纳撒尼尔·J·梅里尔。;安哲明;肖恩·麦克奎德。;费德里卡·加林;卡里姆·阿泽尔;Ruth E.艾布拉姆斯。;皮科利、贝内代托 通过线性通量表达的代谢网络的稳定性。 （英语） Zbl 1425.92089号 Netw公司。埃特罗格。媒体 14，第1期，101-130（2019）. 摘要：LIFE（线性通量表达式）是为了模拟和分析大型代谢系统而开发的。使用LIFE，通过考虑系统参数之间的相关性，可以减少模型参数的数量。LIFE系统的扰动分析导致系统的整体可变性较小，结果更接近于经验数据。这些系统可以与图形关联，图形的特性可以深入了解系统的动态。这项工作解决了两个主要问题：1。对于固定的代谢物水平，找出代谢物平衡的所有通量，以及2。对于固定通量，找出系统平衡的所有代谢物水平。我们刻画了这两个问题的解集，并给出了系统稳定性与关联图结构相关的一般结果。我们证明了存在稳定动力学所必需的图结构。除了这些一般结果，我们还展示了从网络流、分区系统、控制理论和马尔可夫链等领域进行的稳定性分析如何应用于LIFE系统。 引用于1文件 MSC公司： 92立方厘米 系统生物学、网络 05C90年 图论的应用 关键词：系统生物学;图中的流;系统论;控制;常微分方程 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{N.J.Merrill}等人，Netw。埃特罗格。Media 14，No.1，101--130（2019；Zbl 1425.92089） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] R.J.Allen；T.R.Rieger；C.J.Musante，定量系统药理学模型中虚拟种群的有效生成和选择，系统药理学，5，140-146（2016）·doi:10.1002/psp4.12063 [2] A.Bressan和B.Piccoli，《数学控制理论导论》，AIMS应用数学系列，费城，2007年·Zbl 1127.93002号 [3] F.Bullo，《网络系统讲座》，2018年第1版，（1.0版-2018年5月1日），300页，157个练习，CreateSpace，ISBN 978-1-986425-64-3。 [4] J.S.Caughman和J.J.P.Veerman，有向图拉普拉斯算子的核，组合数学电子杂志，13（2006），研究论文39，8 pp·Zbl 1097.05026号 [5] E.切内尔，《随机过程导论》，普伦蒂斯·霍尔，恩格尔伍德·克利夫斯，新泽西州，1975年·Zbl 0341.60019号 [6] P.De Leenher，《零缺陷定理》，俄勒冈州州立大学09秋季生物数学研讨会I-MAP6487注释（2009年），在线阅读：http://math.oregonstate.edu/deleenhp/teaching/fall09/MAP6487/notes-zero-def.pdf [7] M.Feinberg；F.J.M.Horn，《开放化学系统动力学和底层反应网络的代数结构》，化学工程科学，29775-787（1974）·doi:10.1016/0009-2509（74）80195-8 [8] L.R.福特；D.R.Fulkerson，网络最大流量，加拿大数学杂志，8，399-404（1956）·Zbl 0073.40203号 ·doi:10.4153/CJM-1956-045-5 [9] D.Gale、H.Kuhn和A.W.Tucker，《线性规划和博弈论——第十二章》，收录于Koopmans，《生产和分配的活动分析》，1951年，第317-335页 [10] J.Gunawardena，《非线性生物化学系统中时间尺度分离的线性框架》，《公共科学图书馆·综合》，7（2012），e36321。 [11] G.T.Heineman、G.Pollice和S.Selkow，《第8章：网络流算法》，收录于《果壳算法》，Oreilly Media，2008年，第226-250页。 [12] M.Inomzhon；J.Gunawardena，一般图上的拉普拉斯动力学，《数学生物学公报》，752118-2149（2013）·Zbl 1310.92023号 ·doi:10.1007/11538-013-9884-8 [13] J.A.Jacquez；C.P.Simon，房室系统的定性理论，SIAM Review，35，43-79（1993）·Zbl 0776.92001号 ·数字对象标识代码：10.1137/1035003 [14] D.J.Klinke；S.D.Finley，基于规则的生化反应网络的时间尺度分析，《生物技术进展》，28，33-44（2012）·doi:10.1002/btpr.704 [15] H.Maeda；S.Kodama；Y.Ohta，非线性隔间系统的渐近行为：无振荡和稳定性，IEEE电路与系统汇刊，25372-378（1978）·兹伯利0382.93041 ·doi:10.1109/TCS.1978.1084490 [16] V.M.Malhotra；M.P.Kumar；S.N.Maheshwari，网络最大流的O（|V|^3）算法，《信息处理快报》，7，277-278（1978）·Zbl 0391.90041号 ·doi:10.1016/0020-0190（78）90016-9 [17] S.T.McQuade、Z.An、N.J.Merrill、R.E.Abrams、K.Azer和B.Piccoli，《大型代谢系统的平衡和LIFE方法》，2018年美国控制年会（ACC）。IEEE，（2018）第2005-2010页。 [18] S.T.McQuade、R.E.Abrams、J.S.Barrett、B.Piccoli和Karim Azer，《线性通量表达方法：走向定量系统药理学模拟器的稳健数学框架》，基因调控和系统生物学，11（2017）。 [19] C.D.Meyer，矩阵分析和应用线性阿尔贝格拉，工业和应用数学学会（SIAM），宾夕法尼亚州费城，2000年·Zbl 0962.15001号 [20] V.I.Pérez-Nueno，使用定量系统药理学进行新药发现，药物发现专家意见，101315-1331（2015） [21] C.H.Schilling；D.Letscher；B.Palsson，代谢途径的系统定义理论及其在从路径导向角度解释代谢功能中的应用，理论生物学杂志，203，229-248（2000）·doi:10.1006/jtbi.2000.1073 [22] A.J.Van der Schaft；S.Rao；B.Jayawardhana，《化学反应网络的网络动力学方法》，《国际控制杂志》，89731-745（2016）·Zbl 1338.93042号 ·doi:10.1080/0207179.2015.1095353 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。