乔舒亚·库珀;海斯·惠特拉克 独特的可压图形:特征化、枚举和识别。 (英语) Zbl 1402.05098号 高级申请。数学。 103, 13-42 (2019). 小结:受反转进化基因组研究的启发,我们考虑称为“按压序列”的伪图变换。特别地,我们解决了一个问题,即当一个图形有一个精确的按压序列时,会产生空图形,从而回答了来自J.库珀和J.戴维斯【线性代数应用490、162–173(2016;Zbl 1331.05140号)]。我们刻画了这种“唯一可压”图的特征,计算了给定数量顶点上的图的数量,并提供了一种多项式时间识别算法。最后,我们提出几个开放性问题。 引用于2文件 MSC公司: 05C25号 图和抽象代数(群、环、域等) 05C30号 图论中的枚举 05元50分 图和线性代数(矩阵、特征值等) 05C75号 图族的结构特征 05C76号 图形操作(线条图、产品等) 05C85号 图形算法(图形理论方面) 15A23型 矩阵的因式分解 15B33型 特殊环上的矩阵(四元数、有限域等) 68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制) 92D20型 蛋白质序列,DNA序列 关键词:冲压顺序;邻接矩阵;Cholesky因子分解;二进制矩阵;系统发育学;基因组逆转;图论;计算复杂度 引文:Zbl 1331.05140号 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.Cooper}和\textit{H.Whitlatche},高级应用程序。数学。103、13-42(2019年;Zbl 1402.05098) 全文: 内政部 arXiv公司 参考文献: [1] 安德烈·D·。;Hellström,L。;Markström,K.,关于有限域上矩阵约简的复杂性,Adv.Appl。数学。,39, 4, 428-452 (2007) ·Zbl 1132.65018号 [2] Babai,L.,拟多项式时间中的图同构,(第48届ACM SIGACT计算理论研讨会论文集(2016),ACM),684-697·Zbl 1376.68058号 [3] Bader,D.A。;莫雷特,B.M。;Yan,M.,一种用于计算有符号置换之间倒置距离的线性时间算法,具有实验研究,J.Compute。《生物学》,8,5,483-491(2001) [4] 巴夫纳,V。;佩夫兹纳,P.A.,《换位排序》,SIAM J.离散数学。,11, 2, 224-240 (1998) ·Zbl 0973.92014号 [5] Bergeron,A.,Hannenhalli-Pevzner理论的一个非常基本的介绍,(组合模式匹配年度研讨会(2001),Springer),106-117·Zbl 0990.68050号 [6] Bertolazzi,E。;Rimoldi,A.,《(F_2)中的快速矩阵分解》,J.Compute。申请。数学。,260, 519-532 (2014) ·兹比尔1293.65067 [7] Bixby,E。;弗林特,T。;Miklós,I.,证明线性图上的紧迫游戏猜想,Involve,9,1,41-56(2015)·Zbl 1328.05120号 [8] Brightwell,G.公司。;Winkler,P.,《计算线性扩展》,Order,8,3,225-242(1991)·Zbl 0759.06001号 [9] 布鲁尔迪,R.A。;Ryser,H.J.,《组合矩阵理论》,《数学及其应用百科全书》,第39卷(1991年),剑桥大学出版社·Zbl 0746.05002号 [10] Caprara,A.,《按反转排序很困难》(《第一届计算分子生物学国际年会论文集》(1997),美国计算机学会),75-83 [11] 奇图里,B。;法赫勒,W。;孟,Z。;莫拉莱斯,L。;护罩,C.O。;I.H.苏德堡。;Voit,W.,An(18/11)n按前缀反转排序的上界,Theoret。计算。科学。,410, 36, 3372-3390 (2009) ·Zbl 1191.68219号 [12] Cibulka,J.,《煎饼分拣的平均翻转次数和最高翻转次数》,Theoret。计算。科学。,412, 8-10, 822-834 (2011) ·Zbl 1211.68138号 [13] 库珀,J。;Davis,J.,《双色图和二元矩阵的成功按压序列》,线性代数应用。,490, 162-173 (2016) ·Zbl 1331.05140号 [14] 德利马,T.A。;Ayala-Rincón,M.,《对有符号排列进行排序所需的平均反转数》,《离散应用》。数学。,235, 59-80 (2018) ·Zbl 1375.05009号 [15] Diestel,R.,图论(2000),Springer·Zbl 0945.05002号 [16] Dobzhansky,T。;Sturtevant,A.H.,果蝇染色体的倒置,遗传学,23,1,28(1938) [17] Fertin,G.,《基因组重排组合学》(2009),麻省理工学院出版社·Zbl 1170.92022号 [18] 盖茨,W.H。;Papadimitriou,C.H.,按前缀反转排序的界限,离散数学。,27,1,47-57(1979年)·Zbl 0397.68062号 [19] 格鲁西,S。;拉巴雷,A.,有符号置换断点图中循环的分布,离散应用。数学。,161, 10, 1448-1466 (2013) ·兹比尔1287.05069 [20] 顾庆平。;彭,S。;Sudborough,H.,通过反转和转位进行基因组重排的2近似算法,Theoret。计算。科学。,210, 2, 327-339 (1999) ·Zbl 0915.68033号 [21] Gyori,E。;Turan,E.,《一堆煎饼》,Studia Sci。数学。匈牙利。,13, 133-137 (1978) ·Zbl 0467.05003号 [22] Hannenhalli,S。;Pevzner,P.A.,《将卷心菜转化为萝卜:通过反转排序有符号排列的多项式算法》,J.ACM,46,1,1-27(1999)·Zbl 1064.92510号 [23] Mathon,R.,关于图同构计数问题的注释,Inform。过程。莱特。,8, 3, 131-136 (1979) ·Zbl 0395.68057号 [24] Siepel,A.C.,《有符号排列枚举排序反转的算法》,J.Compute。生物学,10,3-4,575-597(2003) [25] Sturtevant,A.H。;Dobzhansky,T.,果蝇野生小种第三染色体的倒置及其在物种历史研究中的应用,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,22,7448-450(1936) [26] 洛杉矶塞凯利。;杨毅,《关于反转距离的期望和方差》,萨宾蒂亚大学数学学报。,1, 1, 5-20 (2009) ·Zbl 1176.05082号 [27] Valiant,L.G.,枚举和可靠性问题的复杂性,SIAM J.Compute。,8, 3, 410-421 (1979) ·Zbl 0419.68082号 [28] Yancopoulos,S。;阿蒂,O。;Friedberg,R.,通过易位、反转和块交换对基因组排列进行有效排序,生物信息学,21,16,3340-3346(2005) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。