Reaction Decoder Tool (RDT): extracting features from chemical reactions

doi:10.1093/bioinformatics/btw096

.2016年7月1日；32(13):2065-6.

doi:10.1093/bioinformatics/btw096。 Epub 2016年2月22日。

反应解码器工具（RDT）：从化学反应中提取特征

附属公司

¹欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，威康信托基因组校园，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK Congenica Ltd，英国剑桥CB10 1SA，Hinxston，Wellcome信托基因组校园。
²欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，英国剑桥CB10 1SD欣克斯顿威康信托基因组校区。
^三欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK DISI，博洛尼亚大学，V.Le Risorgimento 2，意大利博洛尼亚。
⁴欧洲分子生物学实验室、欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI、Wellcome Trust Genome Campus、Hinxton、Cambridge CB10 1SD、英国癌症研究所、英国剑桥大学剑桥研究所、Li Ka Shing Centre、Robinson Way、剑桥CB2 0RE、英国。
⁵欧洲分子生物学实验室、欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI、Wellcome Trust Genome Campus、剑桥CB10 1SD、英国迈克尔·史密斯实验室、不列颠哥伦比亚大学、加拿大温哥华V6T 1Z4。
⁶欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK Innovation Centre（Unit 23），剑桥科技园，NextMove Software Ltd，剑桥CB4 0EY，UK。
⁷欧洲生物信息学研究所欧洲分子生物学实验室EMBL-EBI，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK Bioengineering，UCSF Pharmacy School，San Francisco，CA 94158，USA。

PMID： 27153692
预防性维修识别码：项目经理4920114
内政部： 10.1093/生物信息学/btw096

反应解码器工具（RDT）：从化学反应中提取特征

赛义德·阿萨德·拉赫曼等。生物信息学. 2016.

.2016年7月1日；32(13):2065-6.

doi:10.1093/bioinformatics/btw096。 Epub 2016年2月22日。

附属公司

¹欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，威康信托基因组校园，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK Congenica Ltd，英国剑桥CB10 1SA，Hinxston，Wellcome信托基因组校园。
²欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，英国剑桥CB10 1SD欣克斯顿威康信托基因组校区。
^三欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK DISI，博洛尼亚大学，V.Le Risorgimento 2，意大利博洛尼亚。
⁴欧洲分子生物学实验室、欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI、Wellcome Trust Genome Campus、Hinxton、Cambridge CB10 1SD、英国癌症研究所、英国剑桥大学剑桥研究所、Li Ka Shing Centre、Robinson Way、剑桥CB2 0RE、英国。
⁵欧洲分子生物学实验室、欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI、Wellcome Trust Genome Campus、剑桥CB10 1SD、英国迈克尔·史密斯实验室、不列颠哥伦比亚大学、加拿大温哥华V6T 1Z4。
⁶欧洲分子生物学实验室，欧洲生物信息学研究所EMBL-EBI，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK Innovation Centre（Unit 23），剑桥科技园，NextMove Software Ltd，剑桥CB4 0EY，UK。
⁷欧洲生物信息学研究所欧洲分子生物学实验室EMBL-EBI，Wellcome Trust Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SD，UK Bioengineering，UCSF Pharmacy School，San Francisco，CA 94158，USA。

PMID： 27153692
预防性维修识别码：项目经理4920114
内政部： 10.1093/生物信息学/btw096

摘要

从生化反应中提取化学特征，如原子-原子映射（AAM）、键变化（BC）和反应中心，有助于我们了解酶反应的化学组成。反应解码器是一个强大的命令行工具，可以高精度地执行此任务。它支持标准的化学输入/输出交换格式，即RXN/SMILES，计算AAM，突出显示BC并创建映射反应的图像。这有助于分析代谢途径，并有助于根据这些特征对化学反应进行比较研究。

可用性和实施：此软件以Java实现，在Windows、Linux和Mac OSX上受支持，可在以下网站免费获得：https://github.com/asad/ReactionDecoder

联系人：: asad@ebi.ac.uk或s9asad@gmail.com。

©作者2016。牛津大学出版社出版。

PubMed免责声明

数字

图1
（a） RDT执行的AAM和产生的BC（即形成/裂解：C%C（环），订单变更：C%C*C=C，C-C*C=C）以及**（b）**反应中心在图像中以粉红色突出显示，其中相邻原子以绿色突出显示

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1. Chang A.等人（2015）《BRENDA在2015年：其成立25年的激动人心的发展》。核酸研究，43，D439–D446。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Faulon J.L，Bender A.（2010）《化学信息算法手册》。查普曼和霍尔/CRC，佛罗里达州博卡拉顿。
1. Gasteiger J.（ed.）（2003）《应用》，收录于《化学信息学手册：从数据到知识》4卷。Wiley-VCH，Verlag GmbH，德国Weinheim。
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[3] Chang A.等人（2015）《BRENDA在2015年：其成立25年的激动人心的发展》。核酸研究，43，D439–D446。-项目管理咨询公司-公共医学

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[5] Faulon J.L，Bender A.（2010）《化学信息算法手册》。查普曼和霍尔/CRC，佛罗里达州博卡拉顿。

[6] Faulon J.L，Bender A.（2010）《化学信息算法手册》。查普曼和霍尔/CRC，佛罗里达州博卡拉顿。

[7] Gasteiger J.（ed.）（2003）《应用》，收录于《化学信息学手册：从数据到知识》4卷。Wiley-VCH，Verlag GmbH，德国Weinheim。

[8] Gasteiger J.（ed.）（2003）《应用》，收录于《化学信息学手册：从数据到知识》4卷。Wiley-VCH，Verlag GmbH，德国Weinheim。

[9] Hatzimanikatis V.等人（2004）代谢网络：酶功能和代谢物结构。货币。操作。结构。生物，14300–306。-公共医学

[10] Hatzimanikatis V.等人（2004）代谢网络：酶功能和代谢物结构。货币。操作。结构。生物，14300–306。-公共医学

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