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水田，Atsushi;葛启伟;松野浩

信号通路Petri网模型中计算触发频率的相关跃迁收缩。 （英语） Zbl 1461.68137号

算法（巴塞尔） 10，第1号，第4号论文，21页（2017年）.
摘要：尽管最近在高通量生物数据测量方面取得了快速进展，但仍很难收集生物途径中的所有反应速度数据。本文提出了一种基于Petri网的算法，该算法可以从生物有效数据中导出信号通路中无效反应速度的估计值。事实上，这些反应速度是基于信号通路的定时Petri网模型中的延迟时间来反映的。我们引入了Petri网转换集上的“依赖关系”的概念，并通过结构分析推导了依赖关系的性质。基于理论结果，该算法可以有效地将具有两个基本结构的转换收缩为单个转换，从而减少Petri网的大小，最终发现具有依赖关系的所有转换集。最后，为了证明我们的算法的有效性，我们将我们的算法应用于IL-3 Petri网模型。

MSC公司：

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

信号通路;Petri网;无保留Petri网;依赖收缩;依赖关系

软件：

PNML公司;TRANSPATH（传输路径）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{A.Mizuta}等人，《算法（巴塞尔）》10，第1期，第4号论文，21页（2017年；Zbl 1461.68137）
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