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环境化学品高通量毒性筛选的分层剂量-反应模型。 (英语) Zbl 1419.62477号

概述:环境化学品的高通量筛选(HTS)用于从数千种未经测试的化学品中识别出对人类健康和环境有潜在不利影响的化学品。使用HTS数据预测生理相关活性需要根据每个化学-天冬氨酸组合的稀疏剂量-反应数据,估计一系列筛选分析中大量化学品的反应。许多标准的剂量反应方法都是不充分的,因为它们分别处理每条曲线,并且在每条曲线只有6到10个观察值时表现不佳。我们提出了一个半参数贝叶斯模型,该模型借用了化学品和化验的强度。我们的方法直接参数化了化学品的功效和效力以及反应的概率。我们使用美国环境保护署(EPA)的ToxCast数据作为动机。我们证明,与模拟研究中的单独曲线估计相比,我们的分层方法对反应、疗效和效力的概率提供了更准确的估计。我们使用半参数方法比较ToxCast数据中的化学品与特征明确的参考化学品在雌激素受体(α(ERα))和过氧化物酶体增殖物激活受体(γ(PPARγ))分析中的功效,然后估计其他化学物质在低于参考化学物质的浓度下具有活性的概率。

理学硕士:

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
62页第12页 统计学在环境和相关主题中的应用
62G07年 密度估算
2015年1月62日 贝叶斯推断

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参考文献:

[1] 青木,T.(2007)。美国FDA过氧化物酶体增殖物激活受体激动剂致癌性评估的现状以及致癌潜力的作用方式方法。毒理学病理杂志20197-202。
[2] Casals‐Casas,C.和Desvergne,B.(2011年)。内分泌干扰物:从内分泌到代谢紊乱。《生理学年鉴》73,135-162。
[3] Choi,T.、Schervish,M.、Schmitt,K.和Small,M.(2010年)。毒性研究中多个健康终点的贝叶斯层次分析。农业、生物和环境统计杂志15,290-307·Zbl 1306.62222号
[4] Curtis,S.M.和Ghosh,S.K.(2011年)。Bernstein多项式单调回归的变量选择方法。应用统计学杂志38961-976·Zbl 1511.62073号
[5] Dix,D.J.、Houck,K.A.、Martin,M.T.、Richard,A.M.、Setzer,R.W.和Kavlock,R.J.(2007)。ToxCast计划优先考虑环境化学品的毒性测试。毒理学95,5-12。
[6] Faes,C.、Geys,H.、Aerts,M.和Molenberghs,G.(2006年)。发育毒性研究中风险评估的分层建模方法。计算统计与数据分析511848-1861·Zbl 1157.62533号
[7] Friedman,J.和Tibshirani,R.(1984)。散点图的单调平滑。技术计量26,243-250。
[8] Geisser,S.和Eddy,W.F.(1979年)。一种模型选择的预测方法。《美国统计协会杂志》74,153-160·Zbl 0401.62036号
[9] Gelfand,A.E.和Ghosh,S.K.(1998年)。模型选择:最小后验预测损失方法。生物特征85,1-11·Zbl 0904.62036号
[10] Hall,P.和Huang,L.‐S。(2001). 单调约束下的非参数核回归。《统计年鉴》29624-647·Zbl 1012.62030
[11] C.C.Holmes和N.A.Heard(2003年)。使用随机变化点的广义单调回归。医学统计22,623-638。
[12] Judson,R.、Richard,A.、Dix,D.J.、Houck,K.、Martin,M.、Kavlock,R.、Dellarco,V.、Henry,T.、Holderman,T.、Sayre,P.、Tan,S.、Carpenter,T.和Smith,E.(2009年)。环境化学品的毒性数据景观。环境健康展望117,685-695。
[13] Judson,R.S.,Houck,K.A.,Kavlock,R.J.,Knudsen,T.B.,Martin,M.T.,Mortensen,H.M.,Reif,D.M.,Rotroff,D.M..,Shah,I.,Richard,A.M.和Dix,D.J.(2010年)。靶向测试优先顺序的环境化学品体外筛选:ToxCast项目。环境健康展望118,485-492。
[14] Judson,R.S.、Kavlock,R.J.、Setzer,R.W.、Cohen Hubal,E.A.、Martin,M.T.、Knudsen,T.B.、Houck,K.A.、Thomas,R.S、Wetmore,B.A.和Dix,D.J.(2011年)。估算毒性相关生物途径改变剂量,用于高通量化学风险评估。毒理学中的化学研究24,451-462。
[15] Kavlock R.、Chandler K.、Houck K.、Hunter S.、Judson R.、Kleinstreuer N.、Knudsen T.、Martin M.、Padilla S.、Reif D.、Richard A.、Rotroff D.、Sipes N.和Dix D.(2012年)。美国环保署ToxCast计划更新:证明化学品风险管理的高通量决策支持工具。毒理学中的化学研究25,1287-1302。
[16] Kortagere,S.、Krasowski,M.D.、Reschly,E.J.、Venkatesh,M.、Mani,S.和Ekins,S.(2010年)。评估计算对接以确定毒物数据库中的孕烷X受体激动剂。环境健康展望118,1412-1417。
[17] Mammen,E.(1991年)。估计平滑单调回归函数。统计年鉴19,724-740·Zbl 0737.62038号
[18] Mammen,E.、Marron,J.S.、Turlach,B.A.和Wand,M.P.(2001年)。约束平滑的通用投影框架。统计科学16,232-248·Zbl 1059.62535号
[19] Martin,M.T.、Dix,D.J.、Judson,R.S.、Kavlock,R.J.、Reif,D.M.、Richard,A.M.、Rotroff,D.M.、Romanov,S.、Medvedev,A.、Poltoratskaya,N.、Gambarian,M.、Moeser,M.,Makarov,S.和Houck,K.A.(2010)。环境化学品对关键转录调节器的影响以及与EPA ToxCast计划中毒性终点的相关性。毒理学中的化学研究23,578-590。
[20] Martin,M.T.、Knudsen,T.B.、Reif,D.M.、Houck,K.A.、Judson,R.S.、Kavlock,R.J.和Dix,D.J.(2011)。ToxCast高通量筛选大鼠生殖毒性预测模型。繁殖生物学85327-339。
[21] Matheson,J.E.和Winkler,R.L.(1976年)。连续概率分布的评分规则。管理科学221087-1096·Zbl 0349.62080号
[22] Mukerjee,H.(1988年)。单调非参数回归。统计年鉴16,741-750·Zbl 0647.62042号
[23] Neelon,B.和Dunson,D.B.(2004)。贝叶斯等渗回归和趋势分析。生物统计学60,398-406·Zbl 1125.62023号
[24] Patel,T.、Telesca,D.、George,S.和Nel,A.(2012年)。通过多变量剂量-响应面模型对工程纳米材料的毒性分析。应用统计年鉴1707-1729·Zbl 1257.62109号
[25] Peters,J.M.、Cattley,R.C.和Gonzalez,F.J.(1997)。pparα在非基因毒性致癌物和过氧化物酶体增殖物wy‐14643作用机制中的作用。致癌18,2029-2033年。
[26] R开发核心团队(2011年)。R: 统计计算语言和环境。奥地利维也纳:R统计计算基金会。ISBN 3‐900051‐07‐0。
[27] Reif,D.M.、Martin,M.T.、Tan,S.W.、Houck,K.A.、Judson,R.S.、Richard,A.M.、Knudsen,T.B.、Dix,D.J.和Kavlock,R.J.(2010)。使用ToxCast数据对环境化学品进行内分泌分析和优先排序。环境健康视角1181714-1720。
[28] Ritz,C.(2010年)。走向生态毒理学剂量-反应模型的统一方法。环境毒理学和化学29,220-229。
[29] Robert,C.P.和Casella,G.(2004年)。蒙特卡洛统计方法。斯普林格统计文本,第二版。纽约州纽约市:Springer‐Verlag·Zbl 1096.62003年
[30] Romanov,S.、Medvedev,A.、Gambarin,M.、Poltoratskaya,N.、Moeser,M.和Medvedeva,L.、Gambalian,M.,Diatchenko,L.和Makarov,S.(2008年)。同质报告系统能够对多种转录因子进行定量功能评估。自然方法5,253-260。
[31] Shively,T.S.、Sager,T.W.和Walker,S.G.(2009年)。非参数单调函数估计的贝叶斯方法。英国皇家统计学会杂志,B71系列,159-175·兹比尔1231.62058
[32] Spiegelhalter,D.J.、Best,N.G.、Carlin,B.P.和van der Linde,A.(2002)。模型复杂度和拟合度的贝叶斯度量。英国皇家统计学会杂志,B64系列,583-639·Zbl 1067.62010年
[33] Wang,X.和Li,F.(2008)。等渗平滑样条回归。计算与图形统计杂志17,21-37。
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