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坐下，阿提拉;吴志军;袁亚祥

使用最小二乘近似求解距离几何问题的几何构建算法。 （英语） Zbl 1180.92029

牛市。数学。生物。 71，第8期，1914-1933（2009）.
摘要：我们提出了一种新的几何构建算法来解决蛋白质建模中的距离几何问题，该算法可以成功地防止构建计算中舍入误差的累积，并且在给定的距离内可以容忍较小的误差。在该算法中，我们使用所有而不是可用距离的子集来确定每个未知原子，并通过使用最小二乘近似而不是距离方程组的精确解来获得原子的位置。我们表明，使用一种特殊的奇异值分解方法可以获得最小二乘近似，该方法不仅可以容忍和最小化较小的距离误差，而且可以有效地防止舍入误差的传播，特别是在距离数据稀疏的情况下。
我们描述了最小二乘公式及其求解方法，并给出了应用新算法确定一组具有不同可用性和距离准确性的蛋白质结构的测试结果。我们表明，该算法的新发展提高了建模能力，并从理论和实际角度显著提高了几何构建方法的稳定性和鲁棒性。

引用于1审查
引用于6文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92-08 生物学问题的计算方法
92C05型 生物物理学
65C20个 概率模型，概率统计中的通用数值方法
90摄氏度 数学规划的应用
15甲18 特征值、奇异值和特征向量

关键词：

生物分子模型;蛋白质结构测定;距离几何图形;线性和非线性方程组;线性和非线性优化
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{A.Sit}等人，公牛。数学。生物学71，编号81914-1933（2009年；兹bl 1180.92029）
全文： 内政部

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