规格
图形卡必须支持OpenGL 2.0或更高版本（在较旧的Intel嵌入式图形卡上不可用）。
二进制安装程序可用于Windows和Mac OS X。
SCIRun 4必须在Linux平台（OpenSuSE、Ubuntu、CentOS/RHEL、Fedora等）上从源代码编译，并且至少需要以下内容：
- GCC 4编译器
- CMake 2.8或更高
- 用于Linux的NVIDIA卡和驱动程序
有关其他包信息，请参阅特定于发行版的部分，有关构建说明，请参阅开发人员文档。
前提条件
SCIRun 4将安装在32位和64位Windows XP、Vista和7上。SCIRun体积渲染需要OpenGL 2.0，并且可能无法在集成图形芯片上工作。强烈建议使用NVIDIA和AMD图形卡。
X11号机组
SCIRun 4应用程序将使用默认的X11应用程序在OS X 10.5-10.7上运行。
OS X 10.12（Sierra）-10.8（山狮）
OS X 10.8+上的SCIRun 4要求XQuartz应用安装。从下载XQuartz应用程序https://www.xquartz.org/releases/index.html.
测试表明，在OS X 10.8+上与一些AMD视频卡一起使用SCIRun将触发会导致显示屏严重中断的错误.
SCIRun 4可与AMD FirePro D500安全配合使用卡片与运行OS X Sierra（10.12）和El Capitan（10.11）的Mac Pros一起提供和X石英2.7.11.
OpenSuSE回归平台
我们目前正在测试OpenSuSE 13.1版 (OpenSuSE软件包存储库信息).
建议将SCIRun 4.7用于安装GCC 4.7及更高版本的系统。由于Boost构建错误，4.x系列中的SCIRun 4.6和更早版本当前与GCC 4.7不兼容。
OpenSuSE RPM
这些RPM已经过OpenSuSE 13.x验证：
- 海湾合作委员会
- gcc-c公司++
- 制造商
- C制动器
- glu-devel公司
- libXmu-devel（库Xmu-devel）
可选RPM
C制动器
C制动器构建SCIRun 4.6及更高版本需要2.8或更高版本（旧版本可以使用CMake 2.6或更高）。
颠覆
如果使用SCIRun from Subversion，请安装相应的Subversion包。建议使用1.6或更高版本。
较旧的OpenSuSE发行版
旧平台可用的CMake和Subversion版本可能有一些变化。
如果从源代码构建Subversion，则必须启用ssh。
Ubuntu回归平台
强烈建议安装制造商提供的图形驱动程序（通常建议Linux使用NVIDIA卡）。测试表明，Ubuntu提供的默认驱动程序与SCIRun不兼容。
我们目前正在NVIDIA图形卡系统上测试Ubuntu 13.04和12.04 LTS。
我们通常使用GCC C++编译器构建SCIRun 4，因此建议安装提供该编译器的包。
Ubuntu的安装相对较少，因此需要几个软件包。
Ubuntu 14.x和13.x包
在Ubuntu 14.04 LTS和13.04上测试。通过Synaptic软件包管理器或下面的命令行说明，可以很容易地获得下面列出的必要软件包：
sudo apt-get安装cmake-qt-gui cmake-curses-gui build-essential\
libxft-dev libxi-dev libxmu-headers freelug3-dev\
libtiff4-开发
由于Boost构建错误，4.x系列中的SCIRun 4.6和更早版本当前与GCC 4.7不兼容。SCIRun 4.7中已修复此问题。
SCIRun 4.6和更早版本可以在Ubuntu上构建，GCC 4.6来自GCC-4.6，g++-4.6包。要与build.sh一起使用，请设置环境变量CC和CXX，例如在bash中：
导出CC=/usr/bin/gcc-4.6
导出CXX=/usr/bin/g++-4.6
C制动器
C制动器构建SCIRun 4.6及更高版本需要2.8或更高版本（旧版本可以使用CMake 2.6或更高）。
颠覆
如果使用从Subversion签出的SCIRun 4，请安装相应的Subversion包。建议使用1.6或更高版本。
CentOS支持
我们不积极开发CentOS，也不定期测试CentOS。然而，我们确实会部署CentOS VirtualBox来宾操作系统安装以进行偶尔的测试。
此依赖项列表适用于CentOS 6.2，但我们尚未在该平台上进行广泛测试。
SCIRun 4也可以在类似的Red Hat Enterprise Linux发行版上编译。
CentOS 5.5软件包
以下软件包安装在默认的CentOS 5.5安装上，用于我们的测试构建。如果不从subversion存储库中检出代码，那么可以省略subversion包。
- 海湾合作委员会
- gcc-c公司++
- make（可能已安装）
- libXft级别
- libXmu-devel（库Xmu-devel）
- libGLU-devel（安装与系统上安装的libGLU运行库相对应的libGLU-devel包。我们安装了mesa-libGLU-devel。）
对于CentOS 5.5 64位测试安装，使用了所列软件包的64位版本。
C制动器
C制动器构建SCIRun 4.6及更高版本需要2.8或更高版本（CMake 2.6或更高版本可用于旧版本）。
颠覆
如果使用Subversion中的SCIRun 4，请安装相应的Subversion包。建议使用1.6或更高版本。
用户文档
以下选项卡包含为有兴趣了解有关如何使用SCIRun的更多信息的用户设计的信息。
SCIRun 4安装手册
SCIRun安装手册
模块参考
SCIRun公司
- SCIRun模块：包含SCIRun核心内所有模块的参考文档
包裹（稳定）
- BioPSE模块：此扩展包具有进行生物选择场计算的模块
- MatlabInterface模块：此扩展包包含到Matlab的接口
- Teem模块：此扩展包包含Teem库的接口
包装（实验性）
- Insight模块：此扩展包包含Insight ToolKit的接口
程序包（已弃用）
- 心波接口模块：此扩展包包含与心电模拟器的接口
- 模型创建模块：包含建模和网格工具的沙盒，最终将集成在SCIRun的核心中
重命名模块
自1.24以来，SCIRun网络文件发生了两次重大更改。首先，我们切换了基于Tcl的网络.net文件文件转换为基于XML的.srn（.srn）(S公司CI公司R（右）联合国N个网络）文件。您仍然可以加载.net文件，但只能以.srn XML格式保存。我们强烈建议您将.net文件转换为新的.srn格式。我们还更改了模块的命名和分类方式。
我们还更改了所有模块（以及许多类别）的名称，以使用更多一致/直观的命名方案。此更改导致旧的.net文件无法运行。但是，您可以通过几个步骤将旧的.net文件转换为新的.srn格式：
- 将旧的.net文件复制到.net.old，这样您就有了原始文件。转换脚本将覆盖您的输入文件。
- 使用提供的脚本转换.net模块名称。
- 使用scirun可执行文件将.net转换为.srn。-c选项加载一个旧的基于tcl的.net文件，写入新的基于xml的.srn文件并退出。
转换网络文件
示例：要转换myoldnetwork.net，请执行以下操作：
cp myoldnetwork.net myoldnetork.net.old网站
python SCIRun/src/scripts/remap_modules_in_net.py myoldnetwork.net SCIRun/src/sscripts/module-remapping.txt
./scirun-c myoldnetwork.net
然后可以这样运行新转换的.srn文件：
./scirun myoldnetwork.srn
更新模块名称
类似地，对于自切换到.srn后一直使用SCIRun的用户，有一个脚本用于将任何.srn文件中的模块名称转换为新的命名方案。
- 将旧的.srn文件复制到.srn.old。脚本将覆盖输入文件。
- 使用提供的脚本将.srn转换为新的模块名称。
示例：要转换myoldnetwork.srn，请执行以下操作：
cp myoldnetwork.srn myoldnetork.srn.old公司
python SCIRun/src/scripts/remap_modules_in_srn.py myoldnetwork.srn SCIRun/src/sscripts/module-remapping.txt
通过提供目录路径而不是单个文件的路径，此脚本还可以在.srn文件的整个目录结构上递归运行。
例如，如果您的所有网络都在/user/joe/mynetworkfiles/中：
python SCIRun/src/scripts/remap_modules_in_srn.py/user/joe/mynetworkfiles SCIRun/src/sscripts/module-remapping.txt
常见问题解答
常见问题
数据集集合
犹他州躯干数据集的详细信息是什么？
首先，正如你所读到的，几何学的原始来源是MRI。然而，我们对骨骼数据的兴趣是后来才出现的，它们在核磁共振成像中看不到，无法从中提取出来。相反，我们获得了标准化的肋骨和脊椎几何形状，并将其适合躯干模型。
话虽如此，但在心脏形状甚至位置方面，患者之间存在相当大的差异。一些心脏较长且相对狭窄，而另一些心脏则较高且横向切片较大。我相信，你在教科书和犹他州躯干之间发现的差异，在正常的变化范围内。
最后，由于几个原因，R波门控不能确保心脏图像中的收缩。第一个原因是电收缩和机械收缩没有及时对齐。心脏的每一个细胞都经历了电和机械刺激之间的延迟（事实上高达200毫秒）。结果是，R波发生在机械循环的舒张末期，即机械收缩之前。更重要的是，使用R波进行图像采集并不意味着必须在R波峰值时采集所有图像；相反，R波的峰值提供了一个共同的参考，以便从不同的心跳中采集数据可以捕捉到心脏周期的相同阶段。实际采集力矩可以使用简单的延迟从R波的时间中偏移，即每次采集都可以以与R波峰值相同的延迟进行。
我希望，有了这些信息，您可以看到犹他州躯干几何图形确实可以合理地表示成人躯干的几何图形。正如可见的人体数据一样，这只是一个具体的案例，没有足够的数据来开始创建一个真正的图谱，该图谱规定了整个躯干的正常解剖范围。有这样的大脑图谱，但我不知道还有其他器官系统受到足够的重视，开始量化解剖变异。
网络文件
我们使用基于XML.srn（.srn）(S公司CI公司R（右）联合国N个网络）文件。我们强烈建议您将.net文件转换为新的.srn格式。如果您需要更多信息，请阅读“用户文档/模块”下的模块重命名部分。
如何在SCIRun 4网络文件中使用相对路径名支持？
SCIRun网络字段中的相对路径支持假设如下：SCIRun网络文件位于数据的固定相对位置。它的设计使您可以在主目录中创建一个存储库，其中数据文件和网络位于相同的相对位置，可以轻松复制到另一个目录（例如，另一个主目录）。
您可以在主目录中的文件中激活它，该文件名为：.scirunrc文件
编辑线条：
SCIRUN_NET_RELATIVE_FILENAMES=真
设置此变量后，将以相对方式导出所有文件名。因此，每个想要导出到存储库的人都应该在.scrunrc文件名中设置这个变量。仅签出文件的用户不需要编辑此变量。SCIRun默认使用绝对路径和相对路径读取两个文件。
要转换文件，请在.scirunrc文件中设置变量。然后加载每个网络并保存文件。这将以相对格式导出所有文件。然后，检查文件，一切都应该正常。
C制动器
构建SCIRun 4的通用CMake命令行是什么？
SCIRun目录（包含src子目录）有一个箱子目录。在bin目录中，运行以下命令：
cmake/型钢混凝土
其他一些经常使用的CMake变量包括：
CMAKE_BUILD_TYPE=调试（或“发布”）BUILD_STESTING=ON（或OFF）
常见问题解答
Q： 运行SCIRun 4需要什么？
答：您可以在“规范”选项卡下找到构建和运行SCIRun的系统要求.
Q： 有没有办法在使用命令行运行脚本完成后自动退出SCIRun？
在linux中使用bash的示例如下：
scirun-e测试.srn
这将加载并执行SCIRun脚本test.srn，但我想在运行后退出它。
您所需要做的就是将标志更改为“-E”，因此您的脚本将是
scirun-E测试.srn
Q： 我使用ShowFieldGlyphs可视化张量数据。“Colormap Lookup”和“Conversion to RGB”是张量着色选项中的两个。对于标量数据，理解颜色图是很直观的。然而，对于张量，我无法理解颜色映射是如何生成的（对于“颜色映射查找”和“转换为RGB”选项）。是否执行了将张量转换为标量的数学运算？
答：张量的主特征向量大小用于索引彩色地图。主要特征向量的x、y、z分量用于生成RGB颜色。
Q： 如何利用这个内置的Python解释器？
答：Python脚本支持位于SCIRun 5（SCI运行5）.
Q： 我想使用我自己的可视化数据分析软件查看SCIRun字段文件（.fld）数据集。有.fld格式的描述吗？
答：不幸的是，SCIRun字段文件（.fld）格式没有很好的文档记录。通常，SCIRun字段文件由一组组成标题的小标记组成，用于将文件标识为SCIRun-字段，区分二进制文件和文本文件，还可以选择建立endian类型等。其余条目特定于SCIRon的内部数据类型，标识网格类型，网格中可能包含的数据类型，数据位置（如适用）和其他数据类型特定信息。
Q： 样本数据集中有许多类似SCIRun字段文件（.fld）的文件（例如，在cyl3中）。如何为自己的几何体创建.fld文件？
答：正如您所知，SCIRun字段文件（.fld）是SCIRon的原生格式。不幸的是，我不知道还有其他程序可以生成.fld。我的建议是使用“ReadField”模块在网格中进行读取。有一个下拉菜单，允许您选择几种不同的格式类型。该格式将转换为SCIRun使用的“字段”格式。然后可以使用“WriteField”模块将其作为.fld写出。
Q： 如何放置电极，使其刚好与躯干表面接触？
答：这很可能，但有点棘手。其想法是创建一个与躯干表面相交的除颤器源。如果你有一个桨形几何体（立方体可以开始），你可以用EditMeshBoundingBox模型定位它，这样它就会与躯干相交（最好是深一些，而不是浅一些）。然后使用ClipFieldByMesh模块仅获取躯干和球拍的交点。使用GetFieldBoundary获取躯干的边界。在相交体积（GetDistanceToField）中找到躯干边界的距离贴图，然后使用ClipVolumeByIsovalue按所需距离（2-5 mm）剪裁该字段。这将是您在模型中的来源之一。它并不是表面上的，而是嵌入了一点优点。这种方法还没有经过彻底的审查，但应该作为一个起点。
Q： InterfaceWithMatlab在Windows上失败，因为无法打开libeng。我该如何解决这个问题？
答：此问题已在最新Matlab版本的Windows上出现，并且此解决方案已在64位Windows 7和Matlab R2012b 64位上进行了测试。添加包含libeng.dll的目录（应类似于c： \程序文件\MATLAB\R2012b\bin\win64)到系统PATH。
Q： 如何将三维栅格数据保存到可以在SCIRun中使用的NRRD文件中？
A： 创建Teem公司 NRRD公司就是制作两个不同的文件。第一个是原始数据文件（通常.生的)，第二个是NRRD头(.nhdr文件). NRRD文件格式中有许多细节和潜在的变化，但诀窍在于标题和数据之间要保持一致。这里提供了一个在大多数情况下都可以使用的简单示例。
第一步是从Matlab中以二进制格式写出数据。为了简单起见，您需要对数据进行排列，以便每个点的值都列在每个点上（如果每个位置与向量一样有多个值），并沿正x方向递增，然后沿y方向递增，最后沿z方向递增。
对于向量，值的顺序必须是x、y、z，对于张量，值的排序必须是对称张量矩阵的xx、xy、xz、yy、yz、zz。在Matlab中，按照SCIRun中的要求将数据排列成4D矩阵（值、x轴、y轴、z轴）。然后使用写入文件功能。这将创建一个二进制文件，SCIRun将在标头的帮助下读入该文件。
一些示例代码：A=整形（数据，d1，d2，d3，d4）；%将数据重塑为大小为d1、d2、d3、d4的4D矩阵
fid=fopen（'data.raw'，'w'，'b'）；
fwrite（fid，A，'float'）；
fclose（fid）；如果使用标量数据，d1=1，使用矢量数据，d1=3和张量数据，d1=6对所有人来说，第2天,第3天、和第4天分别是x、y和z方向上的体素数。注意：如果您使用的是标量数据，则可以将数据减少为3D矩阵，但需要对头文件进行相应的更改，此处不再讨论。创建NRRD头的第二步可以使用文本编辑器完成。您应该创建一个nhdr文件（命名为数据.nhdr例如）如下：尼泊尔卢比0004
类型：浮动
尺寸：4
尺寸：d1 d2 d3 d4
编码：原始
endian：大
数据文件：data.raw
空间尺寸：3
空间原点：（0,0,0）
空间方向：无（间距x，0,0）（0，间距y，0）（0,0，间距z）在这种情况下，原点是最小点，体素大小在空间方向上进行编码（间距=体素大小）。请注意，标头中的数据类型与写入文件函数（浮点）和格式(endian：大)标题中的格式与fopen公司功能(“b”). 有关NRRD标头和文件格式的更多信息，请参阅Teem NRRD文件格式文档页面.在同一目录中创建这两个文件后，可以使用ReadField（读取字段）模块，带有nrrd文件（*.nhdr，*.nrrd）选项或读Nrrd模块将其读入SCIRun。如果数据体在加载到SCIRun时方向奇怪或翻转，通常是因为坐标系不一致，您可以在Matlab中重新排列数据，或者通过重新排列空间方向和尺寸标注顺序来更改头文件，并通过将轴设置为负值来翻转轴（您可能还需要使用翻转轴来更改原点）。这里的技巧是使更改在所有标头信息中保持一致。Teem还提供命令行unu工具创建和操作NRRD文件。最后，有关Teem库的问题可以向青少年用户邮件列表。
Q： SCIRun 4会在OS X 10.8（Mountain Lion）和更新版本的OS X上运行吗？
在OS X 10.8和10.9上测试SCIRun 4表明在带有某些AMD/ATI图形卡的系统上使用ViewScene模块时出现问题，屏幕会出现混乱。我们测试的NVIDIA卡没有显示此问题。AMD FirePro D500运行OS X Sierra（10.12）和El Capitan（10.11）的Mac Pros也可以安全使用X石英2.7.11。也可以在“规范”和Mac OS X选项卡下找到此信息。
Q： SCIRun 4能在Ubuntu 12.10及更新版本上使用默认的图形驱动程序吗？
在更新版本的Ubuntu（12.04 LTS之后）上测试SCIRun 4表明，默认的图形驱动程序不兼容，即SCIRon无法运行。我们测试并推荐NVIDIA卡和驱动程序，这些都是已知有效的。
Q： 我需要在SCIRun 4 ViewScene中旋转对象。如何在Mac OS X上启用鼠标中键？
在X11应用程序首选项窗口中启用“仿真三按钮鼠标”选项。X11应用程序首选项可以从X11菜单中打开。
