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PANTHER常见问题解答


PANTHER 7.0教程演示在2011年国际商会指南中给出。


我可以在PANTHER网站上做什么？

PANTHER位点具有关于基因的全面功能信息，并且设计用于促进大量基因的分析。有关数据关系的更多信息，请访问“PANTHER数据概述”图。PANTHER网站上的工具和数据可用于：





目录

获取有关感兴趣基因的信息。

二、。探索蛋白质家族、分子功能、生物过程和途径。

三、 在PANTHER中生成基因列表。

四、 按功能分析基因列表。


五、有用的提示。




第一节获取有关感兴趣基因的信息。

I.A.按关键字搜索。
  1. 在关键字搜索框中输入搜索词，然后按“Go”按钮（或按键盘上的“Return”）。
  2. 结果页面将显示与关键字匹配的记录数。点击数字查看所有基因。如果数量太大，您可以通过以下方式筛选结果：（1）单击结果页面上的复选框，仅选择感兴趣的物种，或（2）单击基因数量旁边的“优化…”，使用其他标准优化搜索。
  3. 单击基因标识符（基因列表的第一列）以查看基因详细信息页面。
I.B.按顺序搜索。
  1. 在序列搜索框中输入蛋白质序列，然后按“提交”按钮。
  2. 这将对族和子族HMM库进行搜索，并找到与查询顺序最匹配的子族。
  3. 您可以单击子家族名称以查看有关子家族的详细信息，例如分配给该子家族的基因，以及在较大的家族树中查看子家族的链接。
I.C.基因信息。
  1. PANTHER中的每个蛋白质编码基因也由一个“代表性”蛋白质序列表示。这是一个“典型”序列，只要有一个序列可用，就进行了大量的努力来选择最佳代表性。蛋白质序列用于估计系统发育树。
  2. 每个基因都按其：
    • 家庭。单击树图标查看该基因的系统发育背景
    • GO分子功能、生物过程、细胞成分
    • PANTHER蛋白质类
    • 路径。单击路径链接查看路径。
  3. 页面上列出了其他物种中该基因的同源序列，以及同一物种中的该基因同源序列。请注意，只列出了出现在同一系统发育树中的那些基因。


第二节。探索蛋白质家族、分子功能、生物过程和途径。

二、。A.获取有关蛋白质家族或亚家族的信息，和/或查看蛋白质家族的系统发育树和多序列比对。
  1. 单击“树和HMM”菜单项，然后单击“搜索PANTHER族、树和HMMs”。
  2. 在文本框中键入搜索词，然后按“搜索”按钮。或者，您可以通过PANTHER本体术语搜索PANTHER族。选择您感兴趣的功能后（如下文I.B所述），在“获取结果”按钮下方的框中选择“PANTHER Families”并按下按钮。
  3. 您将获得与查询匹配的PANTHER族和子族的列表。
  4. 单击列表中的家族或子家族标识符将显示该家族或子家庭的页面，该页面包含到系统发育树和多序列比对的链接。
二、。B.浏览不同的分类。
  1. 单击“Browse”（浏览）菜单项。
  2. 选择您感兴趣的本体（左侧面板）。在文本字段中键入将筛选可能的选择列表。单击“+”展开类别以查看子类别，然后单击名称旁边的复选框来选择类别。将鼠标悬停在名称上可以看到每个类别的简要详细信息，或者单击名称左侧的图标可以看到完整的详细信息。对于路径，完整的细节包括路径中分子相互作用和反应的详细图表。
  3. 可以在多个本体中进行选择。当进行多项选择时，这意味着结果将符合所有选择的标准。例如，可以从物种本体中选择“老鼠”，也可以从分子功能本体选择“受体”，以检索老鼠基因组中的所有受体。
  4. 在“选择摘要”面板中查看您的选择。
  5. 人类馆长将本体术语与PANTHER家族、子家族和“训练序列”相关联。要查看这些关联，请在右侧面板中选择“PANTHER家族”，然后按橙色的“获取结果”按钮。或者，您也可以在选择“genes”（基因）后按results（结果）按钮，查看被某个家族或亚家族HMM击中的基因（在选定物种中）
二、。C.探索途径以及参与其中的基因和蛋白质。
  1. 使用文本搜索或浏览漫游器中的可用路径列表来检索路径列表（投资银行）
  2. 通过单击路径列表中的路径名称或ID链接，或单击徘徊器中路径名称左侧的图标，查看有关路径的详细信息。
  3. 选择“路径详细信息”页面上的“路径图”选项卡以查看交互式小程序图。加载此图可能需要一些时间，尤其是对于较大的路径。
  4. 路径“分子类”（基因、mRNA、蛋白质、小分子）可以通过在图表中单击它们来选择，也可以通过从图表左侧的文件夹中选择它们来选择。
  5. 通过按下路径图右上角的“Go”按钮，可以检索分配给所选分子类别的基因。
  6. 右键单击路径组件允许许多强大的功能，例如突出显示所有向上或向下的组件，或显示有关组件的详细信息。


第三节生成PANTHER中的基因列表。

PANTHER站点的构建允许对基因、蛋白质或转录物列表进行简单但强大的操作。您可以使用PANTHER搜索或浏览，或通过将列表导入站点来访问PANTHER列表视图。进入列表视图后，可以对列表执行许多操作。这些操作包括：

  1. 以图形方式查看基因功能的饼图或条形图列表。单击列表顶部的饼图图标。
  2. 将列表保存到“工作区”。从列表顶部的“发送列表至”下拉菜单中选择“工作区”。
  3. 将列表导出为制表符分隔的文件。从列表顶部的“发送列表至”下拉菜单中选择“文件”。
  4. 对列表进行排序，例如帮助找到候选基因。您可以按蛋白质家族（点击“PANTHER best hit”列标题）、分子功能（点击“molecular function”（分子功能）列标题）或生物过程（点击“biological process”（生物过程）列标题等进行排序。
  5. 筛选列表以仅选择具有给定搜索词的条目。单击列表顶部的“优化搜索”。
  6. 将列表转换为不同的数据类型，例如，将蛋白质列表转换为编码这些蛋白质的所有基因的列表。从“将列表转换为”下拉菜单中选择新的数据类型。
三、 A.从给定类别（分子功能、生物过程、细胞成分、蛋白质类途径）创建基因列表。
  1. 单击“浏览”菜单项。
  2. 选择您感兴趣的本体（左侧面板）。在文本字段中键入将筛选可能的选择列表。单击“+”以展开类别以查看子类别，并通过单击名称旁边的复选框来选择类别。将鼠标悬停在名称上可以看到每个类别的简要详细信息，单击名称左侧的图标可以看到完整的详细信息。
  3. 可以在多个本体中进行选择。例如，可以从物种本体中选择“老鼠”，也可以从分子功能本体选择“受体”，以检索老鼠基因组中的所有受体。
  4. 按橙色的“获取结果”按钮默认检索基因（可以先选择其他结果类型）。选择要搜索的基因组数据集基因组。
三、 创建一个给定家族的基因列表。
  1. 单击“树和HMM”菜单项。
  2. 在文本框中键入搜索词，然后按“Go”按钮。或者，您可以通过PANTHER本体术语搜索PANTHER族。选择您感兴趣的功能（如I.A.中所述）后，在“获取结果”按钮下方的框中选择“PANTHER Families”并按下按钮。
  3. 您将获得与查询匹配的PANTHER族和子族的列表。
  4. 可以通过单击ID旁边的复选框来选择感兴趣的族和子族。如果未进行选择，则假定选中了所有族和子家族。
  5. 通过从“Convert list to：”下拉菜单中选择“genes”，将列表转换为所选家族/子家族中的基因列表。
三、 创建基因组区域中的基因列表。
  1. 单击“Genomes”（基因组），然后单击“Location Search”（位置搜索）链接。
  2. 选择基因组组装。
  3. 要选择感兴趣的基因组区域，请输入染色体坐标或感兴趣区域中的标记。
  4. 如果需要，设置侧翼区域（感兴趣的基因组区域外的碱基数量）。按“搜索”按钮。
  5. 将出现与基因组区域匹配的基因列表。
三、 D.将ID列表上传到PANTHER网站。
  1. 转到“批量上传”页面。您可以从主页、“基因组”页面或通过选择“新列表”链接从工作区访问此页面。
  2. ID列表中的每个ID都应该用空格、逗号或回车符分隔。
  3. 我们建议您选择ID类型以进行更精确的查找（在上传页面第2步下的“选择上传ID类型”下选择此项）。对于基因，首选ID是公共基因的Entrez基因标识符，Celera基因的Celera hCG标识符。
  4. 您可以选择不同类型的对象来返回（基因、转录本、蛋白质），这些对象与您上传的ID相匹配。基因是默认对象。
  5. 在步骤2下选择“搜索”。
  6. 将出现一个基因列表，其中包含所有已识别的上传ID。
  7. 您可以通过单击返回列表顶部的“unmapped”链接来查看未映射的ID。


第四节按功能分析基因、蛋白质或转录表。

IV、 A.将基因列表可视化为按基因分解的“饼图”功能。

  1. 按照中所述创建基因列表第二节，或使用“批量上传”页面。
  2. 从饼图图标下方的下拉菜单中选择“MF饼图”（按分子功能对基因进行分类）、“BP饼表”（按生物过程对基因进行归类）或“路径饼图”。您现在可以使用饼图视图（副驾驶）.
四、 B.根据统计上的过度和欠表达功能分析基因列表。

例如，您可以将基因表达簇与生物过程（或分子功能）类别相关联。这将允许您在每个簇中的基因中寻找统计上过度和不足的生物过程。

  1. 单击“Tools”（工具）菜单项，然后单击“Gene Expression Data Analysis”（基因表达数据分析）链接，再单击“Lists of Genes”（基因列表）链接。
  2. 按照页面上提供的说明进行操作。你需要上传基因列表(三、 D类)，或从工作区中选择它们(V.B公司).
  3. 你可以一次分析一个与分子功能、生物过程或途径相关的列表。要对同一数据执行另一个分析，只需单击浏览器的后退按钮。
  4. 当分析与路径相关的内容时，单击路径名称链接将显示路径图形视图，每个列表中的基因/蛋白质以相同的方式着色。
四、 分析基因-值对列表。

例如，您可以上传一个基因列表以及来自差异基因表达实验的相应fold-change值。将每个本体类别（例如血管生成途径）中的基因值与值的总体分布进行统计比较，以寻找该类别中的协调变化。我们小组（Clark等人，Science 302:19602003）使用了这种方法，它与Eric Lander小组（Mootha等人，Nature Genetics 34:267，2003）的方法类似，用于寻找躲避诸如四、 B类.

  1. 单击“Tools”（工具）菜单项，然后单击“Gene Expression Data Analysis”（基因表达数据分析）链接，再单击“Lists of Genes with values”（带值的基因列表）链接。
  2. 按照页面上提供的说明进行操作。您需要上传一个以tab分隔的文件，其中至少一列包含基因或蛋白质标识符（Entrez基因标识符、GenBank登录号或基因符号），并且至少另一列包含数值。
  3. 你可以一次分析一个与分子功能、生物过程或途径相关的列表。按“将基因映射到本体”按钮启动分析。要对同一数据执行另一个分析，只需单击浏览器的后退按钮。
  4. 在结果页面中，您可以通过选中类别名称旁边的复选框，然后按“绘制所选类别的图表”按钮，查看每个类别的值分布，以及它与总体分布的比较。
  5. 对于路径，单击路径名称链接将显示路径图形视图，其中基因/蛋白质由上传值的冷热比例着色（红色为较高值）。


第五节有用的提示。

V.A.将列表转换为其他列表类型。
  1. 在列表页面上，单击“将列表转换为：”后的下拉菜单。当前列表类型显示在框中。
  2. 从下拉菜单中选择新的列表类型。
  3. 每个主ID（列表的第一列）用于返回选定的数据类型。请注意，不同类型之间的映射不一定是一对一的（例如，一个基因可以映射到多个相关转录本）。
V.B.将列表保存到您的工作区。
  1. 注意：这需要注册（现在免费注册）
  2. 从列表页面中，在“发送列表到”下拉菜单中选择“工作区”。
  3. 弹出窗口将要求您命名列表并添加任何注释。以后可以随时从“工作区”页面编辑名称和注释。
  4. 基因列表现在存储在网站上，并且可以随时返回。只存储ID，因此当您以后访问列表时，所有信息都将更新并更新。
V.C.导出列表。
  1. 从列表页面中，在“发送列表至：”下拉菜单中选择“文件”。
  2. 该列表将导出为以制表符分隔的文件。
  3. 现在可以将文件导入Excel或执行任何所需的后期处理。
V.D.使用饼图视图。在此视图中，您可以：
  1. 将饼图放大或缩小。从下拉菜单中选择放大百分比，然后按“缩放”按钮。
  2. 通过单击“条形图”转换为条形图视图。
  3. 将鼠标放在饼图切片上，查看饼图切片的类别。
  4. 通过单击图例中类别的名称，获取饼图特定部分的基因列表。
  5. 通过单击饼图切片查看类别的更详细细分。例如，单击“受体”将显示一个新的饼图，其中受体按亚型分解，例如“g蛋白偶联受体”和“蛋白激酶受体”。