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乔瓦尼·帕迪尼;罗伯托·巴布蒂;安德烈亚·马焦洛·谢蒂尼;保罗·米拉佐;西蒙·蒂尼

具有限制的反应系统的组成语义和行为等效性。 （英语） Zbl 1360.68574号

理论。计算。科学。 551, 1-21 (2014).
摘要：反应系统是生化反应之间相互作用的抽象模型，围绕促进和抑制这两种相反的机制发展。反应系统的演化是由外部物体驱动的，这些物体在每一步都被环境送入系统。为了提高微积分的建模表达能力，我们考虑了反应系统的扩展限制，允许隐藏实体，例如发生在膜内的实体。
为此，我们最近开发了反应代数，一种类似于用限制算子扩展的反应系统的微积分。本文给出了反应代数的三个等价语义：一个约简语义和两个状态抽象合成语义。约简语义旨在从高层捕获反应代数模型的行为，而这两种组合语义使反应系统的交互本质更加明确。这两种组合语义之间的区别在于如何描述与上下文实体相关的行为：使用伸展的描述，而另一个使用紧张的一个。我们还定义了在两种组合语义的设置中，行为等效包括功能对等反应系统，这也被证明是同余的，从而为模型的模块化描述提供了形式基础。
最后，作为本文所开发技术的应用示例，我们比较了两个不同的反应代数模型的语义紫胶中的操纵子大肠杆菌细菌。

引用于7文件

理学硕士：

68问题55 计算理论中的语义学
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
92C45型 生化问题中的动力学（药代动力学、酶动力学等）

关键词：

反应系统;反应代数;结构操作语义;行为等效性;同余
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\textit{G.Pardini}等人，Theor。计算。科学。551，1--21（2014；Zbl 1360.68574）
全文： 内政部

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