EDISA公司 swMATH ID: 30026 软件作者： 《晚餐》，J。；斯特劳赫，M。；Wanke博士。；Harter，K。；A.泽尔。 描述： EDISA：从基因表达谱的多个时间序列中提取双聚类。结果：在这项工作中，我们提出了EDISA（扩展维度迭代签名算法），这是一种新的用于3D基因条件时间数据集的概率聚类方法。基于基因表达模块的数学定义，EDISA对数据集中的初始模块进行采样，然后通过去除基因和条件对初始模块进行细化，直到它们符合模块定义。随后的扩展步骤确保了基因和条件的最大化。我们将该算法应用于一个合成数据集，并能够在一系列背景噪声强度下成功恢复植入的模块。通过对微阵列数据集的分析，我们定义了三种生物学相关的模块类型：1）我们发现具有独立反应谱的模块是最常见的模块。这些模块包括在多种条件下共同调控的基因，但在每种条件下具有不同的反应模式。2） 在所有条件下具有相似响应的相干模块也经常出现，并且通常包含在这些模块中。3） 还检测到了第三种模块类型，它包含特定于单个条件的响应，但很少检测到。所有这些模块本质上都是不同类型的双集群。结论：我们成功地将EDISA应用于不同的三维数据集。虽然以前的研究大多只针对检测相干模块，但我们的结果表明，相干响应通常是在不同条件下具有独立响应剖面的更通用模块类型的一部分。因此，我们的方法可以更全面地了解基因表达反应。在随后对生成的模块进行分析后，EDISA帮助阐明了转录控制的全球组织。该算法的实现可在http://www-ra.informatik.uni-tuebingen.de/software/IAGEN/。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-8-334 相关软件： 戴维;ArrayExpress公司;凯格 引用于： 1文件 4位作者引用 1 陈川 1 李旭涛 1 吴国宝（Michael Kwok-Po） 1 袁晓明 连载1篇 1 数值线性代数及其应用 在2个字段中引用 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 1 数值分析（65-XX） 按年份列出的引文