阿诺·本沙哈尔;查利法·卡斯皮（Vered Chalifa-Caspi）;丹尼·赫尔梅林;米查尔·齐夫·尤克尔森 参考锚定基因块的双液相方法及其在致病岛上的应用。 （英语） Zbl 1383.92024号 Frith，Martin（编辑）等人，《生物信息学中的算法》。第16届国际研讨会，WABI 2016，丹麦奥胡斯，2016年8月22日至24日。诉讼程序。查姆：施普林格（ISBN 978-3-319-43680-7/pbk；978-3-3169-43681-4/电子书）。计算机科学课程讲稿9838。生物信息学课堂讲稿，14-26（2016）。 摘要：我们在基因块发现中形式化了一个新的问题变量，表示为参考锚定基因块（RAGB）。给定一个长度为\（n\）的查询序列\（Q\），表示DNA元素的基因阵列，在\（Q\）中感兴趣的子串长度上的窗口大小绑定\（d\），以及一组目标基因序列\（\mathcal｛T｝=\｛T_1\ldots T_c\｝\）。我们的目标是在（mathcal{T}）中鉴定基因块，这些基因块集中在（q）的共定位基因子集（q。我们将RAGB转化为二部图中（有色）二元问题的一个变体，并分析了其参数化复杂性以及其他相关问题的参数化复杂性。我们为我们的双液问题的未着色变量给出了一个（O（nm+2^dnm/lgm）时间算法，其中（m）是从目标序列解析出的感兴趣区域的数量，并且（n）和（d）如上文所定义。我们的该算法可以适用于在相同的时间复杂度内计算图中的所有最大双链，并处理边权重，时间复杂度略有增加。对于问题的有色版本，我们的算法的时间复杂度为（O（2^dnm））。我们实现了该算法，并举例说明了其在LEE中的应用，LEE是来自大肠杆菌携带毒力基因的基因组。我们的代码和补充材料，包括省略的校样和数字，可在网址：https://www.cs.bgu.ac.il/~negevcb/RAGB/.关于整个系列，请参见[Zbl 1343.68008号]. MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 92D25型 人口动态（一般） 92-08 生物问题的计算方法 05C90年 图论的应用 关键词：参考锚定基因块;双液问题;正交曲线 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Benshahar}等人，Lect。注释计算。科学。9838，14-26（2016；Zbl 1383.92024） 全文： 内政部