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布鲁姆，克里斯蒂安;Günther R.Raidl。

最小公共字符串划分问题的两个整数线性规划模型的计算性能评估。 （英语） Zbl 1339.90236号

最佳方案。莱特。 10，第1期，189-205（2016）.
摘要：在最小公共字符串分区（MCSP）问题中，给出了两个相关的输入字符串。“相关”是指两个字符串由相同的一组字母组成，在两个字符串中出现的次数相同。MCSP寻求将一个字符串划分为非重叠子字符串的最小基数，这也是对第二个字符串的有效划分。这个问题在生物信息学中有应用，例如在分析相关DNA或蛋白质序列中。对于长度小于约1000个字母的字符串，以前发布的整数线性规划（ILP）公式在使用最先进的解算器（如CPLEX）求解时会产生令人满意的结果。在这项工作中，我们提出了一个新的替代ILP模型，并与前一个模型进行了比较。虽然多面体研究表明这两个模型的线性规划松弛同样强大，但使用真实世界和人工创建的基准实例进行的综合实验比较表明，新公式具有显著的计算优势。

引用于三文件

MSC公司：

90立方厘米 整数编程
90 C90 数学规划的应用

关键词：

最小公共字符串分区;生物信息学;整数线性规划;计算比较

软件：

CPLEX公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.Blum}和\textit{G.R.Raidl}，Optim。莱特。10，第1号，189--205（2016；Zbl 1339.90236）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Blum，C.，Lozano，J.A.，Pinacho Davidson，P.：最小公共字符串划分问题的迭代概率树搜索。In:Blesa，M.J.，Blum，C.，Voss，S.（编辑）HM 20104-9届混合元启发式国际研讨会论文集。计算机科学课堂讲稿，第8457卷，第154-154页。施普林格，柏林（2014）
[2] Blum，C.，Lozano，J.A.，Pinacho Davidson，P.：解决最小公共字符串划分问题的数学编程策略。欧洲药典。第242（3）号决议，第769-777号决议（2015年）·Zbl 1341.90107号 ·doi:10.1016/j.ejor.2014.10.049
[3] Chen，X.，Zheng，J.，Fu，Z.，Nan，P.，Zhong，Y.，Lonardi，S.，Jiang，T.：通过基因组重排分配同源基因。IEEE/ACM传输。计算。生物信息。2(4), 302-315 (2005) ·doi:10.1109/TCBB.2005.48
[4] Chrobak，M.，Kolman，P.，Sgall，J.：最小公共字符串划分问题的贪婪算法。作者：Jansen，K.，Khanna，S.，Rolim，J.D.P.，Ron，D.（eds.）《APPROX 2004-7届组合优化问题近似算法国际研讨会论文集》。计算机科学课堂讲稿，第3122卷，第84-95页。施普林格，柏林（2004）·兹比尔1106.68434
[5] Cormode，G.，Muthukrishnan，S.：移动的字符串编辑距离匹配问题。ACM事务处理。算法3（2），1-19（2007）·Zbl 1321.68551号 ·doi:10.1145/1186810.1186812
[6] Damaschke，P.：参数化的最小公共字符串分区。收录：Crandall，K.A.，Lagergren，J.（编辑）《WABI 2008年第八届生物信息学算法国际研讨会论文集》。计算机科学讲义，第5251卷，第87-98页。柏林施普林格出版社（2008）
[7] Ferdous，S.M.，Sohel Rahman，M.：借助蚂蚁解决最小公共字符串划分问题。Tan，Y.、Shi，Y.和Mo，H.（eds.）《2013年第4届ICSI国际群体智能进展会议论文集》。计算机科学课堂讲稿，第7928卷，第306-313页。柏林施普林格出版社（2013）·Zbl 1409.68270号
[8] Ferdous，S.M.、Sohel Rahman，M.：最小公共字符串划分问题的MAX-MIN蚁群系统（2014）。arXiv公司：1401.4539
[9] Fu，B。；姜浩。；杨，B。；朱，B。；王伟（编辑）；Zhu，X.（编辑）；Du，DZ（ed.），最小公共字符串划分问题的指数和多项式时间算法，第6831号，299-310（2011），柏林·Zbl 1342.68366号 ·doi:10.1007/978-3-642-22616-8_24
[10] Gallardo，J.E.：最短公共超序列问题的多级概率波束搜索算法。《公共科学图书馆·综合》7（12）（2012）·Zbl 1156.68617号
[11] Garey，M.R.，Johnson，D.S.：计算机与难处理性；NP-完备性理论指南。W.H.Freeman，旧金山（1979）·Zbl 0411.68039号
[12] Goldstein，A。；科尔曼，P。；郑，J。；Fleischer，R.（编辑）；Trippen，G.（编辑），最小公共字符串划分问题：硬度和近似，第3341号，484-495（2005），柏林·Zbl 1116.68472号
[13] 戈尔茨坦，I。；勒文斯坦，M。；Giancarlo，R.（编辑）；Manzini，G.（编辑），最小公共字符串分区的快速贪婪计算，第6661273-284号（2011），柏林·Zbl 1339.68332号 ·doi:10.1007/978-3642-21458-5_24
[14] He，D。；Mandoiu，I.（编辑）；Zelikovsky，A.（编辑），最小公共字符串划分问题的新型贪婪算法，第4463、441-452号（2007），柏林·doi:10.1007/978-3-540-72031-7_40
[15] Hsu，W.J.，Du，M.W.：计算一组字符串的最长公共子序列。位数字。数学。24(1), 45-59 (1984). doi:10.1007/BF01934514·Zbl 0528.68049号
[16] Jiang，H.，朱，B.，朱，D.，朱，H.：重新讨论最小公共字符串分区。J.库姆。最佳方案。23(4), 519-527 (2012) ·Zbl 1244.90195号 ·doi:10.1007/s10878-010-9370-2
[17] Kaplan，H.，Shafrir，N.：移动编辑距离的贪婪算法。Inf.流程。莱特。97(1), 23-27 (2006) ·Zbl 1184.68639号 ·doi:10.1016/j.ipl.2005.08.010文件
[18] 科尔曼，P。；Jedrzejowicz，J.（编辑）；Szepietowski，A.（编辑），重复数有界的字符串的近似反转距离，第3618号，580-590（2005），柏林·Zbl 1156.68617号 ·doi:10.1007/11549345_50
[19] 科尔曼，P。；瓦伦，T。；Erlebach，T.（编辑）；Kaklamanis，C.（编辑），《重复字符串的反向距离：使用打击集的线性时间近似》，第4368号，第279-289页（2007年），柏林·兹比尔1129.68431 ·doi:10.1007/11970125_22
[20] Meneses，C.、Oliveira，C.、Pardalos，P.：基因组学中字符串选择和比较问题的优化技术。IEEE工程医学生物学。Mag.24（3），81-87（2005）·doi:10.1109/MEMB.2005.1436464
[21] Mousavi，S.，Babaie，M.，Montazerian，M.：一种改进的启发式算法，用于解决绝大多数字符串问题。《启发式杂志》18，239-262（2012）·doi:10.1007/s10732-011-9177-z
[22] 夏皮拉，D。；斯托尔，JA；Apostolico，A.（编辑）；武田，M.（编辑），《使用移动操作编辑距离》，第2373、85-98号（2002年），柏林·兹比尔1077.68744 ·doi:10.1007/3-540-45452-79
[23] Smith，T.，Waterman，M.：常见分子子序列的识别。分子生物学杂志。147(1), 195-197 (1981) ·doi:10.1016/0022-2836（81）90087-5
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