2018年布拉格弦乐会议

菲利普·帕维蒂奇,伊万·卡塔尼奇,古斯塔夫·马图拉,戈兰日奇和米尔·什基奇

计算LCS的快速简单算法_k个和LCS_k个+

摘要：

最长公共子序列（LCS）处理相似性度量问题两个字符串。虽然这个问题已经分析了几十年，但最近兴趣来源于对单个字符的实际观察往往过于简单化。因此，最近的工作引入了基于长度精确或至少为的共享子串的LCSk个（分别为LCSK和LCSKP）。最先进技术的主要缺点计算LCSK和LCSKP的算法只有在有限的环境：他们要么能很好地解决一般情况在病理情况下不太理想，或者他们实现了良好的最坏情况性能，但未能利用输入数据属性加快速度计算。此外，这些算法基于非平凡数据从从业者的角度来看，这种结构并不理想。我们提出了一种计算LCSK和LCSKP的单一算法，其性能优于就运行时复杂性和要求而言，最先进的算法只有基本数据结构。此外，我们实现了一个算法重新构建解决方案，在以下方面有显著改进内存消耗。我们的经验验证表明，我们节省了几个人类基因组数据记忆的数量级。C++实现我们的算法.

下载论文：
	PostScript	PDF格式	BibTeX参考