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Lazzeroni，Laura C。;肯尼思·兰格

多维列联表中遗传平衡蒙特卡罗检验的马尔可夫链。 （英语） Zbl 0871.62094号

Ann.统计。 25，第1期，138-168（1997）.
摘要：哈代-温伯格平衡和连锁平衡是群体遗传学中的基本概念。实际上，在单倍型数据中测试连锁平衡相当于在大型、稀疏、多维列联表中测试独立性。在多位点基因型数据上同时测试Hardy-Weinberg和连锁平衡引入了信息缺失和边缘概率对称约束的额外复杂性。为了避免稀疏列联表的不可靠大样本近似，可以使用精确的测试，如Fisher经典测试，该测试条件是观察到的边际总和。不幸的是，计算精确测试的（p）值通常是不可行的，因为有大量的表与观察表的边际总和一致。
我们在这里发展了马尔可夫链，用于从适当的条件分布中进行抽样，以测试遗传平衡。这些链与我们提出的并行、独立采样方法相比具有优势。对于（J）位点上的（n）单倍型观察，马尔可夫链以[（J-1）n ln n]/2+O（n）]步收敛到其平稳分布，可以作为估计（p）值的有效工具。我们对这些结果的理论处理涉及到强平稳停止时间、顺序统计、大偏差和泊松过程的嵌入。我们包括一些关于应用强平稳时间来限定样本平均估计量的精度和偏差的一般结果。

引用于6文件

MSC公司：

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
92D10型 遗传学和表观遗传学
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
62H17型 应急表

关键词：

估计\（p\）-值;精确推断;独立抽样;随机换位;哈代-温伯格平衡;联动平衡;群体遗传学;列联表;马尔可夫链;条件分布;测试遗传平衡;强静止停止时间;订单统计;大偏差;泊松过程的嵌入

软件：

AS 144标准
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\textit{L.C.Lazzeroni}和\textit{K.Lange}，Ann.Stat.25，No.1，138--168（1997；Zbl 0871.62094）
全文： DOI程序

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