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刘，梁;于丽丽;Dennis K·珀尔。

最大树：物种树的一致估计。 （英语） Zbl 1311.92138号

数学杂志。生物。 60，第1期，95-106（2010）.
摘要：我们提出了一种基于模型的方法，使用多基因树来估计物种树。当祖先物种中存在任何多态性时，合并过程要求基因差异比物种差异更早发生。在这种情况下，物种形成的时间被限制为小于相应的基因分裂时间。最大树（MT）是指在受可用基因树限制的物种树空间中具有最大可能物种形成时间的树。如果所有种群具有相同的种群规模，则MT是物种树的最大似然估计。可以证明，如果基因树估计在统计上是一致的，则即使MT是建立在真实基因树估计的基础上，MT也是物种树的一致估计。MT以指数速率概率收敛到真实物种树。

引用于8文件

MSC公司：

第92天 与进化有关的问题
92D10型 遗传学和表观遗传学
10层62层 点估计
2012年12月62日 参数估计量的渐近性质

关键词：

最大树;物种树;一致的;聚结;最大似然估计

软件：

基因树
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Liu}等人，J.Math。生物学60，第1期，95--106（2010；Zbl 1311.92138）
全文： DOI程序

参考文献：

[1] Chen FC，Li WH（2001）人类和其他人种之间的基因组差异以及人类和黑猩猩共同祖先的有效种群规模。《美国人类遗传学杂志》68:444–456。数字对象标识代码：10.1086/318206·数字对象标识代码：10.1086/318206
[2] Degnan JH，Rosenberg NA（2006）物种树与其最可能的基因树的不一致。公共科学图书馆-基因2:762-768。doi:10.1371/journal.pgen.0020068·doi:10.1371/journal.pgen.0020068
[3] Donnelly P，Tavare S（1995）《中立下的联合与谱系结构》。年度修订版Genet 29:401–421。doi:10.1146/annurev.ge.29.120195.002153·doi:10.1146/annurev.ge.29.120195.002153
[4] Doyle JJ（1992）基因树和物种树-分子系统学作为一个特征分类法。系统机器人17:144–163。doi:10.2307/2419070·doi:10.2307/2419070
[5] Edwards SV，Beerli P（2000）《透视：系统地理学研究中的基因分化、种群分化和聚合时间的变化》。进化国际J组织进化54:1839–1854
[6] Edwards SV，Liu L，Pearl DK（2007）无串联的高分辨率树种。美国国家科学院院刊104:5936–5941。doi:10.1073/pnas.0607004104·doi:10.1073/pnas.0607004104
[7] Felsenstein J（2004）推断系统发育。桑德兰Sinauer Associates
[8] Hudson RR（1991）《基因系谱和合并过程》。牛津大学Surv Evol-Biol 1–44
[9] Jennings WB，Edwards SV（2005）澳大利亚草雀（Poephila）物种历史，从30个基因树推断。进化国际J组织进化59:2033–2047
[10] Kingman JFC（1982）关于大种群的系谱。Stoch Proc应用程序13:235–248。doi:10.1016/0304-4149（82）90011-4·Zbl 0491.60076号 ·doi:10.1016/0304-4149（82）90011-4
[11] Kingman JFC（2000）《合并的起源：1974–1982》。遗传学156:1461–1463
[12] Kubatko LS，Degnan JH（2007）在合并条件下从连锁数据进行的系统发育估计的不一致性。系统生物学56:17–24。网址：10.1080/10635150601146041·doi:10.1080/106351501146041
[13] Liu L，Pearl DK（2007）《基因树中的物种树：使用估计的基因树分布重建物种系统发育的贝叶斯后验分布》。系统生物学56:504–514。doi:10.1080/10635150701429982·doi:10.1080/10635150701429982
[14] Maddison WP（1997）物种树中的基因树。系统生物学46:523–536。doi:10.2307/2413694·doi:10.1093/sysbio/46.3.523
[15] Maddison WP，Knowles LL（2006），尽管谱系分类不完整，但仍推断系统发育。系统生物学55:21-30。网址：10.1080/10635150500354928·网址：10.1080/10635150500354928
[16] Mossel E，Roch S（2007）不完全谱系分类：来自多个位点的一致系统发育估计。arXiv:0710.0262v2[q-bio.PE]
[17] Nielsen R等人（1998）无突变模型中种群分化时间和种群系统发育的最大似然估计。进化国际J组织进化52:669–677。doi:10.2307/2411262·doi:10.2307/2411262
[18] Page RDM（1998）GeneTree：使用调和树比较基因和物种系统发育。生物信息学14:819-820。doi:10.1093/bioinformatics/14.9.819·doi:10.1093/bioinformatics/14.9.819
[19] Page RDM，Charleson MA（1997）从基因到组织系统发育：调和树和基因树种树问题。分子系统进化7:231-240。doi:10.1006/mpev.1996.0390·doi:10.1006/mpev.1996.0390
[20] Rannala B，Yang ZH（2003）使用来自多个位点的DNA序列对物种分化时间和祖先种群大小进行Bayes估计。遗传学164:1645–1656
[21] Rosenberg NA，Tao R（2008）物种树与其最可能的基因树的不一致：五个分类群的案例。系统生物学57:131–140。doi:10.1080/10635150801905535·doi:10.1080/106351150801905535
[22] Takahata N（1989）3个相关种群的基因系谱-基因树和种群树之间的一致性概率。遗传学122:957–966
[23] Takahata N，Satta Y，Klein J（1995），通向现代人类的谱系中的分歧时间和人口规模。《Theor Popul Biol》48:198-221。doi:10.1006/tpbi.1995.1026·兹比尔0854.92013 ·doi:10.1006/tpbi.1995.1026
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