菲利普·甘贝特;利奥·范·埃尔塞尔;史蒂文·凯尔克;法比奥·帕尔迪;塞琳·斯科纳瓦卡 分支长度有助于在系统发育网络中定位树吗？ （英语） Zbl 1352.92103号 牛市。数学。生物。 78，第9期，1773-1795（2016）. 摘要：进化生物学中越来越多地使用系统发生网络来表示物种经历过网状事件的历史，例如水平基因转移、杂交物种形成和重组。在这种情况下出现的最基本的问题之一是，所有物种中具有一个拷贝的基因的进化是否可以用一个给定的网络来解释。用数学术语来说，这通常被解释为以下方式：给定的系统发育树是否包含在给定的系统发生网络中？最近这个树木围堵这个问题已经从计算的角度进行了广泛的研究，但大多数研究只关注系统发育的拓扑结构，忽略了进化分析通常推断出的一条信息：分支长度。这些测量了沿着系统发育的每个分支发生的变化量（例如核苷酸替换）。在这里，我们研究了树的一些版本明确说明分支长度的包含问题。我们表明，尽管长度信息有可能更精确地定位网络中的树，但该问题在最一般的形式下计算起来很困难。值得注意的是，对于一些生物相关性的特殊情况，我们提供了有效解决该问题的算法。这包括复杂度有限的网络，对于这种情况，可以在网络所包含的树中恢复，这些树的拓扑与输入树相同，是分支长度最接近的树。 引用于三文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 05C90年 图论的应用 关键词：系统发育网络;树木围堵;分支长度;显示的树;计算复杂性 软件：Phylo网络 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.Gambette}等人，公牛。数学。生物学78，第9期，1773-1795（2016；Zbl 1352.92103） 全文： DOI程序 arXiv公司 链接 参考文献： [1] Abbott R、Albach D、Ansell S、Arntzen J、Baird S、Bierne N、Boughman J、Brelsford A、Buerkle C、Buggs R等人（2013）《杂交和物种形成》。进化生物学杂志26（2）：229-246·文件编号：10.1111/j.1420-9101.2012.02599.x [2] Bapteste E、van Iersel L、Janke A、Kelchner S、Kelk S、McInerney JO、Morrison 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