小林，小一 使用反馈顶点集和模型约简设计布尔网络中的不动点。 （英语） Zbl 1421.93014号 复杂性 2019，文章ID 9261793，第9页（2019）. 摘要：布尔网络中的不动点表示细胞的类型或状态，对决定细胞的特性很重要。作为不动点上的控制问题，重要的是要考虑使用外部刺激（即控制输入）改变不动点的问题。在本文中，我们提出了两种设计不动点的方法。首先，提出了一种利用模型降阶的设计方法。使用简化模型，放置不动点的问题可以重写为整数线性规划问题。接下来，我们只使用给定BN的图结构来考虑设计问题，并得出一些结果。在这两种方法中，有向图的反馈顶点集起着重要作用。最后，给出了一个生物学示例。 理学硕士： 93年30日 系统数学建模（MSC2010） 92立方厘米 系统生物学、网络 93B52号 反馈控制 软件：Yices公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛K.Kobayashi｝，复杂性2019，文章ID 9261793，9页（2019；Zbl 1421.93014） 全文： 内政部 OA许可证 参考文献： [1] Santos-Rosa，H。；Caldas，C.，染色质修饰酶，组蛋白代码与癌症，《欧洲癌症杂志》，41，16，2381-2402（2005）·doi:10.1016/j.ejca.2005.08.010 [2] Menolascina，F。；菲奥雷，G。；奥拉博纳，E。；De Stefano，L。；马里兰州费里。；Hasty，J。；迪·贝尔纳多，M。；di Bernardo，D.，内源性和合成基因网络中蛋白质表达的In-vivo实时控制，公共科学图书馆计算生物学，10，5，1-14（2014） [3] Milias-Argeitis，A。；萨默斯，S。；Stewart-Ornstein，J。；Zuleta，I。；平卡斯，D。；El-Samad，H。；坎马什，M。；Lygeros，J.，基因表达电路体内调节的电子反馈，《自然生物技术》，29，12，1114-1116（2011）·doi:10.1038/nbt.2018年 [4] Pathak，G.P。；弗拉纳，J.D。；Tucker，C.L.，使用工程光感受器对细胞功能的光生控制，《细胞生物学》，105，2，59-72（2013）·doi:10.1111/boc.201200056 [5] 乌伦多夫，J。；米尔蒙特，A。；德拉沃，T。；查文，G。；Fages，F。；Bottani，S。；巴塔·G。；Hersen，P.，人口和单细胞水平基因表达的长期模型预测控制，美国国家科学院学报，109，35，14271-14276（2012）·doi:10.1073/pnas.1206810109 [6] Kauffman，S.A.，随机构建遗传网络中的代谢稳定性和表观发生，理论生物学杂志，22，3，437-467（1969）·doi:10.1016/0022-5193（69）90015-0 [7] de Jong，H.，《遗传调控系统的建模与模拟：文献综述》，《计算生物学杂志》，9，1，67-103（2002）·doi:10.1089/10665270252833208 [8] Akutsu，T。；Hayashida，M。；Ching，W.-K。；Ng，M.K.，《布尔网络的控制：树结构网络的硬度结果和算法》，《理论生物学杂志》，244，4，670-679（2007）·Zbl 1450.92040 ·doi:10.1016/j.jtbi.2006.09.023 [9] 阿祖玛，S。；吉田，T。；Sugie，T.，激活-抑制布尔网络的结构单稳态，IEEE网络系统控制汇刊，4，2，179-190（2017）·Zbl 1370.93223号 ·doi:10.1109/TCNS.2015.2485440 [10] Cheng，D。；Qi，H.，布尔控制网络的可控性和可观测性，Automatica，45，7，1659-1667（2009）·Zbl 1184.93014号 ·doi:10.1016/j.automatica.2009.03.006 [11] Cheng，D。；齐，H。；Li，Z.，布尔网络的分析与控制：一种半传感器乘积方法。《布尔网络的分析与控制：半传感器产品方法》，通信与控制工程系列（2011），英国伦敦：斯普林格出版社，英国伦敦·Zbl 1209.93001号 ·doi:10.1007/978-0-85729-097-7 [12] Kobayashi，K。；Imura，J。；Hiraishi，K.，一类布尔生物网络可控性测试的多项式时间算法，Eurasip生物信息学和系统生物学杂志，2010（2010）·doi:10.1155/2010/210685 [13] Kobayashi，K。；Hiraishi，K.，《多药物有效性的基因调控网络优化控制：布尔网络方法》，生物医药研究国际，2013（2013）·doi:10.1155/2013/246761 [14] Faryabi，B。；瓦赫迪，G。；尚伯兰，J.-F。；Datta，A。；Dougherty，E.R.，重新审视上下文敏感概率布尔网络的干预，EURASIP生物信息学和系统生物学杂志，2009（2009） [15] Kobayashi，K。；Hiraishi，K.，基于优化的概率布尔网络控制方法，算法，10，1，第13条（2017年）·Zbl 1461.93291号 ·doi:10.3390/a10010031 [16] 帕尔·R。；Datta，A。；比特纳，M.L。；Dougherty，E.R.，《上下文敏感概率布尔网络的干预》，生物信息学，21，7，1211-1218（2005）·doi:10.1093/bioinformatics/bti131 [17] 施穆列维奇，I。；Dougherty，E.R。；Kim，S。；张伟，概率布尔网络：基因调控网络的基于规则的不确定性模型，生物信息学，18，2，261-274（2002）·doi:10.1093/bioinformatics/18.2.261 [18] 考夫曼，S.A.，《秩序的起源：进化中的自我组织和选择》（1993），英国牛津：牛津大学出版社，英国牛津 [19] Coönt，A.L。；弗里堡，L。；Soulat，R.，使用局部定点迭代的布尔网络合成分析，可达性问题国际研讨会论文集，Springer·Zbl 1478.68324号 ·数字对象标识代码：10.1007/978-3-319-45994-3_10 [20] Paulevé，L。；Richard，A.，《基于交互图的布尔网络静态分析：一项调查》，《理论计算机科学电子笔记》，28493-104（2012）·Zbl 1283.92044号 ·doi:10.1016/j.entcs.2012.05.017 [21] 田村，T。；Akutsu，T.，《利用sat算法检测布尔网络中的单粒子吸引子》，《电子、通信和计算机科学基础IEICE汇刊》，E92-a，2493-501（2009）·doi:10.1587/transfun。E92.A.493号机组 [22] Veliz-Cuba，A。；阿吉拉尔，B。；Hinkelmann，F。；Laubenbacher，R.，通过模型简化和计算代数对布尔分子网络模型进行稳态分析，BMC生物信息学，15，1，文章编号221（2014）·doi:10.1186/1471-2105-15-221 [23] 托尼尔，L。；Chaves，M.，《利用异步布尔动力学揭示遗传网络中的操作交互作用》，《理论生物学杂志》，260，2，196-209（2009）·Zbl 1402.92207号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2009.06.006 [24] Naldi，A。；雷米，E。；蒂夫里，D。；Chaouiya，C.，保留基本动力学性质的逻辑调控图的约简，系统生物学计算方法国际会议论文集，施普林格·doi:10.1007/978-3-642-03845-7_18 [25] Veliz-Cuba，A.，布尔网络模型的简化，理论生物学杂志，289167-172（2011）·Zbl 1397.92265号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2011.08.042 [26] 费德勒，B。；Mochizuki，A。；黑泽明（G.Kurosawa）。；Saito，D.，《反馈顶点集的动力学和控制》。一： 调节网络中的信息节点和确定节点，动力学和微分方程杂志，25，3，563-604（2013）·Zbl 1337.92074号 ·doi:10.1007/s10884-013-9312-7 [27] Mochizuki，A。；费德勒，B。；黑泽明（G.Kurosawa）。；Saito，D.，动力学和反馈顶点集的控制。二： 《确定调控网络中分子活性多样性的忠实监测器》，《理论生物学杂志》，335130-146（2013）·Zbl 1397.92256号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2013.06.009 [28] Chaves，M.，《遗传网络的定性分析方法》，2009年欧洲控制会议论文集，IEEE [29] 偶数，G。；Naor，J。；Schieber，B。；Sudan，M.，有向图中最小反馈集和多截逼近，算法，20,2151-174（1998）·Zbl 0897.68078号 ·doi:10.1007/PL00009191 [30] Karp，R.M.，组合问题中的可约性，计算机计算的复杂性，85-103（1972），纽约，纽约，美国：斯普林格，纽约，NY，美国·Zbl 1467.68065号 ·doi:10.1007/978-1-4684-2001-2_9 [31] Williams，H.P.，《数学规划中的模型构建》（2013），英国西苏塞克斯：威利，英国西萨塞克斯·Zbl 1261.90003号 [32] Cavalier，T.M。；帕尔达洛斯，P.M。；Soyster，A.L.，应用于命题演算的建模和整数编程技术，计算机与运筹学，17，6，561-570（1990）·Zbl 0707.03009号 ·doi:10.1016/0305-0548（90）90062-C [33] Kobayashi，K。；Hiraishi，K.，基于ILP/SMT的基于单粒子吸引子的布尔网络设计方法，IEEE计算生物学和生物信息学汇刊，11，6，1253-1259（2014）·doi:10.1109/TCBB.2014.2325011 [34] Yices SMT解决方案：http://yices.csl.sri.com/ 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。