杜阿尔特，努比亚E。;苏埃利·乔洛。;亚历山大·佩雷拉。;玛丽莎·德·安德拉德;朱利亚·索勒。 利用线性混合模型的加变量图理论分解家庭数据中的遗传效应。 （英语） Zbl 1296.92028号 统计应用程序。遗传学。分子生物学。 13，第3期，359-378（2014）. 摘要：有效的分析工具对于数据分析以及在基因型和表型测量之间建立生物联系是非常必要的。在家庭数据中，重要的是要协调通过固定遗传效应解释表型变异性的方法和使用经典遗传力方法估计方差成分的方法。因此，在本文中，我们提出了一种基于添加变量图的多基因线性混合模型方法，该方法应用于基于家族的设计中的全基因组关联研究。我们的目标是能够根据随机多基因和残差成分区分遗传预测变量的影响。我们还提出了一个指数，用以检测每个预测变量的有影响力的家族，这些预测变量都具有遗传效应。我们使用我们自己的家庭模拟数据和遗传分析研讨会17家庭模拟数据评估我们提出的方法的性能。 MSC公司： 92B15号机组 普通生物统计学 关键词：关联分析;有影响力的家庭;多基因模型;方差分量 软件：阴谋地;脓疱病;SimPed公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{N.E.Duarte}等人，《国家应用》。遗传学。分子生物学。13，第3号，359--378（2014；Zbl 1296.92028） 全文： 内政部 参考文献： [1] Almasy，L.和J.Blangero（1998）：“普通家谱中的多点定量图连锁分析”，《美国遗传学杂志》。，62, 1198-1211.; [2] Almasy，L.、T.D.Dyer、J.M.Peralta、J.W.Kent、J.C.Charlesworth、J.E.Curran和J.Blangero（2011年）：“遗传分析研讨会17微型模拟”，BMC Proc。，5（补充9），S2。； [3] Amin，N.、C.M.Van Duijn和Y.S.Aulchenko（2007）：“一种基于基因组背景的相关个体关联分析方法”，《公共科学图书馆·综合》，2（12），e1274。； [4] Amos，C.I.（1994）：“用于评估系谱中遗传连锁的稳健方差分量方法”，《美国遗传学杂志》。，54 (3), 535-543.; [5] 阿特金森，A.C.（1985）：《情节、转换与回归》，牛津大学克莱伦登出版社·Zbl 0582.62065号 [6] Aulchenko，Y.S.，D.J.de Koning和C.Haley（2007）：“使用混合模型和回归的全基因组快速关联：基于全基因组系谱的数量性状位点关联分析的快速简单方法”，《遗传学》，177，577-585。； [7] Chien，L.C.（2011）：“模型错误指定下解释变量的稳健诊断图”，J.Appl。《统计》，38（1），113-126·Zbl 1511.62009年 [8] Comuzzie，A.G.，J.E.Hixson，B.D.Mitchell，M.C.Mahaney，T.D.Dyer和M.P.Stern（1997）：“决定血清瘦素水平和脂肪质量的主要数量性状位点位于人类第2染色体上”，《自然遗传学》。，15, 273-275.; [9] Cook，R.D.和S.Weisberg（1982）：回归中的残差和影响，查普曼和霍尔，纽约·Zbl 0564.62054号 [10] Cook，R.D.和S.Weisberg（1994）：回归图形介绍，纽约州纽约市威利·Zbl 0925.62287号 [11] de Andrade，M.、C.I.Amos和T.J.Thiel（1999）：“家庭研究中数量性状方差的遗传成分估计方法”，《遗传学》。流行病。，17, 64-76.; [12] de Andrade，M.、B.Fridley、E.Boerwinkle和S.Turner（2003）：“数量性状连锁分析中的诊断工具”，《遗传学》。流行病。，39, 1-38.; [13] Duggal，P.，E.Gilanders，T.N.Holmes和J.E.Biley-Wilson（2008）：“建立调整后的P值阈值，以控制全基因组关联研究中的全家族1型错误”，BMC基因组学，9516。； [14] Harville，D.A.（1976）：“高斯-马尔可夫定理的扩展，包括随机效应的估计，”Ann.Stat.，4（2），384-395·Zbl 0323.62043号 [15] Hazelton，M.L.和L.C.Gurrin（2003）：“关于混合模型中遗传方差成分的注释”，Genet。流行病。，24, 297-301.; [16] Hilden-Minton，J.A.（1995）：混合和分层线性模型的多级诊断，加州大学洛杉矶分校博士论文，Ed Moderna。； [17] Hodges，J.（1994）：分层模型的一些代数和几何，应用于诊断，研究报告94-0009，Minneapolis Minessota大学。； [18] Hodges，J.（1998）：“层次模型的一些代数和几何，应用于诊断”，J.Roy。《美国法律总汇》第60卷，第497-536页·Zbl 0909.62072号 [19] Hopper，J.L.和J.D.Mathews（1982）：“系谱分析的多元正态模型扩展”，《遗传学年鉴》。，46, 373-383.; ·Zbl 0493.62091号 [20] Huggins，R.M.（1993）：“关于系谱数据方差分量模型的稳健分析”，Aust。《美国联邦法律大全》第35卷第43-57页·Zbl 0772.62062号 [21] Ionita-Laza，I.、M.B.McQueen、N.M.Laird和C.Lange（2007）：“基于家族的关联研究中的基因组加权假设检验，以及100K扫描的应用”，《美国遗传学杂志》。，81, 607-614.; [22] Ionita-Laza，I.、S.Lee、V.Makarov、J.D.Buxbaum和X.Lin（2013）：“罕见和常见变体联合效应的序列核关联测试”，《美国遗传学杂志》。，92, 1-13.; [23] Johnson，B.W.和R.E.McCulloch（1987）：“线性回归中的添加变量图”，《技术计量学》，29，427-433。； [24] Kraft，P.和M.de Andrade（2003）：“第6组：多效性和多元分析”，《遗传学》。流行病。，25（补充1），S50-S56。； [25] Leal，S.M.，K.Yang和B.Muller Myhsok（2005）：“SimPed:一个为谱系结构生成单倍型和基因型数据的模拟程序，”Hum.Hered。，60 (2), 119-122.; [26] Mosteller，F.和J.W.Tukey（1977）：数据分析和回归，马萨诸塞州艾迪森·韦斯利·雷丁。； [27] Nobre，J.S.和J.M.Singer（2007）：“线性混合模型的残差分析”，生物统计学。J.，49，863-875·Zbl 1442.62606号 [28] Nobre，J.S.和J.M.Singer（2011）：“线性混合模型的杠杆分析”，J.Appl。统计，38（5），1063-1072·Zbl 1511.62157号 [29] Olswold，C.和M.de Andrade（2003）：“使用多变量连锁分析定位代谢综合征相关基因”，BMC遗传学。，4（补充）1，S57。； [30] Rao，C.R.（1973）：线性统计推断及其应用，Jonh Wiley and Sons，纽约·Zbl 0256.6202号 [31] Royall，R.M.和T.S.Sou（2003）：“使用不完美模型解释统计证据：稳健调整的似然函数”，J.Roy。Stat.Soc.B.，65，391-404·Zbl 1065.62047号 [32] Searle，S.R.、G.Cassela和C.E.McCullogh（1992）：方差分量，Jonh Wiley and Sons，纽约·兹比尔0850.62007 [33] Schork，N.J.（1993）：“人类数量性状的扩展多点逐代同一性分析：效率、功率和建模考虑”，《美国遗传学杂志》。，53 (6), 1306-1319.; [34] Verbeke，G.和G.Molenberghs（1997）：实践中的线性混合模型：面向SAS的方法，Springer-Verlag，纽约·Zbl 0882.62064号 [35] Wang，P.C.（1985）：“在广义线性模型中添加变量”，《技术计量学》，27273-276。； [36] Yang，J.，S.H.Lee，M.E.Goddard和P.M.Visscherl（2011）：“GCTA：全基因组复杂性状分析的工具”，《美国遗传学杂志》。，88, 76-82.; 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。