李亚尼；王玉萍；鲍，梁 FACC：一种基于云计算的新型有限自动机，用于多个最长公共子序列搜索。 （英语） Zbl 1264.68222号 数学。问题。工程师。 2012年，文章ID 310328，17 p.（2012）. 摘要：搜索多个最长公共子序列（MLCS）在生物信息学、信息处理和数据挖掘等领域有着重要的应用，随着生物数据的复杂性和规模不断增加，算法的效率和有效性也不尽如人意。为了克服现有MLCS算法的不足，并考虑到云计算的MapReduce并行框架是一种有前途的高性能并行计算技术，在MapReduceParallel框架下提出了一种基于云计算的新型有限自动机FACC，从而开发出一种更高效的通用并行MLCS算法。FACC采用匹配对和有限自动机的思想，通过预处理序列、构造后继表和公共子序列有限自动机来搜索MLCS。对来自真实DNA和氨基酸序列的一组基准进行了仿真实验，结果表明，所提出的FACC算法优于当前领先的并行MLCS算法FAST-MLCS。 引用于1文件 MSC公司： 68瓦32 字符串上的算法 65年第68季度 形式语言和自动机 68宽10 计算机科学中的并行算法 68瓦40 算法分析 软件：MapReduce PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{Y.Li}等人，数学。问题。Eng.2012，文章ID 310328，17 p.（2012；Zbl 1264.68222） 全文： 内政部 参考文献： [1] W.S.Chen，P.C.Yuen，X.Xie，“基于核机器的等级提升正则化判别分析人脸识别方法”，《神经计算》，第74卷，第17期，第2953-2960页，2011年·doi:10.1016/j.neucom.2011.04.019 [2] A.Cherkasov，“生物信息学：基因和蛋白质分析的实用指南”，《美国人类生物学杂志》，第17卷，第3期，第387-389页，2005年。 [3] E.W.Edmiston、N.G.Core、J.H.Saltz和R.M.Smith，“生物序列比较算法的并行处理”，《国际并行程序设计杂志》，第17卷，第3期，第259-275页，1988年·兹伯利0662.92013 ·doi:10.1007/BF02427852 [4] E.Lander，“数据并行计算机上的蛋白质序列比较”，摘自《并行处理国际会议论文集》（ICPP'88），第257-263页，宾夕法尼亚州立大学，宾夕法尼亚大学公园，美国，1988年。 [5] A.Galper和D.L.Brutlag，“使用动态编程方法进行并行相似性搜索和对齐”，斯坦福大学技术代表，美国加州帕洛阿尔托，1990年。 [6] D.Maier，“关于子序列和超序列的一些问题的复杂性”，《ACM杂志》，第25卷，第2期，第322-336页，1978年·Zbl 0371.68018号 ·doi:10.1145/322063.322075 [7] R.A.Wagner和M.J.Fischer，“串对串校正问题”，《ACM杂志》，第21卷，第1期，第168-173页，1974年·Zbl 0278.68032号 ·doi:10.1145/321796.321811 [8] D.S.Hirschberg，“计算最大公共子序列的线性空间算法”，《ACM通信》，第18卷，第6期，第341-343页，1975年·Zbl 0301.68042号 ·doi:10.1145/360825.360861 [9] J.D.Ullman、A.V.Aho和D.S.Hirschberg，“最长公共子序列问题复杂性的界限”，《ACM杂志》，第23卷，第1期，第1-12页，1976年·Zbl 0316.68027号 ·doi:10.145/312913.12122 [10] J.W.Hunt和T.G.Szymansi，“计算最长公共子序列的快速算法”，《ACM通信》，第20卷，第5期，第350-353页，1977年·Zbl 0354.68078号 ·数字对象标识代码：10.1145/359581.359603 [11] S.Bespamyatnikh和M.Segal，“枚举最长递增子序列和耐心排序”，《信息处理快报》，第76卷，第1-2期，第7-11页，2000年·Zbl 1338.68205号 ·doi:10.1016/S0020-0190（00）00124-1 [12] W.J.Masek和M.S.Paterson，“计算字符串编辑距离的更快算法”，《计算机与系统科学杂志》，第20卷，第1期，第18-311980页·Zbl 0436.68044号 ·doi:10.1016/0022-0000（80）90002-1 [13] A.Aggarwal和J.Park，“多维单调数组搜索注释”，载于《第29届计算机科学基础年度研讨会论文集》，第497-512页，美国纽约州怀特普兰斯，1988年。 [14] A.Apostolico、M.J.Atallah、L.L.Larmore和S.McFaddin，“字符串编辑和相关问题的高效并行算法”，《SIAM计算杂志》，第19卷，第5期，第968-988页，1990年·Zbl 0711.68055号 ·数字对象标识代码：10.1137/0219066 [15] V.Freschi和A.Bogliolo，“运行长度编码字符串之间最长的公共子序列：具有改进并行性的新算法”，《信息处理快报》，第90卷，第4期，第167-173页，2004年·Zbl 1177.68248号 ·doi:10.1016/j.ipl.2004.02.011 [16] W.Liu和L.Chen，“生物序列比对的快速最长通用子序列算法”，IFIP国际信息处理联合会，第258卷，第61-69页，2008年·doi:10.1007/978-0-387-77251-68 [17] D.Korkin、Q.Wang和Y.Shang，“多重最长公共子序列（MLCS）问题的高效并行算法”，载于《第37届国际并行处理会议论文集》（ICPP’08），第354-363页，美国俄勒冈州波特兰，2008年9月·doi:10.1109/ICPP.2008.79 [18] Q.Wang、D.Korkin和Y.Shang，“多重最长公共子序列（MLCS）问题的有效优势点算法”，载于《第21届国际人工智能联合会议论文集》（IJCAI’09），第1494-1499页，2009年7月。 [19] Q.Wang、D.Korkin和Y.Shang，“快速多重最长公共子序列（MLCS）算法”，IEEE知识与数据工程学报，第23卷，第3期，第321-334页，2011年·doi:10.1010/TKDE.2010.123 [20] J.Yang、Y.Xu和Y.Shang，“GPU上最长公共子序列问题的高效并行算法”，《世界工程大会论文集》（WCE’10），第1卷，第499-504页，2010年7月。 [21] M.L.Fredman，“关于计算最长递增子序列的长度”，《离散数学》，第11卷，第1期，第29-35页，1975年·Zbl 0312.68027号 ·doi:10.1016/0012-365X（75）90103-X [22] I.H.Yang、C.P.Huang和K.M.Chao，“计算最长公共递增子序列的快速算法”，《信息处理快报》，第93卷，第5期，第249-253页，2005年·兹比尔1173.68839 ·doi:10.1016/j.ipl.2004.10.014 [23] G.S.Brodal、K.Kaligosi、I.Katriel和M.Kutz，“计算最长公共递增子序列的更快算法”，载于《第17届组合模式匹配年度研讨会论文集》（CPM'06），第4900卷，第330-3412006页·Zbl 1196.68344号 ·doi:10.1007/11780441_30 [24] M.Michael，《云计算：改变在线工作和协作方式的基于Web的应用程序》，SAMS出版社，2009年。 [25] J.Dean，“MapReduce的经验，大规模计算的抽象”，摘自《第15届并行架构和编译技术国际会议论文集》（PACT'06），第1页，IEEE出版社，2006年9月·doi:10.1145/1152154.1152155 [26] J.Dean和S.Ghemawat，“MapReduce:大型集群上的简化数据处理”，《ACM通信》，第15卷，第1期，第107-113页，2008年。 [27] 铜绿假单胞菌PAO1染色体、全基因组，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucore/110645304？report=fasta。 [28] http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Download.cgi。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。