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Błażej，P。；E.菲梅尔。；M.甘贝尔。

遗传代码模型在抵抗点突变的稳健性方面的质量。 （英语） Zbl 1417.92103号

牛市。数学。生物。 81，第7期，2239-2257（2019）.
摘要：在这篇论文中，我们从对点突变的鲁棒性方面研究了理论遗传密码的选定模型的质量。为了解决这个问题，我们使用了一个图表表示法，其中包括密码子中发生的所有可能的单核苷酸点突变，密码子是每个蛋白质编码序列的构建块。根据图论，给定代码模型的质量是使用集合电导特性来测量的，集合电导具有有用的生物学解释。通过这种方法，我们找到了给定数量编码块的最健壮的遗传代码结构。此外，我们测试了由二进制二分法（BDA）生成的遗传代码模型的一些特性，并将其与随机生成的遗传密码模型进行了比较。结果表明，BDA生成的模型在电导测量方面比大多数随机生成的遗传代码模型具有更好的性能，更重要的是，BDA模型可以获得尽可能好的电导值。因此，BDA生成的模型对由单核苷酸替换生成的编码信息的变化非常稳健。

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
05C90年 图论的应用

关键词：

遗传密码；二分法类；点突变
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{P.Błażej}等人，公牛。数学。生物学81，第7期，2239--2257（2019；Zbl 1417.92103）
全文： DOI程序

参考文献：

[1] Blazej P，Wnetrzak M，Mackiewicz P（2016）交叉算子在基于进化的遗传代码优化方法中的作用。生物系统150:61-72·doi:10.1016/j.biosystems.2016.08.008
[2] Blazej P、Wnetrzak M、Mackiewicz D、Mackievicz P（2018a）使用进化算法根据三个密码子位置优化标准遗传代码。《公共科学图书馆·综合》。https://doi.org/10.1371/journal.pone.0201715 ·Zbl 1460.92132号 ·doi:10.1371/journal.pone.201715
[3] Blazej P、Kowalski D、Mackiewicz D、Wnetrzak M、Aloqalaa D、Mackeewicz P（2018b）遗传代码的结构是一个最优图聚类问题。https://doi.org/10.101/1332478 ·Zbl 1497.92171号
[4] Bollobàs B（1998）现代图论。纽约州施普林格·Zbl 0902.05016号 ·数字对象标识代码：10.1007/978-1-4612-0619-4
[5] Di Giulio M（1989）遗传密码进化过程中极性距离最小化所达到的延伸。分子进化杂志29（4）：288-293·doi:10.1007/BF02103616
[6] Di Giulio M（2005）遗传密码的起源：理论及其关系，综述。生物系统80（2）：175-184·doi:10.1016/j.biosystems.2004.11.005
[7] Di Giulio M（2017）一些尖锐的论据反对遗传密码起源的物理化学理论，并证实了共同进化理论。《理论生物学杂志》414:1-4·doi:10.1016/j.jtbi.2016.11.014
[8] Dunnill P（1966）三重核苷酸氨基酸配对——蛋白质和非蛋白质氨基酸划分的立体化学基础。《自然》210（5042）：1267-1268·doi:10.1038/2101267a0
[9] Epstein CJ（1966）氨基酸“密码”和构象选择在蛋白质进化中的作用。《自然》210（5031）：25-28·doi:10.1038/210025a0
[10] Fimmel E，Strüngmann L（2016）Yury Borisovich Rumer及其关于遗传密码的生物论文。菲洛斯Trans R Soc A374:20150228·doi:10.1098/rsta-2015.0228
[11] Fimmel E，Danielli A，Strüngmann L（2013）遗传密码的二分法类和双投影。《Theor生物学杂志》336:221-230·Zbl 1411.92196号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2013.07.027
[12] Fimmel E、Giannerini S、Gonzalez D、Strüngmann L（2014）《循环码、对称性和变换》。数学生物学杂志70（7）：1623-1644·兹比尔1369.92032 ·doi:10.1007/s00285-014-0806-7
[13] Fimmel E，Michel CJ，Strüngmann L\[（2016）n\]图论中的n-核苷酸循环码。菲洛斯Trans A 374:20150058·Zbl 1353.92040号 ·doi:10.1098/rsta.2015.058
[14] Fimmel E，Michel CJ，Strüngmann L（2017）遗传信息中的强无逗号代码。《公牛数学生物学》79（8）：1796-1819。https://doi.org/10.1007/s11538-017-0307-0 ·Zbl 1373.92043号 ·doi:10.1007/s11538-017-0307-0
[15] Fimmel E，Michel CJ，Starman M，Strüngmann L（2018）编码理论中的自互补循环码。理论生物科学137（1）：51-65。https://doi.org/10.1007/s12064-018-0259-4 ·doi:10.1007/s12064-018-0259-4
[16] Freeland SJ，Hurst LD（1998年a）遗传密码是百万分之一。分子进化杂志47（3）：238-248·doi:10.1007/PL00006381
[17] Freeland SJ，Hurst LD（1998b）遗传密码的负荷最小化：历史无法解释这种模式。Proc R Soc B生物科学265（1410）：2111-2119·doi:10.1098/rspb.1998.0547
[18] Giannerini S，Gonzalez DL，Rosa R（2012）《DNA，二分法类和帧同步：准晶体框架》，Philos Trans R Soc 370:2987-3006·Zbl 1250.92018年 ·doi:10.1098/rsta.2011.0387
[19] Gumbel M，Fimmel E，Danielli A，Strüngmann L（2015）关于二进制二分法算法生成的遗传代码模型。生物系统128:9-18·doi:10.1016/j.biosystems.2014.12.001
[20] JoséM，Zamudio GS，Morgado ER（2017）标准遗传密码的统一模型。R Soc开放访问。https://doi.org/10.1098/rsos.160908 ·doi:10.1098/rsos.160908
[21] Khorana HG、Buchi H、Ghosh H、Gupta N、Jacob TM、Kossel H、Morgan R、Narang SA、Ohtsuka E、Wells RD（1966）多核苷酸合成和遗传密码。Cold Spring Harb Symp-Quant生物杂志31:39-49·doi:10.1101/SQB.1966.031.01.010
[22] Lee JR，Gharan SO，Trevisan L（2014）多向谱划分和高阶cheeger不等式。美国临床医学杂志61（6）：37。https://doi.org/10.1145/2665063 ·Zbl 1321.05151号 ·doi:10.145/2665063
[23] Levin DA、Peres Y、Wilmer EL（2009），马尔可夫链和混合时间。美国数学学会，普罗维登斯·Zbl 1160.60001号
[24] Nirenberg M、Caskey T、Marshall R、Brimacombe R、Kellogg D、Doctor B、Hatfield D、Levin J、Rottman F、Pestka S、Wilcox M、Anderson F（1966）《rna代码和蛋白质合成》。冷泉Harb Symp-Quant Biol 31:11-24·doi:10.1101/SQB.1966.031.01.008
[25] Pelc SR，Welton MGE（1966）编码三联体和氨基酸之间的立体化学关系。自然209（5026）：868-870·doi:10.1038/209868a0
[26] Rumer YB（2016a）Yu对遗传密码子系统化的翻译[I]。B.Rumer（1966年）。菲洛斯Trans R Soc A374:20150446·doi:10.1098/rsta-2015.0446
[27] Rumer YB（2016b）Yu对遗传密码子系统化的翻译[II]。B.Rumer（1968年）。菲洛斯Trans R Soc A374:20150447·doi:10.1098/rsta.2015.0447
[28] Rumer YB（2016c）Yu对遗传密码子系统化的翻译[III]。B.Rumer（1969年）。菲洛斯Trans R Soc A374:20150448·doi:10.1098/rsta.2015.0448
[29] Santos J，Monteagudo A（2010）通过遗传算法研究遗传代码的适应性。《Theor生物学杂志》264（3）：854-865·Zbl 1406.92405号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2010.02.041
[30] Schönauer S，Clote P（1997）遗传密码有多最优？In:Frishman D，Mewes HW（eds）德国生物信息学会议（GCB'97）的计算机科学和生物学会议记录，第65-67页
[31] Tlusty T（2010）遗传密码的多姿多彩的起源：信息理论、统计力学和分子密码的出现。《物理生活评论》7（3）：362-376。https://doi.org/10.1016/j.plrev.2010.06.002 ·doi:10.1016/j.plrev.2010.06.002
[32] Wong JT（1975）遗传密码的共同进化理论。美国国家科学院院刊72（5）：1909-1912·doi:10.1073/pnas.72.5.1909
[33] Yarus M、Caporaso JG、Knight R（2005）《遗传密码的起源：逃逸三胞胎理论》。生物化学年鉴74:179-198·doi:10.1146/annurev.biochem.74.082803.133119
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