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人内皮型一氧化氮合酶血红素结构域与4-((4-(2-氨基-4-甲基喹啉-7-基)-2-(氨基甲基)苯氧基)甲基苯甲腈的配合物的结构


X射线衍射

启动模型

初始优化模型
类型来源加入代码细节
实验模型PDB公司 4D1P型 

结晶

结晶实验
身份证件方法酸碱度温度细节
1蒸汽扩散,坐滴7.52770-12%PEG3350,0.1M BIS-TRIS0.2-0.3M毫克醋酸盐,0.1M GdCl310%甘油,5 mM TCEP
晶体特性
马修斯系数溶剂含量
2.6954.3

Crystal数据

单位单元格
长度(Ω)角度(˚)
a=60.539α = 90
b=154.889β = 90.8
c=109.18γ = 90
对称
空间组第1211页

衍射

衍射实验
ID编号#水晶ID散射类型数据采集温度探测器探测器类型细节收款日期单色仪协议
11x射线100CCD(电荷耦合器件)ADSC量子315后视镜2017-07-19M(M)单波长
辐射源
ID编号#来源类型波长列表同步加速器站点光束线
1同步加速器ALS梁线8.2.21肌萎缩性脊髓侧索硬化症8.2.2

数据收集

总体
身份证#分辨率(高)分辨率(低)可能百分比(观察)R合并I(观察)R Sym I(观察)Rpim I(全部)CC(一半)净I高于平均Sigma(I)冗余反射数(全部)反射次数(观察)观察标准Sigma(F)观察标准西格玛(I)B(各向同性)来自Wilson图
12.029098.20.1120.1120.1040.9587.53.6128858-3
最高分辨率外壳
ID编号#分辨率(高)分辨率(低)可能百分比(全部)可能百分比(观察)R合并I(观察)R-Sym I(观察)Rpim I(全部)CC(一半)Sigma上的平均值I(观察值)冗余唯一反射数(全部)
12.022.0794.51.7021.7021.4860.350.73.5

精炼

统计
衍射ID结构求解方法交叉验证方法启动模型分辨率(高)分辨率(低)反射次数(观察)数字反射(R-Free)反射百分比(观察)R系数(观察值)R工作R自由R-Free选择细节平均各向同性B
X射线衍射分子替换自由R值4D1P型2.0289.2321284131238994.50.20090.19850.246随机的
温度因子建模
各向异性B[1]各向异性B[1][2]各向异性B[1][3]各向异性B[2]各向异性B[2][3]各向异性B[3]
RMS偏差
钥匙细化约束偏差
f二面角d14.126
f角度d1.069
f _手性0.063
f键d0.01
f_平面_restr0.006
精炼中使用的非氢原子
非氢原子编号
蛋白质原子12857
核酸原子
溶剂原子757
异质原子542

软件

软件
软件名称目的
菲尼克斯精细化
MOSFLM公司数据缩减
无目标的数据缩放
相位器定相