clusterProfiler 4.0: A universal enrichment tool for interpreting omics data

doi:10.1016/j.xinn.2021.100141

.2021年7月1日；2(3):100141.

doi:10.1016/j.xinn.2021.100141。 eCollection 2021年8月28日。

clusterProfiler 4.0：解释组学数据的通用浓缩工具

吴天志¹, 胡二强¹, 徐双斌¹, 陈美君¹, 郭平凡¹, 泽汉傣¹, 丁泽峰¹, 郎州¹, 文理堂¹, 李战¹, 傅晓聪¹, 刘珊珊¹, 小陈博², 广创语^1 三 4

附属公司

¹南方医科大学基础医学院生物信息学系，广州510515。
²北京放射医学研究所生物技术系，北京100850，中国。
^三南方医科大学基础医学院广东省蛋白质组学重点实验室，广州510515。
⁴南方医科大学珠江医院检验科微生物医学中心，广州510515，中国。

PMID： 34557778
预防性维修识别码： PMC8454663号
内政部： 2016年10月10日/j.xinn.2021.141

clusterProfiler 4.0：解释组学数据的通用浓缩工具

吴天志等。创新（Camb）. 2021.

.2021年7月1日；2(3):100141.

doi:10.1016/j.xinn.2021.100141。电子采集2021年8月28日。

作者

吴天志¹, 胡二强¹, 徐双斌¹, 陈美君¹, 郭平凡¹, 泽汉傣¹, 丁泽峰¹, 郎州¹, 文理堂¹, 李战¹, 傅晓聪¹, 刘珊珊¹, 小陈博², 广创语^1 三 4

附属公司

¹南方医科大学基础医学院生物信息学系，广州510515。
²北京放射医学研究所生物技术系，北京100850，中国。
^三南方医科大学基础医学院广东省蛋白质组学重点实验室，广州510515，中国。
⁴南方医科大学珠江医院检验科微生物医学中心，广州510515，中国。

PMID： 34557778
预防性维修识别码： PMC8454663号
内政部： 2016年10月10日/j.xinn.2021.141

摘要

功能富集分析是生命科学中高通量组学数据解释的关键。对于这类工具来说，使用尽可能多的生物体的最新注释数据库是至关重要的。为了满足这些要求，我们在这里展示了我们流行的生物导体包clusterProfiler 4.0的更新版本。与9年前发布的原始版本相比，此软件包得到了显著增强。新版本基于内部支持的本体论和路径以及用户提供的注释数据或从在线数据库获得的注释数据，为数千种生物体的功能富集分析提供了通用界面。它还扩展了数字播放器和ggplot2为数据操作和可视化提供整洁界面的包。其他新功能包括基因集富集分析和多基因列表富集结果的比较。我们预计clusterProfiler 4.0将应用于多种生物的广泛场景。

关键词：生物知识挖掘；clusterProfiler；富集分析；功能分析；可视化。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明没有相互竞争的利益。

数字

图1
基因本体富集分析原始结果（A）和简化版本（B）被可视化为富集图网络。每个节点表示一个基因集（即GO项），每个边表示两个基因集之间的重叠。

图2
KEGG途径富集分析在GSEA富集图（A）中，曲线表示富集分数的连续总和，图的中间部分显示与某些途径相关的基因的位置，图的底部显示度量（例如，折叠变化）如何与列表一起分布。UpSet图（B）显示了核心富集基因的度量分布。它区分了唯一属于一条通路或与两条或多条通路相关的基因。

图3
感兴趣基因组区域的功能富集分析基因组区域与编码基因相连，然后通过测试目标基因的显著重叠来识别转录辅因子。

图4
比较不同级别条件下的功能配置文件*比较群集*该函数同时对八个DEG列表执行富集分析。结果被可视化为一个点图，其中x轴表示一种状态（时间进程），面面板表示另一种状态水平（药物治疗）。

图5
使用可视化浓缩结果*ggplot2*一个棒棒糖图显示ORA（A）中的丰富因子，一个条形图显示GSEA（B）中的标准化富集分数。

图6
用于挖掘生物知识集群的软件包套件Profiler是功能分析的重要核心，其功能通过几个配套软件包得到了增强。

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