将网站链接到BioCyc.org对象

我们鼓励感兴趣的各方从其他网站创建指向BioCyc对象的链接。您可以链接到直接通过BioCyc对象ID或间接通过子字符串或EC编号搜索。

按对象ID链接

如果您愿意，通过BioCyc对象ID链接是最佳策略硬编码指向特定对象页面的链接。最简单的方法对象ID只是转到要链接的网页并从那里复制URL。URL格式为：

网址：http://biocyc.org/<ORGID>/新图像？类型=<类型>&对象=<对象id>

对于基因和复合页面，有一种新的URL格式（上面的旧格式仍然可以接受，并将重定向到这个新的URL）：

http://biocyc.org/gene？orgid网站=<ORGID>&标识=<对象id>http://biocyc.org/化合物？orgid=<ORGID>&标识=<对象id>

哪里：

<ORGID>是要使用的生物体数据集的ID（例如，ECOLI表示EcoCyc，META表示MetaCyc）。此项可以省略，在这种情况下，生物体默认为EcoCyc。
<类型>是其中之一化合物（注：小分子为类型化合物),反应,酶,基因,通路,概述,位置，或MAPTICK公司（最后两种类型将产生一个基因组图，分别扩展到特定的基因位置或特定的地图位置）。<类型>也可以是染色体的对象ID（见下文），以生成该染色体的基因组图。
<对象id>可以通过检查相应网页的URL获得。如果您无法确定要链接到的项目的对象ID，请将邮件发送到有人会给你回复的。注意，如果指定的类型是概述，则对象ID不是必需的，将被忽略。

您也可以为对象ID指定一个基因，以指示基因组浏览器扩展到特定的基因：

http://biocyc.org/ECOLI/new-image？type=LOCUS-位置和对象=EG11024

要获取包含BioCyc对象ID映射的电子表格文件，请转到SmartTables→特殊SmartTables，然后选择所需的表格（所有化合物、所有基因、所有反应等）。该表可能已经包含您希望映射到的ID（例如，All genes表包含登录ID）。如果不是，请添加一个“数据库链接”属性列，并选择要链接的数据库（请注意，到UniProt的链接来自基因产品，而不是基因本身，因此，从“所有基因”SmartTable中，您首先要选择“产品”列，然后再添加“数据库链接“属性）。在表中获得所需的链接后，从“操作”菜单中选择“导出到电子表格文件”，并指定“帧ID”作为输出格式（或者，可以将“对象ID”属性列添加到表中，然后使用所需的任何格式导出）。

间接链接

当您不了解BioCyc时，间接链接是最佳策略对象ID。如果查询是动态生成，而不是硬编码链接。间接查询可能返回：（a）没有对象，在这种情况下（b）一个对象，在这种情况下显示对象，或（c）多个对象，在这种情况下，显示列表将显示个匹配对象（共个）。返回的对象数间接查询可能会随着EcoCyc KB中的数据更改而更改。

目前有四种类型的间接查询：按子字符串、按EC编号查询、按UniProt标识符查询和按接入号码查询。

子字符串查询可用于访问化合物、反应（尽管许多反应没有名称），酶、基因和通路。子字符串查询将匹配对象如果它匹配对象的任何已知同义词的子字符串。
EC编号查询可以仅用于访问反应或酶，以及完整的EC编号要求匹配（即您不能提交带有检索一整类反应的意图）。有一个EC编号和反应之间的一一对应，因此有效的EC编号应正好返回一个反应。没有这样的酶和EC数之间的对应关系，因此特定的EC酶的数字查询可能返回零、一个或多个酶。
UniProt查询可用于访问基因/蛋白质页面。如果标识符与选定的PGDB（基于存储在该PGDB的Protein框架中的UniProt数据库链接），然后它将导航到该对象页面，否则它将返回消息“在当前数据库中找不到此标识符。”
访问查询可用于访问基因/蛋白质页面。如果标识符在选定的PGDB（基于存储在该PGDB的Gene框架中的accession-1和accession-2值），然后它将导航到该对象页面，否则它将返回一个消息“在当前数据库中找不到此标识符。”

子字符串和EC编号查询的URL格式相同：

网址：http://biocyc.org/<ORGID>/子字符串搜索？类型=<类型>&对象=<查询字符串>

哪里<ORGID>如上所述，并且<类型>是其中之一化合物,反应,酶,基因，或通路用于子字符串搜索，以及反应或酶用于EC编号搜索。<查询字符串>是要搜索的子字符串或EC编号。如果子字符串包含空格，请将URL中的空格替换为+（也可以省略空格和连字符，因为它们不会影响子字符串匹配）。