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流动细胞中生物膜动力学的三维数值模拟及群体感应。 (英语) Zbl 1372.92062号

摘要:我们发展了生物膜的多相流体动力学理论,考虑了各种细菌表型、胞外聚合物(EPS)、群体感应(QS)分子、溶剂和抗生素之间的相互作用。在该模型中,细菌根据其QS能力分为下调QS、上调QS和非QS细胞。该模型首先与一项实验进行了对比,该实验与生物膜发育过程中QS分子浓度和细胞密度的实验测量结果非常吻合。然后将其应用于研究由于QS调节、流体动力学和抗菌处理的相互作用导致生物膜中异质结构的发展。我们的三维数值模拟证实了(i)。QS通过建立强大的EPS种群来保护生物膜,从长远来看有利于生物膜的形成;(ii)。当菌落空间足够近时,位于上游的生物膜可以诱导下游的QS;(iii)。QS诱导可能无法完全运行,甚至可能在强层流中受到影响;(v) 。水动力应力改变了生物膜的形态。通过进一步的数值研究,我们的模型表明(i)。QS调节的EPS生成有助于异质生物膜的结构形成;(ii)QS下调的细胞倾向于生长在生物膜表面,而QS上调的细胞则倾向于大量生长;(iii)当养分供应充足时,上游QS诱导可能比下游更有效;(iv)就对抗入侵菌株/物种而言,QS在短期内可能没有什么益处;(v) 生物质(细菌和EPS)的材料特性对强剪切流下QS分子的稀释有很大影响。此外,利用该模型框架,可以解决QS调节下与生物膜形成相关的流体动力学细节和流变量。

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92C99型 生理、细胞和医学主题
92立方厘米10 生物力学

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参考文献:

[1] Abraham W(2006)《控制革兰氏阳性致病菌的生物膜》,《现代医学化学》13(13):1509-1524·doi:10.2174/09298670677442039
[2] Almeida A、Amado I、Reynolds J、Berges J、Lythe G、Molina-Paris C、Freitas AA(2012),《cd4+t细胞稳态的群体感应:假说和模型》。前微生物3:125·doi:10.3389/fmicb.2012.00409
[3] Alpkvist E,Picioreanu C,van Loosdrecht M,Heyden A(2006),具有单个细胞和连续eps矩阵的三维生物膜模型。生物技术生物工程94(5):961-979·doi:10.1002/位20917
[4] Barbarossa MV、Kuttler C、Fekete A、Rothballer M(2010)恶臭假单胞菌群体感应的延迟模型。生物系统102:148-156·doi:10.1016/j.biosystems.2010.09.001
[5] Bayles KW(2007)《死亡和溶解在生物膜形成中的生物学作用》。《自然微生物评论》5(9):721-726·doi:10.1038/nrmicro1743
[6] Bell N,Garland M(2012)Cusp:稀疏矩阵和图形计算的通用并行算法(预印本)
[7] Cahn JW,Hilliard JE(1958)非均匀系统的自由能。I.界面自由能。化学物理杂志28(2):258-267·Zbl 1431.35066号 ·doi:10.1063/1.1744102
[8] Cahn JW(1959)非均匀系统的自由能。二、。热力学基础。化学物理杂志30(5):1121
[9] Cárcamo-Oyarce G,Lumjiaktase P,Kümmerli R,Eberl L(2015)群体感应触发单个细胞从恶臭假单胞菌生物膜中随机逃逸。国家公社6:5945·doi:10.1038/ncomms6945
[10] Chen LQ(2002)微观结构演变的相场模型。《材料研究年鉴》32(1):113-140·doi:10.1146/annurev.matsci.32.112001.132041
[11] Childs H、Brugger E、Whitlock B、Meredith J、Ahern S、Pugmire D、Biagas K、Miller M、Harrison C、Weber GH、Krishnan H、Fogal T、Sanderson A、Garth C、Bethel EW、Camp D、Rübel O、Durant M、Favre JM、Navrátil P(2012)访问:可视化和分析超大数据的最终用户工具。高性能可视化支持极端规模的科学。《洞察力》,第357-372页
[12] Chopp DL,Kirisits MJ,Moran B,Parsek MR(2002),细菌生物膜生长中群体感应的数学模型。《工业微生物生物技术杂志》29:339-346·Zbl 1334.92254号 ·doi:10.1038/sj.jim.7000316
[13] Chopp DL、Kirisits MJ、Moran B、Parsek MR(2003)《生物膜生长深度对群体感应的依赖性》。公牛数学生物学65:1053-1079·Zbl 1334.92254号 ·doi:10.1016/S0092-8240(03)00057-0
[14] Choudhary S,Schmidt-Dannert C(2010),群体感应在生物技术中的应用。应用微生物生物技术86:1267-1279·doi:10.1007/s00253-010-2521-7
[15] Cogan NG(2006)持久性形成对细菌对剂量反应的影响。理论生物学杂志238:694-703·Zbl 1445.92160号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2005.06.017
[16] Cogan NG(2011)部分堵塞通道中细菌生物膜消毒的计算探索。国际J数字方法生物识别工程27:1982-1995·Zbl 1241.92017年 ·doi:10.1002/cnm.1451
[17] Cogan NG,Keener JP(2004)生物膜基质在结构发育中的作用。数学医学生物学21(2):147-166·Zbl 1055.92034号 ·doi:10.1093/imammb/22.147
[18] Cogan NG,Keener JP(2005),凝胶中的通道形成。SIAM应用数学杂志65(6):1839-1854·Zbl 1114.74011号 ·doi:10.1137/040605515
[19] Cogan NG,Brown J,Darres K,Petty K(2012)具有持久性和易感动态的细菌种群消毒的最佳控制策略。抗菌剂Chemother 56(9):4816-4826·doi:10.1128/AAC.00675-12
[20] Dilanji G,Langebrake J,Leenher P,Hagen S(2012)《远距离群体激活:自诱导物信号扩散的基因调控时空模式》。美国化学学会杂志134:5618-5626·doi:10.1021/ja211593q
[21] Donlan RM(2002)《表面微生物生命的生物膜》。紧急传染病8(9):881-890·doi:10.3201/eid0809.020063
[22] Emerenii B,Hense B,Kuttler C,Eberl H(2015)群体感应诱导生物膜分离的数学模型。PLOS ONE 10(7):e0132385·doi:10.1371/journal.pone.0132385
[23] Emerenii B,Sonner S,Eberl H(2017)群体感应诱导生物膜扩散模型的数学分析和空洞效应的数值模拟。数学生物工程14(3):625-653·Zbl 1358.35203号
[24] Fauvart M、Phillips P、Bachaspatimayum D、Verstraeten N、Fransaer J、Michiels J、Vermant J(2012)铜绿假单胞菌菌落中细菌群集的表面张力梯度控制。软物质8:70-76·doi:10.1039/C1SM06002C
[25] Fekete A、Kuttler C、Rothballer M、Hense B、Fischer D、Buddrus-Schiemann K、Lucio M、Muller J、Schmitt-Kopplin P(2010)《假单胞菌中n-酰基高丝氨酸内酯生成和降解的动态调节》。FEMS微生物生态72:22-34·文件编号:10.1111/j.1574-6941.2009.00828.x
[26] Fozard JA、Lees M、King JR、Logan BS(2012)计算生物膜模拟中群体感应的抑制。生物系统109:105-114·doi:10.1016/j.biosystems.2012.02.002
[27] Frederick MR、Kuttler C、Hense BA、Muller J、Eberl HJ(2010),具有缓慢背景流的片状生物膜群落中群体感应的数学模型。数学应用能力Q 18(3):267-298·Zbl 1216.92028号
[28] Frederick MR、Kuttler C、Hense BA、Eberl HJ(2011)生物膜群落中群体感应调节eps生成的数学模型。Theor生物医学模型8(1):8·doi:10.1186/1742-4682-8-8
[29] Garcia-Aljaro C、Melado-Rovira S、Milton DL、Blanch AR(2012年),群体感应调节病毒性眼炎的生物膜形成。BMC微生物12:287·doi:10.1186/1471-2180-12-287
[30] Guttenplan SB,Kearns DB(2013)《生物膜形成过程中鞭毛运动的调节》。FEMS微生物版37(6):849-871·doi:10.1111/1574-6976.12018
[31] Hammer BK,Bassler BL(2003)群体感应控制螯合弧菌生物膜的形成。摩尔微生物50(1):101-114·doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03688.x
[32] Heithoff DM,Mahan MJ(2004)霍乱弧菌生物膜:卡在岩石和坚硬的地方之间。细菌学杂志186(15):4835-4837·doi:10.1128/JB.186.15.4835-4837.2004
[33] Hentzer M,Givskov M(2003)《群体感应治疗慢性细菌感染的药理学抑制》。临床研究杂志112(9):1300-1307·doi:10.1172/JCI20074
[34] Hinson R,Kocher W(1996)好氧生物膜有效扩散率模型。环境工程杂志122(11):1023-1030·doi:10.1061/(ASCE)0733-9372(1996)122:11(1023)
[35] Jabbari S、King JR、Williams P(2012a)金黄色葡萄球菌的跨序列群体感应抑制。第1部分:空间均匀模型。公牛数学生物学74(6):1292-3251·Zbl 1251.92007年 ·doi:10.1007/s11538-011-9701-1
[36] Jabbari S、King JR、Williams P(2012b)金黄色葡萄球菌的跨序列群体感应抑制。第二部分:空间非均匀模型。公牛数学生物学74(6):1326-1353·Zbl 1312.92019年 ·doi:10.1007/s11538-011-9702-0
[37] Keller L,Surette MG(2006),《细菌传播:生态学和进化的观点》。自然微生物评论4:249-258·doi:10.1038/nrmicro1383
[38] Kim MK,Ingremeau F,Zhao A,Basseler BL,Stone HA(2016)流动对细菌群体感应的局部和全局影响。自然微生物1:15005·doi:10.1038/nmicrobiol.2015.5
[39] Kirisits MJ、Margolis JJ、Purevdorj-Gage BL、Vaughan B、Chopp DL、Stoodley P、Parsek MR(2007)流体动力学环境对铜绿假单胞菌生物膜中群体感应的影响。细菌学杂志189:8357-8360·doi:10.1128/JB.01040-07
[40] Koerber AJ、King JR、Ward JP(2002)《铜绿假单胞菌颗粒厚度灼伤感染的数学模型:群体感应和入侵累积》。牛数学生物学64(239-259):239-258·兹比尔1334.92235 ·doi:10.1006/bulm.2001.0272
[41] Kommedal R,Bakke R,Dockery J,Stoodley P(2001)铜绿假单胞菌恒化器培养中细胞外聚合物物质的生成建模。水科学技术43(6):129-134
[42] Langebrake J、Dilanji G、Hagen S、Leenher P(2014),空间扩展细菌菌落中扩散群体感应信号的行波响应。《Theor生物学杂志》363:53-61·Zbl 1309.92038号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2014.07.033
[43] Lewis,K.,无文章标题,Persister cells。《微生物年鉴》,64,357-372(2010)·doi:10.1146/annurev.micro.112408.134306
[44] Lindley B,Wang Q,Zhang T(2011)生物膜-药物相互作用的多组分模型。离散控制动态系统序列B 15:417-456·Zbl 1209.92057号 ·doi:10.3934/dcdsb.2011.5.417
[45] Marketon MM,Glenn SA,Eberhard A,Gonzalez JE(2003)Quorum sensing controls exto polysaccharide in sinorrhizobium melioti。细菌学杂志185(1):325-331·doi:10.1128/JB.185.1.325-331.2003年
[46] Mature MG,Muller J,Kuttler C,Hense RA(2015)群体感应单细胞空间建模的近似方法。计算机生物学杂志22(3):227-235·doi:10.1089/cmb.2014.0198
[47] Miller M,Bassler B(2001),《微生物年鉴》55:165-199·doi:10.1146/annurev.micro.55.1.165
[48] Nadell CD、Xavier JB、Levin SA、Foster KR(2008)《细菌生物膜中群体感应的演变》。《公共科学图书馆·生物》6(1):0171-0179·doi:10.1371/journal.pbio.0060014
[49] Nealson K,Platt T,Hastings JW(1970)细菌发光系统合成和活性的细胞控制。细菌学杂志104(1):313-322
[50] Parsek MR,Tolker-Nielsen T(2008),铜绿假单胞菌生物膜中的模式形成。Curr Opin生物技术11:560-566
[51] Perez Velazquez J,Quinones B,Hense B,Kuttler C(2015)研究丁香假单胞菌群体感应调节及其异质性的数学模型。生态综合体21:128-141·doi:10.1016/j.ecocom.2014.12.003
[52] Picioreanu C,van Loosdrecht MCM,Heijnen JJ(1998),生物膜结构的数学建模与混合微分离散细胞自动机方法。生物技术生物工程58(1):101-116·doi:10.1002/(SICI)1097-0290(19980405)58:1<101::AID-BIT11>3.0.CO;2个月
[53] Popat R、Crusz S、Messina M、Williams P、West S、Diggle SP(2012)《细菌生物膜中的群体感知和欺骗》。Proc R Soc B Biol Sci生物科学期刊279(1748):4765-4771·doi:10.1098/rspb.2012.1976
[54] Quinones B,Pujol CJ,Lindow SE(2004)《丁香假单胞菌ahl生产的调节及其对附生适合度的贡献》。MPMI 17(5):521-531·doi:10.1094/MPMI.2004.17.5.521
[55] 醌类B、Dulla G、Lindow SE(2005),群体感应调节丁香假单胞菌的胞外多糖生产、运动和毒力。分子-植物-微生物相互作用18(7):682-693·doi:10.1094/MPMI-18-0682
[56] Roberts ME,Stewart PS(2005)通过形成持久性细胞,模拟生物膜中抗菌剂的保护作用。微生物学151:75-80·doi:10.1099/mic.0.27385-0
[57] Sakuragi Y,Kolter R(2007)铜绿假单胞菌生物膜基质基因(pel)的群体感应调节。细菌学杂志189(14):5383-5386·doi:10.1128/JB.00137-07
[58] Sanclement JA、Webster P、Thomas J、Ramadan HH(2005)慢性鼻窦炎患者手术标本中的细菌生物膜。喉镜115(4):578-582·doi:10.1097/01.mlg.0000161346.30752.18
[59] Shen Y,Stojic S,Haapasalo M(2011)洗必泰在不同发育阶段对生物膜中细菌的抗菌效果。《Endod杂志》37(5):657-661·doi:10.1016/j.joen.2011.02.007
[60] Shen Y,Zhao J,de la Fuente-Núñez C,Wang Z,Hancock RE,Roberts CR,Ma J,Li J,Haapasalo M,Wang Q(2016)多品种口服生物膜对氯己定治疗耐药性的实验和理论研究。科学报告6:27537。doi:10.1038/srep27537·doi:10.1038/srep27537
[61] Solano C、Echeverz M、Lasa I(2014),生物膜分散和群体感应。Curr Opin微生物18:96-104·doi:10.1016/j.mab.2014.02.008
[62] Sonner S,Efendiev MA,Eberl HJ(2011)关于斑块生物膜群落中群体感应数学模型的适定性。数学方法应用科学34:1667-1684·Zbl 1221.35214号 ·doi:10.1002/月1475日
[63] Stewart PS(1996)抗生素扩散到微生物生物膜的理论方面。抗菌剂Chemother 40(11):2517-2522
[64] Stewart PS(2003)生物膜中的扩散。细菌学杂志185(5):1485-1491·Zbl 1178.37101号 ·doi:10.1128/JB.185.5.1485-1491.2003
[65] Teodosio JS,Simóes M,Melo LF,Mergulhao FJ(2011),不同营养条件和湍流下流动细胞流体动力学及其对大肠杆菌生物膜形成的影响。生物污垢27(1):1-11·doi:10.1080/08927014.2010.535206
[66] Thompson JA、Oliveira RA、Djukovic A、Ubeda C、Xavier KB(2015)操纵群体感应信号ai-2影响抗生素治疗的肠道微生物群。细胞代表10:1-11·doi:10.1016/j.celrep.2015.02.049
[67] Uecke H、Müller J、Hense B(2014)基于个人的背景流群体感知模型。《公牛数学生物学》76(7):1727-1746·兹比尔1300.92037 ·doi:10.1007/s11538-014-9974-2
[68] Vaughan B、Smith B和Chopp D(2010),《流体流动对细菌生物膜中群体感应建模的影响》。公牛数学生物学72(5):1143-1165·2011年9月19日Zbl ·doi:10.1007/s11538-009-9485-8
[69] Vuong C,Gerke C,Somerville G,Fischer E,Otto M(2003)表皮葡萄球菌生物膜因子的群体感应控制。传染病杂志188(5):706-718·doi:10.1086/377239
[70] Ward JP、King JR、Koerber A、Williams P、Croft J、Sockett R(2001)《细菌群体感应的数学建模》,《数学医学生物学》18(3):263-292·Zbl 0998.92043号 ·doi:10.1093/imammb/18.3.263
[71] Waters CM,Basseler BL(2005)《群体感应:细菌中的细胞间通信》,《细胞发展生物学年鉴》21(1):319-346·doi:10.1146/annurev.cellbio.21.012704.131001
[72] Whitehead NA、Barnard A、Slater H、Simpson N、Salmond G(2001)《革兰氏阴性菌的群体感应》。FEMS Microbiol Rev 25:365-404·doi:10.1111/j.1574-6976.2001.tb00583.x
[73] Xavier JB,Foster KR(2007),微生物生物膜中的合作与冲突。PNAS 104(3):876-881·doi:10.1073/pnas.0607651104
[74] Zhang T,Cogan NG,Wang Q(2008a)生物膜的相场模型i.理论与模拟。SIAM应用数学杂志69:641-669·Zbl 1186.92015号 ·doi:10.1137/070691966
[75] Zhang T,Cogan NG,Wang Q(2008b)生物膜的相场模型ii。生物膜-流相互作用的二维数值模拟。公共计算物理4(1):72-101·Zbl 1365.92024号
[76] Zhao J,Seeluangsawat P,Wang Q(2016a)异质生物膜的抗微生物耐受性和处理建模。数学生物科学282:1-15·Zbl 1352.92097号 ·doi:10.1016/j.mbs.2016.09.005
[77] Zhao J,Shen Y,Happasalo M,Wang ZJ,Wang Q(2016b)异质多物种生物膜中抗菌持续性的三维数值研究。《Theor生物学杂志》392:83-98·Zbl 1347.92048号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2015.11.10
[78] Zhao J,Wang Q,Yang X(2016c)复杂流体两相流新相场模型的数值近似。计算方法应用机械工程310:77-97·兹比尔1439.76123 ·doi:10.1016/j.cma.2016.06.008
[79] Zhao J,Yang X,Shen J,Wang Q(2016d)向列相液晶和粘性流体混合物流体动力相场模型的解耦能量稳定方案。计算机物理杂志305:539-556·Zbl 1349.76019号 ·doi:10.1016/j.jcp.2015.09.044
[80] Zhao J,Yang X,Wang Q(2016e)向列相液晶流体动力学模型的能量稳定数值格式。SIAM科学计算杂志38(5):3264-3290·Zbl 1353.82077号 ·doi:10.1137/15M1024093
[81] Zhao J,Li H,Wang Q,Yang X(2017)三相不可压缩粘性流体相场模型的解耦能量稳定格式。科学计算杂志70(3):1367-1389·Zbl 1397.76098号 ·doi:10.1007/s10915-016-0283-9
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