阿科斯·维特斯;阿尔伯特·巴斯卡阿鲁尔;彼得·阿瓦尔;安德鲁·科特(Andrew R.Korte)。;李,杭;彼得·奈姆斯;丽达·帕文;西尔维亚·斯托普卡;Sunil Hwang;齐亚德·萨哈布。;张林文;黛博拉·布宁。;梅里尔·纳普;安德鲁·波乔;马克·奥利弗·斯特尔;卡罗琳·塔尔科特。;布莱恩·戴维斯(Brian M.Davis)。;肖恩·R·丁。;克里斯汀·莫顿(Christine A.Morton)。;克里斯托弗·塞文斯基。;玛丽亚·扎沃兹基。 从时间序列组学数据推断未知化合物的作用机制。 (英语) Zbl 1397.92236号 采什卡,米兰(编辑)等人,《系统生物学中的计算方法》。2018年9月12日至14日在捷克共和国布尔诺举行的CMSB 2018第16届国际会议。诉讼程序。查姆:施普林格(ISBN 978-3-319-99428-4/pbk;978-3-3169-99429-1/电子书)。计算机科学课堂讲稿11095。生物信息学讲义,238-255(2018)。 摘要:识别未知、可能是新的物质(化学物质、蛋白质或病原体)的作用机制(MoA)是一项重大挑战。生物学家通常花费数年时间来计算已知化合物的MoA。如果事先没有相关知识,并且迫切需要了解快速治疗和/或预防全球卫生突发事件的机制,那么确定行动纲领尤其具有挑战性。在本文中,我们描述了一种使用高斯过程和机器学习技术的数据分析方法,以从时间序列转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据推断未知试剂MoA的成分。这项工作是作为DARPA快速威胁评估计划的一部分进行的,其中的挑战是仅使用项目生成的数据,而不使用预先存在的数据库或已发布的文献,在30天或更短的时间内确定潜在威胁代理的MoA。关于整个系列,请参见[Zbl 1397.92008号]. 引用于1文件 MSC公司: 92C40型 生物化学、分子生物学 62M10个 统计学中的时间序列、自相关、回归等(GARCH) 关键词:作用机制;转录组学;蛋白质组学;时间序列 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Vertes}等人,Lect。注释计算。科学。11095、238--255(2018;Zbl 1397.92236) 全文: DOI程序