GénoPlante-Info (GPI): a collection of databases and bioinformatics resources for plant genomics

doi:10.1093/nar/gkg060

.2003年1月1日；31(1):179-82.

doi:10.1093/nar/gkg060。

GénoPlante-Info（GPI）：植物基因组学数据库和生物信息学资源的集合

德尔芬·萨姆森¹, 织物Legeai, 艾曼纽尔·卡森蒂, 塞巴斯蒂安·雷布克斯, Jean-Baptiste Veyrieras公司, Jeremy只是, 伊曼纽尔·巴里略

附属公司

PMID： 12519976
预防性维修识别码：项目经理165507
内政部： 10.1093/nar/gkg060

GénoPlante-Info（GPI）：植物基因组学数据库和生物信息学资源的集合

德尔芬·萨姆森等。核酸研究. 2003.

.2003年1月1日；31(1):179-82.

doi:10.1093/nar/gkg060。

作者

德尔芬·萨姆森¹, 织物Legeai, 艾曼纽尔·卡森蒂, 塞巴斯蒂安·雷布克斯, Jean-Baptiste Veyrieras公司, Jeremy只是, 伊曼纽尔·巴里略

附属

¹Génoplante-Info，Unitéde Recherche Génnomique-Info公司，INRA，Infobigen，523 Place des Terrasses，F-91000 Evry，法国。delphine.samson@infobiogen.fr

PMID： 12519976
预防性维修识别码：项目经理165507
内政部： 10.1093/nar/gkg060毫克

摘要

Génoplante是法国公共研究所（INRA、CIRAD、IRD和CNRS）与私营公司（Biogemma、Bayer CropScience和Bioplante）之间的合作项目，旨在为作物物种（玉米、小麦、油菜、向日葵和豌豆）和模式植物（拟南芥和水稻）开发基因组分析程序。这些程序的输出形成了丰富的信息（基因组序列、转录组、蛋白质组、等位基因变异性、绘图和同工酶以及突变数据）和工具（数据库、接口、分析软件），正在Génoplante公共生物信息学资源中心进行整合并公开：Géno Plante-Info（GPI）。不断涌现的数据和工具会定期更新，并在未来两年内持续增长。可访问GPI数据库和工具，网址为http://genoplante-info.infobiogen.fr/。

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数字

图1
GPI EST contigs中导航的图形界面示例。在图纸上，共识序列以红色显示，对齐的EST如下所示。不匹配以黑色突出显示，可以放大到序列级别。颜色代码可以与文库或品种来源相匹配。注释（爆炸相似性）和其他特征（污染怀疑、重复元素……）也可以通过图形界面查看。左：序列转换。在图纸下方，表格显示了共识注释。

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[1] Samson F.、Brunaud，V.、Balzergue，S.、Dubreucq，B.、Lepiniec，L.、Pelletier，G.、Caboche，M.和Lecharny，A.（2002）FLAGdb/FST：拟南芥T-DNA转化子的定位侧翼插入位点（FST）数据库。核酸研究，30，94–97。-项目管理咨询公司-公共医学

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