结构亮点
功能
DNPH1_额定值催化脱氧核苷5'-单磷酸的N-糖苷键断裂,生成脱氧核糖5-磷酸和嘌呤或嘧啶碱。含有嘌呤碱的脱氧核苷5'-单磷酸比含有嘧啶碱的脱氧核苷更可取。[1]
进化守恒
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PubMed出版物摘要
RCL是一种催化嘌呤2'-脱氧核苷5'-单磷酸的N-糖苷键断裂的酶,这是最近才报道的一种新的酶反应。在这项工作中,我们通过多维核磁共振确定了溶液的结构,并通过计算模拟提供了一个结构框架来阐明其机理。RCL是一种对称的同二聚体,每个单体由夹在五个α螺旋之间的五股平行β片组成。三个螺旋形成二聚体界面,允许两个单体并排堆积。具有Rossmann折叠的整体结构在拓扑结构上与脱氧核糖基转移酶相似,在假定的底物结合囊和C末端尾部观察到主要差异。后者看起来很灵活,远离RCL中的核心结构,但循环回来,位于转移酶中相邻活性位点的底部。这种差异可能在涉及C-末端羧基的碱基识别背景下具有功能意义,而这只在转移酶的反向反应中需要。人们还注意到,假定活性位点周围的残基显示出显著的构象变化,这表明蛋白质动力学可能在apo-RCL的酶功能中发挥重要作用。总的来说,这项工作从结构角度对一种新型N-糖苷酶的机制提供了宝贵的见解,这反过来又将允许合理的抗肿瘤和抗血管生成药物设计。
新型2'-脱氧核糖核苷5'-单磷酸N-糖苷酶RCL的溶液结构。,Doddapaneni K、Mahler B、Pavlovicz R、Haushalter A、Yuan C、Wu Z J分子生物学。2009年12月4日;394(3):423-34. Epub 2009年8月28日。PMID:19720067[2]
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工具书类
- ↑Ghiorghi YK,Zeller KI,Dang CV,Kaminski PA。c-Myc靶基因Rcl(C6orf108)编码一种新型酶,脱氧核苷5'-单磷酸N-糖苷酶。生物化学杂志。2007年3月16日;282(11):8150-6. Epub 2007年1月18日。PMID:17234634数字对象标识:http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M610648200
- ↑Doddapaneni K,Mahler B,Pavlovicz R,Haushalter A,Yuan C,Wu Z.新型2'-脱氧核苷5'-单磷酸N-糖苷酶RCL的溶液结构。分子生物学杂志。2009年12月4日;394(3):423-34. Epub 2009年8月28日。PMID:19720067数字对象标识:2016年10月10日/j.jmb.2009.08.054