达米尔·哈西奇;埃里克·坦尼尔 基因树和解包括替换转移是NP-hard和FPT。 （英语） Zbl 1423.92205号 J.库姆。最佳方案。 38，编号2，502-544（2019）. 概述：系统发生树说明了基因和物种的进化历史。尽管基因是随着所属物种的进化而进化的，但物种树和基因树往往并不相同。其原因是基因水平上的进化事件，如复制或转移。这些差异通过系统发育和解来处理，系统发育和解形式上是基因树节点与物种树节点和分支之间的映射。我们研究用基因转移替代现有基因的和解模型，这是一个生物学上重要的事件，但从未包含在和解模型中。这个问题与经典子树剪枝重植（SPR）距离问题的过时版本很相似，即剪枝后的子树只能在靠近根的分支上重植。我们证明了包含置换转移的协调问题是NP-hard问题，并且，如果物种形成和置换转移是唯一允许的进化事件，那么它对于协调的权重是固定参数可处理的。我们证明了这些结果可以推广到已过时的SPR问题。 引用于2文件 MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 2017年第68季度 问题的计算难度（下限、完备性、近似难度等） 关键词：系统发育和解;过时子树修剪和再生SPR;基因转移;更换时转移（更换转移）;NP硬/完整;固定参数可控制（FPT） 软件：rSPR PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{D.Hasić}和\textit{E.Tannier}，J.Comb。最佳方案。38，编号2，502--544（2019；Zbl 1423.92205） 全文： DOI程序 arXiv公司 参考文献： [1] Abby SS、Tannier E、Gouy M、Daubin V（2012），横向基因转移是生命树的支撑。美国国家科学院院刊109（13）：4962-4967。https://doi.org/10.1073/pnas.1116871109 ·doi:10.1073/pnas.1116871109 [2] Allen BL，Steel M（2001）子树转移操作及其在进化树上的诱导度量。安·库姆5（1）：1-15。https://doi.org/10.1007/s00026-001-8006-8 ·Zbl 0978.05023号 ·doi:10.1007/s00026-001-8006-8 [3] Bansal MS、Alm 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