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swMATH ID: 33637
软件作者: 瓦西奇,马尔科;戴维·索洛维奇克(David Soloveichik);萨尔夫拉兹·库希德
描述: CRN++:分子程序设计语言。合成生物学是一个迅速崛起的研究领域,预计将在生物学、纳米制造和医学领域产生广泛影响。一个关键的技术挑战在于将计算嵌入到无法插入电子微控制器的分子环境中。这就需要使用分子组分有效地表示计算。虽然之前的工作确立了化学反应的图灵完备性,但定义忠实、高效和实用的表示仍然具有挑战性。本文介绍了新窗口中的Open image,这是一种用于编程确定(质量作用)化学动力学以进行计算的新语言。我们提出了它的语法和语义,并构建了一个编译器,将新窗口程序中的Open image转换为化学反应,从而为分子编程的综合框架奠定了基础。我们的语言解决了将熟悉的祈使结构嵌入到一组同时发生的化学反应中并操纵实际值的浓度这一关键挑战。虽然与理想输出值的一些偏差是不可避免的,但我们开发了一些方法来最小化误差,并实施了误差分析工具。我们在一套著名的离散和实值计算算法上证明了在新窗口中使用开放图像的可行性。新窗口中的打开图像可以轻松扩展以支持新命令或化学反应实现,从而为开发更健壮和实用的分子程序奠定了基础。
主页: https://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-030-00030-1_1
源代码:  https://github.com/marko-vasic/crnPlusPlus网站
相关软件: 生物CHAM;github;AI2公司;鹦鹉螺;合金;美国铝业公司;踪迹;墨西哥煎玉米卷;测试时代;;z3(零3);自旋蛋白;Java PathFinder;超小卫星;可视化DSD;CRN模拟器
引用于: 8文件

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