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案例报告
.2009年9月10日;361(11):1058-66.
doi:10.1056/NEJMoa0903840。 Epub 2009年8月5日。

急性髓系白血病基因组测序发现复发突变

附属公司
案例报告

急性髓系白血病基因组测序发现复发突变

伊莱恩·马尔迪斯等。 N英格兰J医学. .

摘要

背景:导致急性髓细胞白血病(AML)发病机制的DNA突变的全部补体尚不清楚。

方法:我们使用大规模平行DNA测序获得了AML原始、细胞遗传学正常、新生基因组的高覆盖率(约98%),该基因组具有最低成熟度(AML-M1)和匹配的正常皮肤基因组。

结果:我们在基因编码序列中发现了12个获得性(体细胞)突变,在基因组的保守或调控部分发现了52个体细胞点突变。所有突变似乎都是杂合的,并且几乎存在于肿瘤样本中的所有细胞中。64个突变中的4个发生在188个测试样本中的至少1个额外AML样本中。之前已经在AML患者中发现NRAS和NPM1的突变,但尚未发现其他两种突变。其中一个突变是IDH1基因,在187个额外检测的AML基因组中有15个存在,与正常细胞遗传学状态密切相关;80例细胞遗传学正常标本中有13例(16%)存在。另一种是基因组区域的非基因突变,在高等哺乳动物中具有调节潜力和保守性;我们在另外一个AML肿瘤中发现了它。我们测序的AML基因组包含大约750个点突变,其中只有一小部分可能与发病机制有关。

结论:通过比较AML-M1患者的肿瘤和皮肤基因组序列,我们确定了可能与发病相关的复发突变。

PubMed免责声明

利益冲突声明

Westervelt博士报告收到Celgene和Novartis的讲座费用;和DiPersio博士,接受Genzyme的咨询和讲座费用。未报告与本文相关的其他潜在利益冲突。

数字

图1
图1。急性髓系白血病基因组体细胞点突变鉴定流程图
Maq表示质量映射和组装、SNP单核苷酸多态性和SNV单核苷酸变体。
图2
图2。肿瘤DNA、肿瘤互补DNA和皮肤DNA中的等位基因频率
A组显示了在索引患者的10个经验证的非同义1级体细胞突变中,在肿瘤DNA、肿瘤互补DNA(cDNA)和皮肤DNA中检测到的变异等位基因的百分比。为了进行比较,显示了六种已知单核苷酸多态性(SNP)的变异等位基因频率。该患者前两个变异的参考序列为纯合子,后两个变异为杂合子,最后两个变异则为罕见SNP的纯合子。B组显示了所有经验证的1级和2级突变的变异等位基因频率,以及肿瘤DNA和皮肤DNA的六个控制SNP。

中的注释

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工具书类

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