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PubMed出版物摘要

通过溶液核磁共振（NMR）光谱和X射线晶体学测定了人蛋白HSPC034的结构。在没有NMR约束的情况下，使用罗塞塔协议对NMR结构系综进行细化，不仅在结构质量上有了显著改进，而且在使用MOLREP和Phaser的原始X射线衍射数据的分子置换（MR）性能上也有了显著改进。最近证明，该方法普遍适用，使用Rosetta对八个核磁共振结构进行了改进，证明其具有更好的MR性能（Qian等人，Nature 2007；450:259-264）。此外，通过包括NMR约束的标准方法计算的HSPC034的NMR结构在RMSD中改善了晶体结构和MR性能，其顺序为DYANA、CYANA、XPLOR-NIH和CNS，并进行显式水精制（CNSw）。也许由于更彻底的构象取样和/或更优越的力场，CNSw结构的进一步Rosetta细化能够根据召回、精确度和F测量（RPF）分数找到与NMR数据同样一致的替代低能蛋白质构象。在进一步的检查中，与X射线结构相比，核磁共振精细结构的额外核磁共振性能不足部分归因于晶体阻塞效应、实际结构差异和核磁共振结构中的低级氢键。埋藏的未满足氢键供体数量的减少与MR性能的改善之间的良好相关性表明了力场中氢键项对改善NMR结构的重要性。Rosetta重定义结构中优越的氢键网络表明，正确识别氢键应该是核磁共振结构精细化的关键目标。将从罗塞塔结构中识别出的非二价氢键作为额外的限制条件包含在结构计算中，可以提高核磁共振结构的性能。

通过罗塞塔精炼提高核磁共振蛋白质结构质量：一项分子替换研究。，Ramelot TA、Raman S、Kuzin AP、Xiao R、Ma LC、Acton TB、Hunt JF、Montelione GT、Baker D、Kennedy Ma Proteins。2009年4月；75(1):147-67. PMID:18816799^[1]

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