扎拉·艾哈迈德;大卫·本克;谢尔盖·贝雷津;安娜·卡罗琳·达尔（Anna Caroline E.Dahl）。;费雪，Jasmin;本杰明·霍尔（Benjamin A.Hall）。;萨明·伊斯蒂亚克;纳纳瓦蒂，杰伊;尼尔·皮特曼;梅克·里切特;尼基塔·斯科洛夫 将LTL模型检查带给生物学家。 （英语） Zbl 1484.68094号 Bouajjani，Ahmed（编辑）等人，《验证、模型检查和抽象解释》。2017年1月15日至17日在法国巴黎举行的2017年VMCAI第18届国际会议。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。10145, 1-13 (2017). 简介：生物模型分析仪（BMA）是一种基于网络的工具，用于开发生物系统的离散模型。通过图形用户界面，它可以快速开发基因和蛋白质相互作用网络的复杂模型和稳定性分析，而无需用户是熟练的计算机程序员。虽然稳定性是测试许多系统的有用规范，但在BMA中测试时间规范目前需要用户执行模拟。这里我们描述LTL模块，它包括一个用于测试LTL查询的图形和自然语言界面。图形界面允许对查询进行图形化构造，并按照BMA的当前风格直观地显示结果。自然语言界面通过允许更温和地介绍形式逻辑和公开教育资源来补充图形界面。关于整个系列，请参见[Zbl 1355.68009号]. MSC公司： 60年第68季度 规范和验证（程序逻辑、模型检查等） 03B44号 时间逻辑 92立方厘米 系统生物学、网络 软件：github;雪佛兰;生物模型分析仪 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{Z.Ahmed}等人，Lect。注释计算。科学。10145，1-13（2017年；兹bl 1484.68094） 全文： 内政部 链接 参考文献： [1] Bonzanni，N.、Garg，A.、Feenstra，K.A.、Schütte，J.、Kinston，S.、Miranda-Saavedra，D.、Heringa，J.，Xenarios，I.、Göttgens，B.：使用动态调节网络模型揭示血干细胞中的硬线异质性。生物信息学29，i80–i88（2013）·doi:10.1093/bioinformatics/btt243 [2] Chuang，R.、Hall，B.、Benque，D.、Cook，B.、Ishtiaq，S.、Piterman，N.、Taylor，A.、Vardi，M.、Koschmieder，S.，Gottgens，B.、Fisher，J.：使用创新计算平台优化慢性髓系白血病的药物靶点。科学。代表58190（2015）·doi:10.1038/srep08190 [3] Moignard，V.、Woodhouse，S.、Haghverdi，L.、Lilly，J.、Tanaka，Y.、Wilkinson，A.、Buettner，F.、Nishikawa，S.，Piterman，N.、Kouskoff，V.，Theis，F.，Fisher，J.和Gottgens，B.：从单细胞基因表达测量中解码早期血液发育的调控网络。自然生物技术。33, 269–276 (2015) ·doi:10.1038/nbt.3154 [4] Remy，E.，Rebouissou，S.，Chaouiya，C.，Zinovyev，A.，Radvanyi，F.，Calzone，L.：一种解释膀胱肿瘤发生中相互排斥和共同发生的遗传改变的建模方法。癌症研究75，4042–4052（2015）·doi:10.1158/0008-5472.CAN-15-0602 [5] Terfve，C.D.A.，Wilkes，E.H.，Casado，P.，Cutillas，P.R，Saez Rodriguez，J.：源自发现磷酸蛋白质组数据的人类细胞中信号传播的大规模模型。国家公社。6, 8033 (2015) ·doi:10.1038/ncomms9033 [6] Benque，D.等人：BMA：建模和分析生物网络的可视化工具。收录：Madhusudan，P.，Seshia，S.A.（编辑）CAV 2012。LNCS，第7358卷，第686–692页。施普林格，柏林（2012）。doi:10.1007/978-3642-31424-7_50·doi:10.1007/978-3642-31424-7_50 [7] Naldi，A.、Thieffry，D.、Chaouiya，C.：用于表示和分析遗传网络逻辑模型的决策图。收录：Calder，M.，Gilmore，S.（编辑）CMSB 2007。LNCS，第4695卷，第233-247页。施普林格，柏林（2007）。doi:10.1007/978-3-540-75140-3_16·doi:10.1007/978-3-540-75140-3_16 [8] Cook，B.，Fisher，J.，Krepska，E.，Piterman，N.：证明生物系统的稳定性。收录于：Jhala，R.，Schmidt，D.（编辑）VMCAI 2011。LNCS，第6538卷，第134-149页。柏林施普林格（2011）。doi:10.1007/978-3642-18275-4_11·2014年9月13日 ·doi:10.1007/978-3642-18275-4_11 [9] Cook，B.，Fisher，J.，Hall，B.A.，Ishtiaq，S.，Juniwal，G.，Piterman，N.：发现生物模型中的不稳定性。摘自：Biere，A.，Bloem，R.（编辑）CAV 2014。LNCS，第8559卷，第358-372页。查姆施普林格（2014）。数字对象标识代码：10.1007/978-3-319-08867-9_24·文件编号：10.1007/978-3-319-08867-9_24 [10] Claessen，K.，Fisher，J.，Ishtiaq，S.，Piterman，N.，Wang，Q.：通过减少可达集对信号转导网络进行模型检验。收录：Sharygina，N.，Veith，H.（编辑）CAV 2013。LNCS，第8044卷，第85-100页。施普林格，柏林（2013）。doi:10.1007/978-3-642-39799-85·doi:10.1007/978-3-642-39799-85 [11] Schaub，M.，Henzinger，T.，Fisher，J.：定性网络：分析生物信号网络的符号方法。BMC系统。生物学1，4（2007）·doi:10.1186/1752-0509-1-4 [12] Bean，D.，Heimbach，J.，Ficorella，L.，Micklem，G.，Oliver，S.，Favrin，G.：esyN：网络建设、共享和出版。《公共科学图书馆·综合》9，e106035（2014）·doi:10.1371/journal.pone.0106035 [13] 微软：微软机器人程序框架（2016）。https://dev.botframework.com/ [14] 微软：微软认知服务（2016）。https://www.microsoft.com/cognitive-services网址/ [15] SAP：雪佛兰JavaScript解析DSL（2014）。https://github.com/SAP/chevrotain网站/ [16] van der Plas，L.，Tiedemann，J.：使用自动单词对齐和分布相似性度量查找同义词。摘自：COLING/ACL主要会议海报会议记录。COLING-ACL 2006，美国宾夕法尼亚州斯特劳德斯堡，第866-873页。计算语言学协会（2006）·doi:10.3115/1273073.1273184 [17] Richardson，R.，Smeaton，A.，Murphy，J.：使用wordnet作为衡量单词之间语义相似性的知识库（1994） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。