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.2017年9月15日;33(18):2946-2947.
doi:10.1093/bioinformatics/btx324。

PhyD3:一个系统发育树查看器,具有扩展的phyloXML支持,用于功能基因组数据可视化

附属公司

PhyD3:一个系统发育树查看器,具有扩展的phyloXML支持,用于功能基因组数据可视化

卢卡斯·克雷夫特等。 生物信息学. .

摘要

动机:比较和进化研究利用系统发育树来分析和可视化生物数据。最近,一些用于显示、操作和注释系统发育树的网络工具,如iTOL和Evolview,已经发布了与最新网络技术兼容的更新。虽然这些web工具运行的是一个开放式服务器访问模型,拥有众多注册用户,但使用当前web技术的功能丰富的开放源代码解决方案尚不可用。

结果:在这里,我们介绍了广泛使用的PhyloXML标准的扩展,以及几个新选项,以适应功能基因组学或注释数据集,实现高级可视化。此外,PhyD3已被开发为一个轻量级工具,使用JavaScript库D3.js在web浏览器中实现最先进的系统发育树可视化,并支持高级注释。当前的实现是开源的,适应性强,易于在第三方网站上实现。

可用性和实施:有关PhyD3本身、安装过程和实现链接的更多信息,请访问http://phyd3.bits.vib.behttp://github.com/vibbits/phyd3/ .

联系人:klaas.vandepoele@ugent.vib.bemichiel.vanbel@ugent.vib.be。

补充信息:补充数据可在生物信息学网站上获得。

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