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.2010年9月；28(9):935-42.
doi:10.1038/nbt.1666。 Epub 2010年9月9日。

路径数据共享的BioPAX社区标准

埃米克·德米尔 1, 迈克尔·P·卡里, 苏珊·佩利, 肯·福田, 克里斯蒂安·莱默, 伊姆雷·瓦斯特里克, 吴冠明, 彼得·德尤斯塔奇, 卡尔·谢弗, 乔安娜·卢西亚诺, 弗兰克·沙切勒, Irma Martinez-花色, 胡振军, 维罗妮卡·吉梅内兹-哈辛托, 吉塔·乔希·托普, 库马兰·坎达萨米, Alejandra C Lopez-Fuentes公司, 怀玉蜜, 埃尔加·皮克勒, 伊戈尔·罗德琴科夫, 安德烈亚·斯普伦迪亚尼, 萨沙·特卡切夫, 杰里米·祖克, 戈帕尔·戈皮纳斯, 哈沙·拉贾辛哈, 兰贾尼·拉马克里希南, 伊姆兰·沙阿, 穆斯塔法·赛义德, 纳迪娅·安瓦尔, 奥兹根·巴布尔, 迈克尔·布林诺夫, 埃里克·布劳纳, 丹·科尔文, 西尔瓦·唐纳森, 弗兰克·吉本斯, 总领事金瑞柏先生, 彼得·霍恩贝克, 奥古斯汀·卢纳, 彼得·默里-鲁斯特, 埃里克·诺伊曼, 奥利弗·吕贝克, 马提亚斯·桑瓦尔德, 马蒂恩·范·埃尔塞尔, 萨拉拉·维马拉通, 基思·艾伦, 伯克·布劳恩, 米歇尔·惠利罗（Michelle Whirl-Carrillo）, Kei-Hoi Cheung先生, 坎·达尔奎斯特, 安德鲁·芬尼, 马克·吉莱斯皮, 伊丽莎白·格拉斯, 李功, 罗宾·霍, 迈克尔·霍尼格, 奥利维尔·胡伯特, 戴卫·卡勒, 希瓦·克鲁帕, 马蒂娜·库特蒙, 朱莉·伦纳德, 黛比·马克斯, 大卫·默伯格, 维多利亚·佩特里, 亚历克斯·皮科, 迪安·拉文斯克罗夫特, 李亚仁, 尼甘·沙阿, Margot Sunshine公司, 汤唯, 瑞恩·沃利, 斯坦·莱托夫斯基, 肯尼思·布埃托, 安德烈·雷哲茨基, 文森特·沙赫特, 布鲁诺·S·索布拉尔, 乌古尔·多格鲁索斯, 香农·麦克维尼, 米里特·阿拉杰姆, 伊万·伯尼, 胡里奥·科拉多·维德斯, Susumu Goto公司, 迈克尔·哈卡, 尼古拉斯·勒诺维尔, 纳塔利亚·马尔采夫, 阿克希利什·潘迪, 保罗·托马斯, 埃德加·温根德, 彼得·D·卡普, 克里斯·桑德, 加里·德·巴德
附属公司

路径数据共享的BioPAX社区标准

埃米克·德米尔等。 Nat生物技术. 2010年9月.

勘误表in

  • 国家生物技术公司。2010年12月；28(12):1308
  • 国家生物技术公司。2012年4月；30(4):365. 奥利弗·鲁本纳克【更正为奥利弗·鲁贝纳克】

摘要

生物通路交换（BioPAX）是一种标准语言，用于在分子和细胞水平上表示生物通路，并促进通路数据的交换。路径数据量的快速增长刺激了数据库和计算工具的发展，以帮助解释；然而，这些数据的使用受到当前跨许多格式不兼容的数据库的路径信息碎片化的阻碍。通过社区进程创建的BioPAX通过使路径数据更容易收集、索引、解释和共享来解决这个问题。BioPAX可以代表代谢和信号通路、分子和遗传相互作用以及基因调控网络。通过使用BioPAX，越来越多的数据库可以提供来自许多生物体的数百万种相互作用，并将其组织成数千条路径。这种可计算形式的大量通路数据将支持可视化、分析和生物发现。

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数字

图1
图1
BioPAX是生物途径的共享语言。BioPAX减少了路径用户、数据库和软件工具之间高效沟通所需的工作量。如果没有共享语言，在最坏的情况下，每个系统都必须使用所有其他系统的语言（黑线）。使用共享语言，每个系统只需要使用该语言（中央红色框）。
图2
图2
BioPAX支持计算数据收集、发布和使用有关生物过程的信息。传统路径信息处理：考虑以文本和图形形式发布的先前模型的观察结果。可计算路径信息处理：科学家的描述使用正式的可计算框架（本体）表示，以计算机软件可读的格式发布，供科学家分析。
图3
图3
传统方法所代表的AKT途径（左上角，来自http://www.biocarta.com（生物艺术网）)，一个形式化的SBGN图(网址：http://www.sbgn.org84）（左），并使用BioPAX语言（右）。BioPAX表示的一个重要优点是，它可以由计算机软件进行解释，并以多种方式使用，包括自动图表创建、信息检索和分析。在线文档位于http://www.bioax.org包含关于如何表示不同类型的生物路径的更多详细信息。补充表S2和S3中提供了BioPAX OWL XML格式的实际路径数据样本。
图4
图4
BioPAX本体的高级视图。类显示为方框，箭头表示继承关系。BioPAX中的三种主要类是有色的，路径（红色）、交互（绿色）和物理实体和基因（蓝色）。为了简单起见，右上角仅显示了Protein类的属性作为示例。请参阅BioPAX文档，网址为http://www.bioax.org获取所有类和属性的完整详细信息。
图5
图5
以BioPAX格式使用路径信息的示例。红色方框或线条表示使用了BioPAX。
图6
图6
路径信息的流行标准格式之间的关系。BioPAX和PSI-MI设计用于数据库之间的数据交换以及路径和网络数据集成。SBML和CellML设计用于支持生物系统的数学模拟，SBGN表示路径图。
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