配体

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在通常的意义上，配体表示与大分子非共价结合的小分子。绑定通常是可逆的。例如：受体结合激素和细胞因子配体，酶结合底物或抑制剂配体。亲和素结合配体生物素。

Proteopedia将绿色链接置于分子下方配体基于不同的定义，如下所述。

在大分子结构中，配体具有专业化且有点不同的含义来源于PDB文件格式是结构化的。PDB文件中的所有原子分为两组：标准残留物蛋白质或核酸链，以原子记录类型标识，以及所有其他原子，以HETATM公司记录类型。

许多可视化和建模程序进一步划分杂原子变成溶剂和非溶剂原子。溶剂包括水和常见阴离子，如硫酸盐和磷酸盐离子。这些程序（例如。RasMol公司,钟声、和焦耳（Jmol）)通常定义配体包括全非溶剂杂原子。在这些程序中，选择和显示配体将显示，例如，所有碳水化合物除了通常被认为是配体的部分，如金属离子和除标准残留物.

一些通常被认为是配体的东西会失败包括在以下情况下配体选择并显示在Jmol（或RasMol或Chime）中。这些包括单个氨基酸或核苷酸、肽配体、作为配体与蛋白质结合的DNA或RNA。Jmol简介使用特殊代码显示单个标准残留物或非标准残留物作为配体，避免了它们在只有主干的显示器（如二级结构示意图动画）中不可见。

在RCSB公司。组织，使用高级搜索和查询类型化学品ID，您可以在数据库中找到包含特定化学成分的所有条目。例如，2019年12月，五个条目包含PYL（在非标准残留物).

中所有化合物的完整列表PDB公司在世界蛋白质数据库化学成分词典。这包括所有标准残留物以及非标准残留物，碳水化合物加合物，配体和异质群体每周更新一次新发布的条目。

这个PDBbind数据库为保存在蛋白质数据库（PDB）中的所有生物分子-甘氨酸复合物提供了实验测量的结合亲和力注释的综合集合，如Kd、Ki或IC50。