The TIGR Gene Indices: analysis of gene transcript sequences in highly sampled eukaryotic species

doi:10.1093/nar/29.1.159

.2001年1月1日；29(1):159-64.

doi:10.1093/nar/29.1.159。

TIGR基因指数：高采样真核生物的基因转录序列分析

J夸肯布什¹, J Cho先生, D·李, F梁, I霍尔特, S卡拉米切娃, B帕尔维齐, G珀蒂亚, R苏丹, J白色

附属公司

PMID： 11125077
预防性维修识别码：项目经理29813
内政部： 10.1093/nar/29.1.159

TIGR基因指数：高采样真核生物的基因转录序列分析

J夸肯布什等。核酸研究. 2001.

.2001年1月1日；29(1):159-64.

doi:10.1093/nar/29.1.159。

作者

J夸肯布什¹, J Cho公司, D·李, F梁, I霍尔特, S卡拉米切娃, B帕尔维齐, G珀蒂亚, R苏丹, J白色

附属

¹基因组研究所，9712 Medical Center Drive，Rockville，MD 20850，USA。johnq@tigr.org

PMID： 11125077
预防性维修识别码：项目经理29813
内政部： 10.1093/nar/29.1.159

摘要

虽然基因组测序项目进展迅速，但EST测序和分析仍是鉴定和分类各种物种基因序列的主要研究工具，也是基因组序列注释的重要资源。TIGR基因指数(http://www.tigr.org/tdb/tgi。shtml）是一个物种特定数据库的集合，该数据库使用高度精细的协议来分析EST序列，以尝试识别该数据所代表的基因，并提供有关这些基因的附加信息。基因索引是通过对目标物种进行聚类，然后组装EST和GenBank中注释的基因序列来构建的。这一过程产生一组独特的、高保真的虚拟转录本，或暂定共识（TC）序列。TC序列可用于提供具有功能注释的假定基因，将转录本与绘图和基因组序列数据联系起来，提供同源和同源基因之间的联系，并作为比较序列分析的资源。

PubMed免责声明

数字

图1
人类的THC示例基因指数。共识序列以FASTA格式表示下面是基因序列（红色）和EST的位置包括组件，显示了它们各自的位置在程序集中。提供了到GenBank记录的链接，内部TIGR测序的所有EST的数据以及可通过以下途径获得的克隆ATCC。这个THC被分配了一个假定的ID“胰岛素受体抑制剂，肌肉'，因为它含有HT853（as以及GenBank中的基因序列）。

图2
TOGA中的TOG示例数据库。人类、小鼠和大鼠的TC都包含注释基因；小鼠和大鼠体内的病毒已被鉴定为“类沥青”人类基因被简单地注释为“HSPC162”牛TC仅由EST组成。严格的重叠标准用于构建TOG使得这些匹配不太可能是虚假的，并为之前未分类的人类和牛基因和EST序列。

图3
TC与具有序列的TIGR植物基因指数*拟南芥塔利亚纳*染色体II。一种假定酪蛋白激酶的编码序列II催化亚基与同一基因具有显著同源性在其他植物中*拟南芥*基因组学序列和各种工厂TC。这个基因很保守单子叶植物和双子叶植物。在一些人身上看到的多次命中物种可能代表Paralog、基因家族、选择性剪接形式或部分TC组件。

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1. Adams M.D.、Kelley J.M.、Gocayne J.D.、Dubnick M.、Polymeropoulos M.H.M.、Xiao H.、Merril C.R.、Wu A.、Olde B.、Moreno R.F.等人（1991）《互补DNA测序：表达序列标签和人类基因组项目》。《科学》，2521651-1656。-公共医学
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[5] Burke J.，Wang，H.，Hide，W.和Davison，D.B.（1998）基因索引项目中的替代基因形式发现和候选基因选择。基因组研究，8776-290。-项目管理咨询公司-公共医学

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[9] Liang F.、Holt，I.、Pertea，G.、Karamycheva，S.、Salzberg，S.L.和Quackenbush，J.（2000）EST序列分析的优化协议。核酸研究，28，3657-3665。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Liang F.、Holt，I.、Pertea，G.、Karamycheva，S.、Salzberg，S.L.和Quackenbush，J.（2000）EST序列分析的优化协议。核酸研究，28，3657-3665。-项目管理咨询公司-公共医学

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