Integrating diverse databases into an unified analysis framework: a Galaxy approach

doi:10.1093/database/bar011

.2011年4月29日：bar011。

doi:10.1093/database/bar011。 2011年印刷。

将各种数据库集成到统一的分析框架中：银河方法

丹尼尔·布兰肯伯格¹, 内森·科拉尔, 格雷戈里·冯·库斯特, 詹姆斯·泰勒, 安东·内克鲁滕科; 银河队

附属公司

PMID： 21531983
预防性维修识别码：项目经理3092608
内政部： 10.1093/数据库/bar011

将各种数据库集成到统一的分析框架中：银河方法

丹尼尔·布兰肯伯格等。数据库（牛津）. 2011.

.2011年4月29日：bar011。

doi:10.1093/database/bar011。 2011年印刷。

作者

丹尼尔·布兰肯伯格¹, 内森·科拉尔, 格雷戈里·冯·库斯特, 詹姆斯·泰勒, 安东·内克鲁滕科; 银河队

附属

¹银河计划，美国宾夕法尼亚州大学公园。dan@bx.psu.edu

PMID： 21531983
预防性维修识别码：项目经理3092608
内政部： 10.1093/数据库/bar011

摘要

最近的技术进步使人们能够为模型生物和非模型生物生成大量数据。然而，在过去，为基因组数据提供服务的中央存储库数量相对较少，已经建立了越来越多的独特的专业数据存储库和资源。在这里，我们描述了一种通用方法，该方法将各种数据资源集成到统一的分析框架Galaxy中(http://usegalaxy.org). 这种方法允许简化外部数据资源与Galaxy用户可用的数据分析工具的耦合，同时利用外部数据资源的本地数据挖掘设施。数据库URL：http://usegalaxy.org。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
UCSC表格浏览器工具。UCSC表浏览器工具显示了其本机界面，因为它似乎已集成到Galaxy中(一). 简化的XML配置文件(B类)它向Galaxy描述了如何与数据资源通信。高级配置选项用于自定义数据集属性和增强用户体验。文件格式和基因组构建的值取自数据源提供的参数，并可供Galaxy访问。此外，当用户从Galaxy内部开始时，此配置会自动选择“将输出发送到Galaxy”选项。只需在tool_conf.xml文件中添加一行蓝色轮廓的内容，即可通知Galaxy加载该工具(C类).

**图2。**
UCSC表浏览器作为同步数据资源示例。此处以UCSC表浏览器为例，概述了典型的同步数据资源工具。基于UCSC表浏览器工具的XML配置文件（图1），Galaxy创建了一个新工具作为链接（用红色圈出），该链接引用Get data工具部分下的数据资源(一). 链接示例(B类)与构成它的参数一起描述所生成的；工具XML配置中提供的几个参数自定义了外部资源的初始接口。通过访问链接，用户在其web浏览器中被转发到本地UCSC表浏览器界面(C类). 一旦用户对其查询配置感到满意并选择了所需的格式选项(D类)，UCSC表浏览器生成表单(E类; 为了简单起见，一些参数已从原始HTML中删除，并有一个指向Galaxy服务器的操作。当Galaxy收到邮件时(F类)，将在用户历史记录中创建一个新的数据集。Galaxy收集请求中提供的参数，并在后台执行一个进程，将这些参数重新提交到表浏览器中提供的URL参数指定的位置；表浏览器的响应是Galaxy将用于填充新数据集的内容。

**图3。**
一个简单的NCBI序列检索工具。这个最小的工具界面(一：Galaxy工具说明和B类：Galaxy生成的用户界面）由一个文本框和一个选择列表组成，前者允许用户手动输入登录号，后者允许用户指定要搜索的目标序列数据库。当用户执行此工具时，一个简单的脚本(C类)由获取FASTA序列数据的Galaxy运行(D类)用于用户提供的登录号。添加了颜色匹配框，以指示面板中各种元素的相互关联性。

**图4。**
一包含1000基因组项目试点数据的银河图书馆。这些数据从1000 Genomes项目FTP服务器直接加载到Galaxy数据库中。当用户从库导入数据集时，不会复制磁盘上的基础文件。尽管特定导入数据集的每个副本都共享对磁盘上同一文件的引用，但用户可以根据需要自由修改其副本的元数据和属性。

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