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本杰明·凯勒。

根系统发育的非平稳链对称模型的完全重建。 （英语） Zbl 1370.92106号

J.西奥。生物。 420, 144-151 (2017).
摘要：了解物种之间的进化关系对生物科学具有根本重要性。根在任何系统发育树中的位置都是至关重要的，因为它为进化事件提供了顺序。目前在似然法或贝叶斯法中使用的流行核苷酸进化模型都无法在没有外源信息的情况下推断出根的位置。众所周知，最通用的核苷酸替代马尔可夫模型也无法识别根的位置，或适用于少于三个序列的多序列比对。我们证明，对于一个具有两个或多个序列的多序列比对的非平稳、股对称替代模型，可以识别根位置和完整模型，并在统计上一致估计其位置。我们还总结了早期的工作，以提供一种实用的方法来克服在系统发育模型中标记隐藏状态的计算难题。

引用于1文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

可识别性;系统发育推断;马尔可夫过程;最大似然

软件：

野兽;mf工具箱
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{B.D.Kaehler}，J.Theor。生物学420，144--151（2017；Zbl 1370.92106）
全文： 内政部 arXiv公司

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