孔圣斯克;琼·卡尔斯·彭斯;Kubatko,劳拉;克里斯蒂娜·威克 显性系统发育网络的类别及其生物学和数学意义。 (英语) Zbl 1491.92088号 数学杂志。生物。 84,第6期,第47号论文,第44页(2022年). 摘要:生物之间的进化关系传统上是用根系统发生树来表示的。然而,由于杂交或横向基因转移等网状过程,进化不能总是用系统发育树来充分表示,描述这种复杂过程的根系统发育网络被引入为根系统发育树的泛化。事实上,从基因组序列数据估计根系统发育网络并分析其结构特性是当代系统发育学中最重要的任务之一。在过去的二十年里,文献中引入了根系统发育网络的几个亚类(以某些结构约束为特征),以模拟特定的生物现象或进行易于处理的数学和计算分析。在本手稿中,我们对这些网络类进行了彻底的回顾,并尽可能对这些网络背后的结构约束进行了生物学解释。此外,我们讨论了如何利用对网络拓扑施加结构约束来解决从经验数据估计系统发育网络时面临的可扩展性和可识别性挑战。 引用于8文件 MSC公司: 92D15型 与进化有关的问题 93立方厘米 模糊控制/观测系统 关键词:杂交;渗入;横向基因转移;系统发育树;系统发育网络 软件:PhyloNet系统;MSC四重奏;低压断路器;阀杆hy;Phylo网络;SVD四重奏;NetRAX公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.Kong}等人,J.Math。生物学84,第6期,论文47,44页(2022;Zbl 1491.92088) 全文: 内政部 arXiv公司 参考文献: [1] Agarwal T、Gambette P、Morrison D(2016)《进化网络中的名人录:文章、作者和程序arXiv电子版arXiv:1610.01674》 [2] 阿霍,AV;萨吉夫,Y。;Szymanski,TG,用关系表达式优化应用程序从最低共同祖先推断树,SIAM J Compute,10,3,405-421(1981)·Zbl 0462.68086号 ·数字对象标识代码:10.1137/021030 [3] 奥尔曼,ES;Rhodes,JA,系统发育模型树拓扑的可识别性,包括共价和混合模型,计算生物学杂志,13,5,1101-1113(2006)·doi:10.1089/cmb.2006.13101 [4] 奥尔曼,ES;Rhodes,JA,识别具有不变位点的一般马尔可夫模型的进化树和替代参数,Math Biosci,211,1,18-33(2008)·Zbl 1130.92039号 ·doi:10.1016/j.mbs.2007.09.001 [5] 奥尔曼,ES;德南,JH;Rhodes,JA,从联合下未展开基因树的分布中识别有根物种树,数学生物学杂志,62,6833-862(2010)·Zbl 1230.92033号 ·doi:10.1007/s00285-010-0355-7 [6] 奥尔曼,ES;巴尼奥斯,H。;Rhodes,JA,NANUQ:一种在合并模型下从基因树推断物种网络的方法,《分子生物学算法》(2019)·doi:10.1186/s13015-019-0159-2 [7] Allman ES,Baños H,Rhodes JA(2021)使用logDet距离arXiv-e-prints arXiv:2108.01765从基因组序列识别物种网络拓扑 [8] 安德森,E.,《渐渗杂交》,《生物学评论》,第28、3、280-307页(1953年)·文件编号:10.1111/j.1469-185x.1953.tb01379.x [9] Ardiyansyah M(2021)使用系统发育不变量arXiv电子指纹arXiv:2104.12479区分二级系统发育网络 [10] Asano T,Jansson J,Sadakane K,et al(2010)系统发育网络之间Robinson-Foulds距离的更快计算In:组合模式匹配Springer Berlin Heidelberg,第190-201页doi:10.1007/978-3642-13509-5_18·Zbl 1286.92039号 [11] Bai,A。;Erdős,PL;Semple,C.,使用祖先剖面定义系统发育网络,Math Biosci,332108537(2021)·Zbl 1475.92114号 ·doi:10.1016/j.mbs.2021.108537 [12] Bandelt,HJ;Dress,AW,有限集上度量的规范分解理论,高级数学,92,1,47-105(1992)·Zbl 0789.54036号 ·doi:10.1016/0001-8708(92)90061-o [13] Bandelt,HJ;福斯特,P。;Rohl,A.,用于推断种内系统发育的中位数连接网络,分子生物学进化,16,1,37-48(1999)·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a026036 [14] Baños,H.,在合并模型下从基因树四分位识别物种网络特征,《公牛数学生物学》,81,2,494-534(2018)·Zbl 1410.92070号 ·doi:10.1007/s11538-018-0485-4 [15] Barker,D.,LVB:系统发育树搜索中的简约和模拟退火,生物信息学,20,2274-275(2004)·doi:10.1093/bioinformatics/btg402 [16] 巴罗尼,M。;Semple,C。;Steel,M.,代表网状进化的框架,Ann Comb,8,4,391-408(2005)·Zbl 1059.05034号 ·doi:10.1007/s00026-004-0228-0 [17] 巴罗尼,M。;Semple,C。;Steel,M.,实时杂交,Syst Biol,55,1,46-56(2006)·网址:10.1080/10635150500431197 [18] Baum,DA,《协调树、协调因子和网状系谱的探索》,Taxon,56,2,417-426(2007)·doi:10.1002/tax.562013 [19] 博德威奇,M。;Semple,C.,《从物种间距离确定系统发育网络》,《数学生物学杂志》,73,2,283-303(2015)·兹比尔1343.05147 ·doi:10.1007/s00285-015-0950-8 [20] 博德威奇,M。;Semple,C.,《网络可视网络》,《高级应用数学》,78114-141(2016)·Zbl 1335.05170号 ·doi:10.1016/j.aam.2016.04.004 [21] 博德威奇,M。;Semple,C.,一个具有最少网格数的通用树型网络,离散应用数学,250,357-362(2018)·Zbl 1398.05186号 ·doi:10.1016/j.dam.2018.05.010 [22] 博德威奇,M。;Tokac,N.,《一种从轴间距离重建超度量树儿童网络的算法》,离散应用数学,21347-59(2016)·Zbl 1344.05134号 ·doi:10.1016/j.dam.2016.05.011 [23] 博德威奇,M。;Semple,C。;Tokac,N.,《从距离矩阵构建树状儿童网络》,《算法》,80,8,2240-2259(2017)·Zbl 1391.92028号 ·doi:10.1007/s00453-017-0320-6 [24] 博德威奇,M。;KT Huber;Moulton,V.,《从最短轴间距离信息恢复正常网络》,《数学生物学杂志》,77,3,571-594(2018)·Zbl 1406.05098号 ·doi:10.1007/s00285-018-1218-x [25] 布莱恩特,C。;费舍尔,M。;Linz,S.,《关于系统发育网络中最大节俭和可能性的怪癖》,《Theor Biol杂志》,417100-108(2017)·Zbl 1369.92077号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2017.013 [26] Cardona,G。;Pons,JC,《从三个LGT网络重建LGT网络》,《数学生物学杂志》,75,6-7,1669-1692(2017)·Zbl 1373.05184号 ·doi:10.1007/s00285-017-1131-8 [27] 卡多纳,G。;拉布雷斯,M。;Rosselló,F.,一类树亲系统发育网络的距离度量,生物信息学,24,131481-1488(2008)·doi:10.1093/bioinformatics/btn231 [28] Cardona,G。;拉布雷斯,M。;Rossello,F.,系统发育网络的度量I:Robinson Foulds度量的推广,IEEE/ACM Trans-Comput Biol Bioinf,6,46-61(2009)·doi:10.1109/TCBB.2008.70 [29] Cardona,G。;罗塞洛,F。;Valiente,G.,树孩系统发育网络的比较,IEEE/ACM Trans-Comput Biol Bioinf,6,4,552-569(2009)·doi:10.1109/tcbb2007.70270 [30] Cardona,G。;拉布雷斯,M。;Rosselló,F.,树-儿童时间一致性杂交网络中的路径长度,Inf-Sci,180,3,366-383(2010)·Zbl 1180.92064号 ·doi:10.1016/j.ins.2009.09.013 [31] Cardona,G。;彭斯,JC;Rosselló,F.,一类具有横向基因转移的系统发育网络的重建问题,算法分子生物学(2015)·doi:10.1186/s13015-015-0059-z [32] Chan HL,Jansson J,Lam TW,et al(2005)《从距离矩阵重建超测量损伤的系统发育网络》In:Mathematical foundations of computer science 2005 Springer Berlin Heidelberg,pp 224-235,doi:10.1007/11549345_20·Zbl 1156.92324号 [33] Chang,JT,进化树上马尔可夫模型的完全重建:可识别性和一致性,Math Biosci,137,1,51-73(1996)·Zbl 1059.92504号 ·doi:10.1016/s0025-5564(96)00075-2 [34] 奇夫曼,J。;Kubatko,L.,具有时间可逆替代过程、特定位置速率变化和不变位置的合并模型下未根物种树拓扑的可识别性,《Theor Biol杂志》,374,35-47(2015)·Zbl 1341.92047号 ·doi:10.1016/j.jpbi.2015.03.006 [35] Choy,C。;Jansson,J。;Sadakane,K.,计算系统发育网络的最大一致性,理论计算科学,335,1,93-107(2005)·Zbl 1091.68057号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.12.012 [36] 科尔杜,P。;林茨,S。;Semple,C.,《两次显示树的系统发育网络》,《公牛数学生物学》,76,10,2664-2679(2014)·Zbl 1330.92085号 ·doi:10.1007/11538-014-0032-x [37] Corel,E。;洛佩兹,P。;Méheust,R.,《网络思维:分析微生物复杂性和进化的图表》,《微生物趋势》,24,3,224-237(2016)·doi:10.1016/j.tim.2015.12.003 [38] Dagan,T。;Martin,W.,百分之一之树,基因组生物学,7,101118(2006)·doi:10.1186/gb-2006-7-10-118 [39] Daubin,V.,《系统遗传学和细菌基因组的内聚性》,《科学》,301,5634,829-832(2003)·doi:10.1126/science.1086568 [40] Degnan,JH,网络多物种融合下的建模杂交,系统生物学,67,5,786-799(2018)·doi:10.1093/sysbio/syy040 [41] 杜立德,WF;Bapteste,E.,模式多元主义和生命树假说,《国家科学院院刊》,104,7,2043-2049(2007)·doi:10.1073/pnas.0610699104 [42] Elworth RAL,Ogilvie HA,Zhu J,et al(2019)杂交条件下系统发育网络计算方法的进展in:生物信息学和系统发育学Springer,pp 317-360,doi:10.1007/978-3-030-10837-3_13 [43] Erdős,PL;Semple,C。;Steel,M.,一类可从祖先剖面重构的系统发育网络,《数学生物科学》,3133-40(2019)·Zbl 1421.05085号 ·doi:10.1016/j.mbs.2019.04.009 [44] 费舍尔,M。;范·埃尔塞尔,L。;Kelk,S.,关于计算系统发育网络的最大简约分数,SIAM J Discret Math,29,1,559-585(2015)·Zbl 1328.68300号 ·数字对象标识代码:10.1137/140959948 [45] Flouri,T。;焦,X。;Rannala,B.,用于系统发育分析的多物种合并模型的贝叶斯实现,分子生物学进化,37,4,1211-1223(2019)·doi:10.1093/molbev/msz296 [46] 弗朗西斯,A。;Moulton,V.,《进化概率重组突变模型下树-儿童系统发育网络的可识别性》,《Theor Biol杂志》,446160-167(2018)·Zbl 1397.92490号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2018.03.011 [47] 弗朗西斯,A。;Huson,DH;Steel,M.,规范化系统发育网络,分子系统发育进化,163107215(2021)·doi:10.1016/j.ympev.2021.107215 [48] 弗朗西斯,AR;Steel,M.,哪些系统发育网络仅仅是具有额外弧线的树?,《系统生物学》,64,5768-777(2015)·doi:10.1093/sysbio/syv037 [49] 甘贝特,P。;Huber,KT,《论有界水平的系统发育网络编码》,《数学生物学杂志》,65,1,157-180(2011)·Zbl 1303.92080号 ·doi:10.1007/s00285-011-0456-y [50] Gambette P、Gunawan ADM、Labarre A等(2015)《二次时间内在系统发育网络中定位树》,收录于:计算机科学讲义。Springer,第96-107页,doi:10.1007/978-3-319-16706-0_12·Zbl 1355.92075号 [51] Gambette P,Gunawan ADM,Labarre A,et al(2016)解决二次时间内遗传稳定网络的树包含问题in:计算机科学Springer中的讲义,第197-208页,doi:10.1007/978-3319-29516-9_17·Zbl 1474.68223号 [52] 甘贝特,P。;范·埃尔塞尔,L。;Jones,M.,《根深蒂固的系统发育网络上的重新排列运动》,《公共科学图书馆·计算生物学》,13,8,e1005611(2017)·doi:10.1371/journal.pcbi.1005611 [53] 甘贝特,P。;古纳万,AD;Labarre,A.,《在线性时间内解决近稳定系统发育网络的树包含问题》,离散应用数学,24662-79(2018)·Zbl 1390.05083号 ·doi:10.1016/j.dam.2017.07.015 [54] Gambette P,Morgado M,Tavassoli N,et al(2018b)ISIPhyNC,关于系统发育网络类内含物的信息系统,手稿正在编写中 [55] Górecki P(2004)复制、丢失和水平基因转移的协调问题In:第八届国际计算分子生物学年会论文集-RECOMB'04 ACM出版社,doi:10.1145/974614.974656 [56] Green,PJ,可逆跳跃马尔可夫链蒙特卡罗计算和贝叶斯模型确定,生物统计学,82,4,711-732(1995)·Zbl 0861.62023号 ·doi:10.1093/biomet/82.4.711 [57] Green PJ,Hjort NL,Richardson S(eds)(2003)高度结构化随机系统。牛津大学出版社(牛津统计科学丛书)。国际标准图书编号:978-0-198-51055-0·Zbl 1044.62110号 [58] Gross,大肠杆菌。;Long,C.,区分系统发育网络,SIAM J Appl Algebr Geometry,2,1,72-93(2018)·Zbl 1392.92059号 ·数字对象标识代码:10.1137/17m1134238 [59] 毛重,E。;范·埃尔塞尔,L。;Janssen,R.,基于马尔可夫过程生成的数据区分一级系统发育网络,数学生物学杂志(2021)·Zbl 1471.92236号 ·doi:10.1007/s00285-021-01653-8 [60] Gunawan ADM,Zhang L(2015)《界定由可见性属性arXiv e-prints arXiv定义的网络大小:1510.00115》 [61] Gusfield,D.,ReCombinatorics:祖先重组图和显式系统发育网络的算法(2014),马萨诸塞州剑桥:麻省理工学院出版社,马萨诸塞州剑桥·Zbl 1316.92001号 ·doi:10.7551/mitpress/9432.0001.0001 [62] Gusfield D,Eddhu S,Langley C(2003)《利用受限重组高效重建系统发育网络:计算系统生物信息学》。2003年IEEE生物信息学会议论文集CSB2003 IEEE计算Soc doi:10.1109/csb.2003.1227337·Zbl 1402.92313号 [63] Hayamizu,M.,《论无限多个基于树的通用网络的存在》,Theor Biol杂志,396204-206(2016)·Zbl 1343.92346号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2016.02.023 [64] HA Hejase;Liu,KJ,使用经验数据集和涉及单个网状结构的模拟对系统发育网络推断方法的可扩展性研究,BMC Bioninform(2016)·doi:10.1186/s12859-016-1277-1 [65] 霍林,B。;Sullivant,S.,使用代数拟阵在系统发育学中的可识别性,符号计算杂志,104142-158(2021)·Zbl 1455.92103号 ·doi:10.1016/j.jsc.2020.04.012 [66] Huber,K。;Moulton,V.,多标记树的系统发育网络,《数学生物学杂志》,52,5,613-632(2006)·Zbl 1110.92027号 ·doi:10.1007/s00285-005-0365-z [67] Huber,K。;Scholz,G.,自己折叠起来的系统发育网络,《高级应用数学》,113101959(2020)·Zbl 1429.05042号 ·doi:10.1016/j.aam.2019.101959 [68] KT Huber;Moulton,V.,用三角网编码和构建1-嵌套系统发育网络,算法,66,3,714-738(2012)·Zbl 1267.05240号 ·doi:10.1007/s00453-012-9659-x [69] KT Huber;范·埃尔塞尔,L。;Moulton,V.,推断网状进化史需要多少信息?,《系统生物学》,64,1,102-111(2014)·doi:10.1093/sysbio/syu076 [70] KT Huber;林茨,S。;Moulton,V.,广义近邻交换操作的系统发育网络空间,《数学生物学杂志》,72,3,699-725(2015)·Zbl 1330.05150号 ·doi:10.1007/s00285-015-0899-7 [71] KT Huber;范·埃尔塞尔,L。;Moulton,V.,从非序列二元和三元集合重建系统发育一级网络,Algorithmica,77,173-200(2015)·Zbl 1357.92056号 ·doi:10.1007/s00453-015-0069-8 [72] KT Huber;莫尔顿,V。;Steel,M.,《折叠和展开进化树和网络》,《数学生物学杂志》,73,6-7,1761-1780(2016)·Zbl 1348.05200号 ·doi:10.1007/s00285-016-0993-5 [73] Huber KT、van Iersel L、Janssen R等(2019)系统发育网络的生根研究arXiv电子指纹arXiv:1906.07430 [74] Huson DH,Klöpper TH(2007)《超越枯萎树——枯萎网络的分解和计算》,收录于:《计算机科学讲义》。柏林施普林格出版社,第211-225页,doi:10.1007/978-3-540-71681-5_15 [75] Huson,DH;鲁普,R。;Scornavaca,C.,《系统发生网络:概念、算法和应用》(2011),美国纽约州纽约市:剑桥大学出版社,美国纽约市 [76] 詹森(Janssen,R.)。;Murakami,Y.,《论樱桃采摘和网络遏制》,《理论计算科学》,856121-150(2021)·Zbl 1478.92134号 ·doi:10.1016/j.tcs.2020.12.031 [77] Jansson J,Sung WK(2004)两个嵌套系统发育网络的最大一致性In:算法与计算Springer Berlin Heidelberg,pp 581-593,doi:10.1007/978-3-540-30551-4_51·Zbl 1116.68671号 [78] 焦,X。;Flouri,T。;Yang,Z.,《多物种合并及其在物种系统发育和跨物种基因流推断中的应用》,《自然科学评论》(2021)·doi:10.1093/nsr/nwab127 [79] Jin,G。;纳赫勒,L。;Snir,S.,《系统发育网络的简约评分:硬度结果和线性时间启发式》,IEEE/ACM Trans-Comput Biol Bioinf,6,3,495-505(2009)·doi:10.1109/tcb.2008.119 [80] Kannan,L。;惠勒,WC,《进化网络上的最大简约性》,《分子生物学算法》(2012)·doi:10.1186/1748-7188-7-9 [81] Kingman,J.,聚结剂,Stoch过程应用,13,3,235-248(1982)·Zbl 0491.60076号 ·doi:10.1016/0304-4149(82)90011-4 [82] 孔,S。;Sánchez-Pacheco,SJ;Murphy,RW,《进化生物学中媒体连接网络的使用》,分支系统学,32,6,691-699(2015)·doi:10.1111/cla.12147 [83] Kubatko,LS,《通过模型选择识别合并中的杂交事件》,《系统生物学》,58,5,478-488(2009)·doi:10.1093/sysbio/syp055 [84] Kubatko,LS公司;卡斯滕斯,不列颠哥伦比亚省;Knowles,LL,STEM:使用合并下基因树的最大似然进行物种树估计,生物信息学,25,7,971-973(2009)·doi:10.1093/bioinformatics/btp079 [85] 库兰,CG;Canback,B。;Berg,OG,水平基因转移:批判性观点,美国国家科学院院刊,100,1729658-9662(2003)·doi:10.1073/pnas.1632870100 [86] 勒梅,M。;Libeskind-Hadas,R。;Wu,YC,最小化一级物种网络深度合并成本的多项式时间算法,IEEE/ACM事务计算生物信息(2021)·doi:10.1109/tcbb.2021.3105922 [87] 林茨,S。;Semple,C.,三片和四片叶子上的毛毛虫足以重建二元正态网络,《数学生物学杂志》,81,4-5,961-980(2020)·Zbl 1451.92225号 ·doi:10.1007/s00285-020-01533-7 [88] 长,C。;Kubatko,L.,《改良合并下物种系统发育的可识别性和可重构性》,《公牛数学生物学》,81,2,408-430(2018)·Zbl 1410.92078号 ·doi:10.1007/s11538-018-0456-9 [89] Lutteropp S、Scornavaca C、Kozlov AM等(2021)NetRAX:准确快速的最大似然系统发育网络推断*。bioRxiv-doi:10.1101/2021.08.30.458194 [90] WF Martin,《没有生命树的早期进化》,Biol Direct,6,1,36(2011)·doi:10.1186/1745-6150-6-36 [91] 孟,C。;Kubatko,LS,《利用基因树不一致性在不完整谱系排序中检测杂交物种形成:模型》,Theor Popul Biol,75,1,35-45(2009)·Zbl 1210.92023号 ·doi:10.1016/j.tpb.2008.10.004 [92] Morrison DA(2011)《系统发育网络介绍》,RJR Productions,乌普萨拉,oCLC:939959509 [93] 村上,Y。;范·埃尔塞尔,L。;Janssen,R.,从网状边缘删除子网络重建树状儿童网络,《公牛数学生物学》,81,10,3823-3863(2019)·兹比尔1428.92080 ·doi:10.1007/s11538-019-00641-w [94] Nakhleh L,Jin G,Zhao F,et al(2005)使用最大简约性重建系统发育网络In:2005 IEEE计算系统生物信息学会议(CSB'05)IEEE doi:10.1109/CSB.2005.47 [95] Nipius L(2020)根二元三级系统发育网络由代尔夫特理工大学quarnets硕士论文编码 [96] 帕尔迪,F。;Scornavaca,C.,《重构的系统发育网络:不区分无法区分的物种》,《公共科学图书馆计算生物学》,11,4,e1004135(2015)·doi:10.1371/journal.pcbi.1004135 [97] Pons JC(2016)《LGT网络重建问题》,巴利阿里群岛大学博士论文 [98] Poormohammadi,H。;Zarchi,MS,Netcombin:一种从有根三联体构建最优系统发育网络的算法,PLoS One,15,9,e0227842(2020)·doi:10.1371/journal.pone.0227842 [99] 罗兹,JA;Sullivant,S.,大型系统发育混合模型的可识别性,《公牛数学生物学》,74,1212-231(2011)·Zbl 1238.92034号 ·doi:10.1007/s11538-011-9672-2 [100] 罗德,JA;巴尼奥斯,H。;Mitchell,JD,MSCquartets 1.0:R中多物种合并模型下物种树和网络的四元方法,生物信息学,37,12,1766-1768(2020)·doi:10.1093/bioinformatics/btaa868 [101] 罗宾逊,D。;Foulds,L.,系统发育树的比较,Math Biosci,53,1-2,131-147(1981)·Zbl 0451.92006号 ·doi:10.1016/0025-5564(81)90043-2 [102] 洛杉矶索尔特;Pearl,DK,估计最大似然系统发育树的随机搜索策略,系统生物学,50,1,7-17(2001)·doi:10.1080/106351501750107413 [103] 斯科纳瓦卡,C。;梅奥,JCP;Cardona,G.,基因树和LGT网络协调的快速算法,J Theor Biol,418129-137(2017)·Zbl 1369.92082号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2017.01.024 [104] Semple,C.,《每个嵌入式系统发育树都是一棵基本树的系统发育网络》,《公牛数学生物学》,78,1,132-137(2015)·Zbl 1356.92067号 ·文件编号:10.1007/s11538-015-0132-2 [105] Semple,C。;Simpson,J.,什么时候系统发育网络只是两棵树的合并?,《公牛数学生物学》,80,9,2338-2348(2018)·Zbl 1400.92378号 ·doi:10.1007/s11538-018-0463-x [106] 森普尔,C。;Steel,M.,《系统发生学》(牛津数学及其应用系列讲座)(2003年),牛津:牛津大学出版社,牛津·Zbl 1043.92026 [107] Semple,C。;Toft,G.,Trinets编码果园系统发育网络,《数学生物学杂志》(2021)·Zbl 1471.92237号 ·doi:10.1007/s00285-021-01654-7 [108] Solís-Lemus,C。;Ané,C.,在不完全谱系分类下推断具有最大伪似然的系统发育网络,《公共科学图书馆·遗传学》,12,3,e1005896(2016)·doi:10.1371/journal.pgen.1005896 [109] Solís-Lemus,C.(西班牙语:Solís-Lemus,C.)。;巴斯蒂德,P。;Ané,C.,《PhyloNetworks:a package for systematic networks》,分子生物学进化,34,12,3292-3298(2017)·doi:10.1093/molbev/msx235 [110] Solís-Lemus C,Coen A,AnéC(2020)关于伪似然模型下系统发育网络的可识别性arXiv-e-prints arXiv:2010.01758 [111] Stamatakis A(2005)使用模拟退火进行系统发育推断的有效程序In:第19届IEEE国际并行和分布式处理研讨会IEEE,doi:10.1109/ipdps.2005.90 [112] Steel M(2016)系统发育:进化中的离散和随机过程宾夕法尼亚州费城工业与应用数学学会·Zbl 1361.92001号 [113] 马萨诸塞州斯特罗布尔;Barker,D.,《关于系统发育重建中的模拟退火相变》,《分子系统发育进化》,101,46-55(2016)·doi:10.1016/j.ympev.2016.05.001 [114] Sánchez-Pacheco,SJ;孔,S。;Pulido-Santacruz,P.,SARS-CoV-2基因组的中位数连接网络分析既不是系统发育也不是进化,国家科学院学报,11712518-12519(2020)·doi:10.1073/pnas.2007062117 [115] Than,C。;露丝·D·。;Nakhleh,L.,PhyloNet:分析和重建网状进化关系的软件包,BMC Bioninform(2008)·doi:10.1186/1471-2105-9-322 [116] Thatte,BD,重建谱系:重组突变模型的一些可识别性问题,《数学生物学杂志》,66,1-2,37-74(2012)·Zbl 1258.92030号 ·doi:10.1007/s00285-011-0503-8 [117] 范·埃尔塞尔,L。;Moulton,V.,Trinets编码树孩和二级系统发育网络,《数学生物学杂志》(2013)·Zbl 1339.92008号 ·doi:10.1007/s00285-013-0683-5 [118] 范·埃尔塞尔,L。;Semple,C。;Steel,M.,《在系统发育网络中定位树》,Inf Process Lett,110,1037-1043(2010)·Zbl 1379.68184号 ·doi:10.1016/j.ipl.210.07.027 [119] 范·埃尔塞尔,L。;琼斯,M。;Scornavaca,C.,系统发育网络的改进最大简约模型,系统生物学,67,3,518-542(2017)·doi:10.1093/sysbio/syx094 [120] 范·埃尔塞尔,L。;莫尔顿,V。;de Swart,E.,Binets:系统发育网络的基本构建块,《公牛数学生物学》,79,5,1135-1154(2017)·Zbl 1368.92127号 ·doi:10.1007/s11538-017-0275-4 [121] van Iersel L、Janssen R、Jones M等人(2021)果园网络是具有额外水平弧的树木arXiv电子指纹arXiv:2110.11065 [122] Vu H,Chin F,Hon WK,et al(2013)从一组基因树重建k网状系统发育网络In:生物信息学研究与应用Springer Berlin Heidelberg,pp 112-124,doi:10.1007/978-3642-38036-5_14 [123] 王,L。;张凯。;Zhang,L.,带重组的完美系统发育网络,计算机生物学杂志,8,1,69-78(2001)·doi:10.1089/106652701300099119 [124] 温,D。;Nakhleh,L.,从多点序列数据共同估计网状系统发育和基因树,系统生物学,67,3,439-457(2017)·doi:10.1093/sysbio/syx085 [125] 温,D。;Yu,Y。;Zhu,J.,使用phylonet推断系统发育网络,Syst Biol,67735-740(2018)·doi:10.1093/sysbio/syy015年 [126] Willson SJ(2007)《对有意义的系统发育网络的限制》,在英国剑桥大学艾萨克·牛顿数学科学研究所EMBO系统发育学当前挑战和问题研讨会上发表特稿 [127] Willson,SJ,《正常系统发育网络的特性》,《公牛数学生物学》,72,2,340-358(2009)·Zbl 1185.92085号 ·doi:10.1007/s11538-009-9449-z [128] Willson,SJ,《可以从树中唯一地构建规则网络》,IEEE/ACM Trans-Comput Biol Bioinf,8,3,785-796(2011)·数字对象标识代码:10.1109/tcb.2010.69 [129] Willson,SJ,某些系统发育网络上的树平均距离具有唯一确定的权重,Algorithms Mol-Biol(2012)·doi:10.1186/1748-7188-7-13 [130] Willson,SJ,从树平均距离重建某些系统发育网络,《公牛数学生物学》,75,10,1840-1878(2013)·Zbl 1275.92084号 ·doi:10.1007/s11538-013-9872-z [131] Xu J,AnéC(2021)基于平均距离的系统发育网络局部和全局特征的可识别性arXiv电子指纹arXiv:2110.11814 [132] Yu,Y。;Nakhleh,L.,《系统发育网络的最大伪相似性方法》,BMC基因组学(2015)·doi:10.1186/1471-2164-16-s10-s10 [133] Yu,Y。;德南,JH;Nakhleh,L.,《系统发育网络中基因树拓扑的概率及其在杂交检测中的应用》,《公共科学图书馆·遗传学》,8,4,e1002660(2012)·doi:10.1371/journal.pgen.1002660 [134] Yu,Y。;巴内特,RM;Nakhleh,L.,在不完全谱系排序的情况下杂交的简约推断,《系统生物学》,62,5,738-751(2013)·doi:10.1093/sysbio/syt037 [135] Yu,Y。;Dong,J。;Liu,KJ,网状进化历史的最大似然推断,国家科学院学报,111,46,16448-16453(2014)·doi:10.1073/pnas.1407950111 [136] 张,C。;奥格尔维,HA;Drummond,AJ,基于多点序列数据的物种网络贝叶斯推断,分子生物学进化,35,2,504-517(2017)·doi:10.1093/molbev/msx307 [137] Zhang,L.,《基于树的系统发育网络》,《计算机生物学杂志》,23,7,553-565(2016)·doi:10.1089/cmb.2015.0228 [138] Zhang L(2019)集群、树和系统发育网络类In:Bioinformatics and Phylogenetics Springer,pp 277-315,doi:10.1007/978-3-030-10837-3_12 [139] 朱,J。;Nakhleh,L.,使用伪相似性从双等位基因标记推断物种系统发育,生物信息学,34,13,i376-i385(2018)·doi:10.1093/bioinformatics/bty295 [140] 朱,J。;刘,X。;Ogilvie,HA,从多点数据进行可扩展系统发育网络推断的分治方法,生物信息学,35,14,i370-i378(2019)·doi:10.1093/bioinformatics/btz359 [141] 朱,S。;Degnan,JH,显示的树无法确定网络多物种合并下的可区分性,Syst Biol(2016)·doi:10.1093/sysbio/syw097 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。