019） [35] 郑毅。；苏斯塔科夫斯基，J.D。；福特诺，L。；罗伯茨，R.J。；Kasif，S.，微生物基因组中操纵子的计算识别，基因组研究，13，1，1221-1230（2003） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。