查亚·本·扎肯·齐尔伯斯坦;Ziv Ukelson，迈克尔;罗恩·品特。;佐哈尔·亚基尼 一种高通量方法，用于将微RNA与其活性条件相关联。 （英语） 兹比尔1119.92342 Miyano，Satoru（编辑）等人，《计算分子生物学研究》。第九届国际年会，RECOMB 2005，美国马萨诸塞州剑桥，2005年5月14日至18日。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 3-540-25866-3/pbk）。计算机科学3500课堂讲稿。生物信息学讲义，133-151（2005）。 摘要：植物微RNA（Plant microRNAs，miRNAs）是一种短RNA序列，与靶mRNAs结合，通过影响其稳定性并标记其裂解来改变其表达水平。我们提出了一种高通量的方法，利用新的统计和算法措施，将微RNA与其作用条件联系起来。我们的新原型工具miRNAXpress计算一个（二进制）矩阵，表示microRNA的潜在靶点。然后，使用（T）和一个额外的预定义矩阵（X）来指示各种条件下的基因表达，它生成一个新的矩阵来预测微RNA与其作用条件之间的关联。miRNAXpress的计算密集型部分是计算\（T\）。我们提供了一种杂交搜索算法，该算法给定查询microRNA、文本mRNA和预定义的能量截止阈值，在绑定能量低于预定义阈值的文本中查找并报告查询的所有目标（假定的结合位点）。为了加快速度，我们利用搜索空间的稀疏性，而不牺牲结果的最佳性。因此，搜索算法的时间复杂度在稀疏位置集的大小上几乎是线性的，其中基线堆叠在三个或更多的高度。我们使用我们的工具进行了一项研究，以拟南芥作为我们的模式生物。通过将miRNAXpress应用于98个微RNA和380种条件，发现了一些生物学上有趣的和统计上强大的关系。更多详细信息，包括数字和伪代码，请访问：网址：http://www.cs.technion.ac.il/~michalz/LinearRNA.ps关于整个系列，请参见[Zbl 1073.92504号]. MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 2008年9月 生物学问题的计算方法 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.B.Z.Zilberstein}等人，Lect。注释计算。科学。3500、133--151（2005年；Zbl 1119.92342） 全文： 内政部