李，贝贝;赵志宏;沈、宣;薛岑迪;钟丽伟 基于（mathrm{SO}（3）旋转群理论，将αβ晶体结构拟合到电子显微镜上。 （英语） Zbl 1334.90148号 J.库姆。最佳方案。 30，第4期，906-919（2015）. 小结：基于（mathrm{SO}（3）旋转群理论，提出了一种将（αβ）晶体结构拟合到相应的电子显微镜（EM）模型上的方法，用于晶体疾病的进一步诊断。将EM模型作为一种\（\α\β\）-晶体模型旋转变形，根据其分子特征，首先对获得的EM进行图像处理技术，然后对其进行网格生成。其次，利用（mathrm{SO}（3）旋转群理论，进行刚体拟合，将α-β-晶体蛋白质数据库（PDB）数据拟合到其EM上。在拟合过程中，采用了FFT来解决数据量大、计算量高的问题。PDB文件来自NCBI，EM文件来自EMBL-EBI。所有工具均由CVC、ICES、德克萨斯大学奥斯汀分校开发。实验结果表明，这是一种将（αβ）晶体PDB晶体结构拟合到其EM模型上的精确而有效的方法。 引用于1文件 MSC公司： 90C27型 组合优化 90 C90 数学规划的应用 关键词：\（\α\β\）-结晶;\（\mathrm{SO}（3）\）旋转组;快速傅里叶变换;电子显微镜;适合的 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.Li}等人，J.Comb。最佳方案。30，第4号，906--919（2015；Zbl 1334.90148） 全文： 内政部 参考文献： [1] Aistleitner C，Brauchart J，Dick J（2012）球面S2上的点集与小球冠差异。离散计算几何48（4）:990-1024·Zbl 1272.65003号 [2] Bajaj C、Goswami S、Q Z（2012）《冷冻电子显微镜检测蛋白质的二级和超二级结构》。结构生物学杂志177（2）：367-381·doi:10.1016/j.jsb.2011.01.032 [3] Bajaj C、Bauer B、Bettadapura R、Vollrath A（2013）刚体和多维旋转相关性的非均匀傅里叶变换。SIAM科学计算杂志35（4）：821-845·Zbl 1310.92065号 ·doi:10.1137/120892386 [4] Braun N、Zacharias M、Peschek J、Kastenmüller A、Zou J、Hanzlik M、Haslbeck M、Rappsilber J、Buchner J、Weinkauf S（2011）通过三重杂交方法阐明的眼晶状体伴侣\[\alpha\beta\]αβ-晶体的多分子结构。美国国家科学院院刊108（51）：20491-20496·doi:10.1073/pnas.111014108 [5] Burling TF，Weis IW（1996）使用实验晶体学相直接观察蛋白质溶剂化和离散无序。科学271:72-77·doi:10.1126/science.271.5245.72 [6] Chazelle B（2004）计算几何中的差异方法。收录：离散和计算几何手册。CRC出版社，博卡拉顿，第983-996页 [7] Fonseca PCAD，Kong HE，Zhang Z（2011）APC/CCdh1与底物的结构确定Cdh1和Apc10为D-box共受体。自然470（7333）：274-278·doi:10.1038/nature09625 [8] Frauenfeld J，Gumbart J（2011），膜环境中核糖体-细胞复合体的冷冻电镜结构。国家结构分子生物学18（5）：614-621·doi:10.1038/nsmb.2026 [9] Furcinitti SP，Oosstrum JV，Burnett M（1989）通过电子显微镜和晶体学的差异图像显示腺病毒多肽IX为衣壳水泥。EMBO杂志8:3563-3570 [10] 顾毅，赵明（2014）小分子热休克蛋白\[\alpha\beta\]αβ-晶体在抑制顺铂诱导胃癌细胞凋亡中的作用。In：《医学肿瘤学进展》，中国临床肿瘤学家学会，第609-614页 [11] Jobe A，Hashem Y，Georges A（2013）33布氏锥虫80S的高分辨率冷冻电镜结构：一种独特的真核核糖体。生物分子结构动力学杂志31（sup1）：20·doi:10.1080/07391102.2013.786465 [12] Lasker K，Förster F，Bohn S（2012）通过综合方法测定26s蛋白酶体全复合物的分子结构。美国国家科学院院刊109（5）：1380-1387·doi:10.1073/pnas.1120559109 [13] Lee B，Richards F（1970）蛋白质结构的解释：静态可及性的估计。分子生物学55:379-400·doi:10.1016/0022-2836（71）90324-X [14] Malin D，Strekalova E，Petrovic\[V（2014）\alpha\beta\]αβ-晶体：乳腺癌脑转移的新调节器。临床癌症研究20（1）：56-67·doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-1255 [15] Mitchell J（2008）通过连续正交图像采样旋转组。SIAM科学计算杂志30（1）：525-547·Zbl 1158.94347号 ·数字对象标识代码：10.1137/030601879 [16] Prasad VB、Burns W、Marietta E、Estes KM、Chiu W（1990）《用三维冷冻电子显微镜定位轮状病毒中的VP4中和位点》。自然343:476-479·数字对象标识代码：10.1038/343476a0 [17] Rayment I，Holden MH（1993）肌动蛋白复合体的结构及其对肌肉收缩的影响。科学261:58-65·doi:10.1126/science.8316858 [18] Rayment I，Rypniewsky R，Schmidt-Base K（1993）肌球蛋白亚片段-1的三维结构：分子马达。科学261:50-58·doi:10.1126/science.8316857 [19] Santhoshkumar P、Udupa P、Murugesan R、Sharma K（2008）低分子量晶体碎片在晶状体老化和白内障形成中相互作用的重要性。生物化学杂志283（13）：477-8485·doi:10.1074/jbc。M705876200型 [20] Sarkar P，Bosneaga E（2014）低温固定植物组织的电子断层扫描：一种原位研究成熟植物细胞壁三维大分子结构的新方法。公共科学图书馆一期9（9）：50-58 [21] Schröder RR，Manstein JD，Werner J（1993）用粒细胞霉素S1修饰的F-actin三维原子模型。自然364:171-174·doi:10.1038/364171a0 [22] Ye Z，Xu M，Cai Z（2013）光学相干断层扫描在术前检查中的应用。中国人民解放军医学院学报第34（11）期：1169-1173 [23] Yu Z，Bajaj C（2005）二十面体病毒重建冷冻电镜图的自动超结构分割。IEEE传输图像处理14:1324-1337·doi:10.10109/TIP.2005.852770 [24] Yu Z，Bajaj C（2008）大型生物分子复合物自动结构分析的计算方法。IEEE/ACM Trans-Comput Biol生物信息5:568-582·doi:10.1109/TCBB.2007.70226 [25] 袁毅，朱刚（2012）控制\[\alpha\beta\]αβ-晶体细胞凋亡的研究。《Diagn Ther Derm Venerol杂志》19（4）：260-262 [26] Zhang Y，Xu G，Bajaj C（2006）生物分子结构隐式溶剂化模型的质量网格划分。计算机辅助几何设计23（6）：510-530·Zbl 1098.92034号 ·doi:10.1016/j.cagd.2006.01.008 [27] Zhong L，Luo S，Wu L，Xu L，Yang J，Tang G（2014）《手术计划的两阶段方法》。J Comb Optim杂志27:545-556·Zbl 1297.90064号 ·doi:10.1007/s10878-012-9535-2 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。