架构 docsum_2005.xsd文件

架构位置：	ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/specs/docsum_2005.xsd
属性表单默认值：	不合格的
元素表单默认值：	有资格的
目标命名空间：	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum

元素

化验

装配

基本URL

组件

交换集

Fx设置

地图位置

主序列

卢比

Rs链接

Rs结构

学生

要素 化验

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	方法 分类学 应变 注释 引用
由使用	元素 交换集
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 手柄 xsd:string字符串          批处理 xsd:string          批ID xsd:int格式          批处理类型 推导依据：xsd:string          mol类型 来源：xsd:string          样本大小 xsd:int格式          人口 xsd:string          链接URL xsd:string

要素 分析/方法

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
儿童	例外
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 姓名 xsd:string          文档 提交人方法标识符 身份证 xsd:string          文档 dbSNP方法标识符

要素 化验/方法/异常

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 内容 简单的
注释	文档 对给定方法的偏差/添加的描述

要素 分析/分类

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 标识 xsd:int格式 需要       文档 变体的NCBI分类ID 有机体 xsd:string

要素 化验/菌株

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 无界的 内容 简单的

要素 分析/评论

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 1 内容 简单的

要素 含量测定/引用

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小Occ 0 最大OCC 无界的 内容 简单的

要素 装配

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	组件 SnpStat软件
由使用	元素 卢比
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 dbSnp构建 xsd:int格式 需要       文档 定义与此程序集对齐的rsid集的dbSNP内部版本号 基因组构建 xsd:string 需要       文档 带有可能的“子构建”版本号的组件构建号，以反映基因注释中的更新（人类，例如343、351、361） 组标签 xsd:string 可选       文档 程序集的高级分类，以区分参考项目和替代解决方案。有机体/特定于建筑的ContigInfo表中的GroupLabel字段。“参考”有时用作首选组件；随着更多生物基因组项目的完成，标准将趋于一致。请注意，某些有机体程序集名称包含扩展字符，如“~”和“/”，这些字符可能与操作系统文件名约定不兼容。 程序集源 xsd:string 可选       文档 生成程序集的组或组织的名称 电流，电流 xsd：布尔值          文档 标记当前基因组组装 参考 xsd:布尔值
注释	文档 基因组序列项目产生的基因组序列记录（精选基因区域（NG）、连接（NWNT）和染色体（NC/AC）的集合。结构由ContigInfo表填充。

要素 装配/SnpStat

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 地图权重 推导依据：xsd:string 需要       文档 装配中放置精度的综合测量 色度计数 xsd:int格式 可选       文档 地图集中不同染色体的数目 放置的轮廓计数 xsd:int格式 可选       文档 地图集中不同连接的数量[gi|accession[.version]] 取消放置ContigCount xsd:int格式 可选       文档 具有未知染色体分配的连续染色体的序列位置数 seqlocCount（序列计数） xsd:int格式 可选       文档 映射集中的序列位置总数 hapCount个 xsd:int格式 可选       文档 装配图集中对替代基因组单倍型（如HLA DR区、KIR或PAR等伪常染色体区）的命中数。请注意，在其他程序集中定义的单倍型上的位置（不同的assembly_group_label值）不会计入该值。

要素 基本URL

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	扩展xsd:string
属性	内容 复杂的
由使用	元素 交换集
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 URL ID xsd:int格式          文档 dbSNP_main.baseURL中的资源标识符。 资源名称 xsd:string          文档 链接资源的名称 资源ID xsd:string          文档 URL的资源需要标识符
注释	文档 dbSNP_main中的URL值。BaseURL链接表。属性提供在单个refSNP对象中引用的上下文信息和URL id。

要素 组件

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	地图位置
由使用	元素 装配
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 组件类型 来源：xsd:string          文档 成分类型：染色体、连续染色体、基因区域等。 ctgId xsd:int格式          文档 dbSNP contig_id用于将contig命中/映射集数据连接到这些程序集属性 加入，加入 xsd:string          文档 序列组件的访问[.version] 名称 xsd:string          文档 contig名称定义为提交者本地id、整个基因组集合的元素或内部NCBI本地id 染色体 xsd:string          文档 生物体适当的染色体标签，“Un”保留用于未放置组件的默认情况 开始 xsd:int格式          文档 染色体上的成分起始位置（以0为基数） 结束 xsd:int格式          文档 染色体上的成分结束位置（以0为基数） 定向 推导依据：xsd:string          文档 在ContigInfo.orient中，此组件相对于染色体的方向，正向（fwd）=0，反向（rev）=1，未知=NULL。 吉 xsd:string          文档 NCBI gi表示核苷酸序列的成分序列（相当于登录版本）。 组术语 xsd:string          文档 基因组集合的标识符标签，用于定义此地图集中的contigs及其在生物体基因组中的位置。 连续标签 xsd:string          文档 显示组件标签

要素 Exchange集合

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	源数据库 卢比 化验 查询 总结 基本URL
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 集合类型 xsd:string          文档 设置类型：完全转储；来自查询；单个参考SNP 设置深度 xsd:string 可选       文档 内容深度：简短XML（仅refSNP属性和subSNP元素内容摘要）；完整XML（完整refSNP，完整subSNP内容；所有侧翼序列） 规范版本 xsd:string          文档 docsum.asn/docsum.dtd规范的版本号 dbSnp构建 xsd:int格式          文档 此导出的数据库内部版本号 生成 xsd:string          文档 生成日期
注释	文档 dbSNP refSNP文档集

要素 ExchangeSet/SourceDatabase

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 税号 xsd:int格式 需要       文档 变体的NCBI分类ID 有机体 xsd:string 需要       文档 用作数据库名称一部分的物种的通用名称。 数据库管理组织缩写 xsd:string字符串          文档 dbSNP中使用的有机体缩写。 gpipeOrgAbbr公司 xsd:string          文档 NCBI基因组管道数据转储中使用的有机体缩写。

要素 ExchangeSet/查询

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 1 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 日期 xsd:string          文档 日期格式 字符串 xsd:string          文档 查询术语或搜索约束

要素 ExchangeSet/摘要

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef公司 0 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 数量RSID xsd：整数 可选       文档 此交换集中的refsnp-id总数 总序列长度 xsd:整数 可选       文档 样本侧翼序列的总长度 轮廓点击数 xsd：整数 可选       文档 SNPContigLoc的连续位置总数 基因命中数 xsd：整数 可选       文档 SNPContigLocusId中的位点ID总数 数字GiHits xsd：整数 可选       文档 MapLink的gi点击总数 num3d结构 xsd：整数 可选       文档 SNP3D中的3D结构总数 通道频率数 xsd：整数 可选       文档 SubPopAllele的等位基因频率总数 点击次数 xsd：整数 可选的       文档 来自SnpInSts的STS点击总数 UnigeneCids数量 xsd：整数 可选的       文档 UnigeneSnp中的unigene群集ID总数

要素 Fx设置

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
由使用	元素 地图位置
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 基因ID xsd:int格式          文档 与contig对齐的基因的gene-id 符号 xsd:string          文档 基因符号（如果Entrez Gene中存在，则为官方符号） mrnaAcc公司 xsd:string          文档 转录物变异时的mRNA加入 naVer先生 xsd:int格式          文档 mRNA序列版本（如果转录中存在变异） protAcc公司 xsd:string字符串          文档 蛋白质变异时的蛋白质加入 保护 xsd:int格式          文档 蛋白质变异时的蛋白质版本 fxn类 推导依据：xsd:string          读取框架 xsd:int格式          等位基因 xsd:string          文档 变异等位基因：*后缀表示该位置重叠群的等位基因 残渣 xsd:string          文档 等位基因的翻译氨基酸残基 aa位置 xsd:int格式          文档 肽序列中变异残基的位置
注释	文档 SNP（以及可能的等位基因）与相邻位置基因的功能关系，如特定于生物体的bxxx_SNPContigLocusId_xxx表中所定义。

要素 地图位置

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	Fx设置
由使用	元素 组件 主序列
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 asn来自 xsd：整数 需要       文档 作为contig特征的变化开始 asTo（收件人） xsd：整数 需要       文档 作为contig特征的变量结束位置 位置类型 推导依据：xsd:string 需要       文档 如果asn_from！=，则定义seq-loc符号asn_到 aln质量 xsd：双精度 可选       文档 对准质量 定向 推导依据：xsd:string 可选       文档 refSNP序列对contig序列的定向 物理映射Int xsd:int格式          文档 染色体位置作为整数进行排序 左侧侧面邻居位置 xsd:int格式          文档 snp 5′侧翼序列中的最近对齐位置 右侧侧翼邻居位置 xsd:int格式          文档 snp侧翼序列中最近对齐位置 左侧轮廓相邻位置 xsd:int格式          文档 snp 5'连续对准中的最近对准位置 右轮廓相邻位置 xsd:int格式          文档 snp 3'连续对准中的最近对准位置 不匹配的数量 xsd:int格式          文档 此路线中不匹配位置的数量 删除次数 xsd:int格式          文档 此路线中的删除数 插入次数 xsd:int格式          文档 此路线中的插入数
注释	文档 连续变量的单次命中位置

要素 主序列

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	地图位置
由使用	元素 卢比
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 dbSnp构建 xsd:int格式 需要       吉 xsd:int 需要       源 推导依据：xsd:string          加入，加入 xsd:string

要素 卢比

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	赫特 验证 创建 更新 顺序 学生 装配 主序列 Rs结构 Rs链接 合并历史记录
由使用	元素 交换集
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 rsId（rsId） xsd:int格式 需要       文档 参考SNP（rs）编号 snp类别 推导依据：xsd:string 需要       snp类型 推导依据：xsd:string 需要       mol类型 推导依据：xsd:string 需要       有效ProbMin xsd:整数 可选       文档 集群中所有提交的最小报告成功率 有效ProbMax xsd：整数 可选       文档 集群中所有提交的最大报告成功率 基因型 xsd：布尔值 可选       文档 该参考SNP至少报告了一个基因型
注释	文档 定义refSNP集群的docsum结构，其中refSNP群集是指所有引用相同变体的单个dbSNP提交的分组。refsnp为NCBI资源（如参考基因组序列）的注释提供了一个统一的记录。

要素 卢比/赫特

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 1 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 类型 推导依据：xsd:string 必需的       文档 Est=根据等位基因频率估计的平均het，Obs=根据基因型数据观察 价值 xsd：浮点 需要       文档 杂合性 标准错误 xsd：浮点          文档 Het估计的标准误差

要素 Rs/验证

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
儿童	其他PopBatchId 两个Hit2AlleleBatchId
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 按群集 xsd：布尔值          文档 集群中至少有一个子节点提交了频率数据 按频率 xsd：布尔值          文档 集群有2+个提交，其中1+个提交是用非计算方法分析的 由OtherPop创作 xsd：布尔值          由2Hit2Allele提供 xsd：布尔值          文档 集群有2+个提交，其中1+个提交是用非计算方法分析的 按HapMap xsd：布尔值          文档 待定

要素 Rs/验证/其他PopBatchId

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:int格式
属性	isRef（参考号） 0 最小Occ 0 最大OCC 无界的 内容 简单的
注释	文档 其他pop-snp验证数据的dbSNP批id。

要素 Rs/验证/two Hit2AlleleBatchId

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:int格式
属性	isRef公司 0 最小OCC 0 最大OCC 无界的 内容 简单的
注释	文档 双命中snp验证数据的dbSNP批id。使用batch-id获取方法等。

要素 Rs/创建

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 建造 xsd:int格式          文档 创建集群时的内部版本号 日期 xsd:string          文档 日期格式
注释	文档 refsnp集群实例化的日期

要素 Rs/更新

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 最小Occ 0 最大OCC 1 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 建造 xsd:int格式          文档 更新集群时的内部版本号 日期 xsd:string          文档 日期格式
注释	文档 更新群集的最近日期（添加或删除成员）

要素 Rs/序列

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
儿童	序号5 观察 序号3
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 示例S xsd:int格式 需要       文档 dbSNP ss#被选为refSNP侧翼序列的源，ss#是ss-list的一部分

要素 Rs/序列/Seq5

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大Occ 1 内容 简单的
注释	文档 侧翼变化的5'序列

要素 Rs/序列/观察值

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 内容 简单的
注释	文档 ss-list成员中观察到的所有核苷酸等位基因列表，纠正反向报道的成员的反向互补

要素 Rs/序列/Seq3

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 1 内容 简单的
注释	文档 侧翼变化的3'序列

要素 Rs/合并历史

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 无界的 内容 复杂的
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 rsId（rsId） xsd:int 需要       文档 以前发布的rs-id，其成员分析现已合并 构建ID xsd:int          文档 将rs-id合并到父rs时生成id orientFlip（方向翻转） xsd：布尔值          文档 如果rs-id的链与父对象的当前链相反，则为TRUE

要素 Rs链接

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
由使用	元素 卢比
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 资源ID xsd:string 需要       文档 基本url列表.url_id 链接值 xsd:string 需要       文档 要附加到ResourceURL.base-url以获取完整链接的值
注释	文档 链接其他资源的数据

要素 Rs结构

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
由使用	元素 卢比
属性	姓名 类型 使用 默认值 固定 注释 protAcc公司 xsd:string          文档 蛋白质的变异加入 保护Gi xsd:int格式          文档 蛋白质的GI随变化 保护位置 xsd:int格式          文档 蛋白质GI的残基位置 原残留物 xsd:string          文档 蛋白质在蛋白-loc位置的指定残基 rs残留物 xsd:string          文档 变异序列指定的替代残留物 结构Gi xsd:int格式          文档 相邻结构的GI 结构位置 xsd:int格式          文档 结构GI的残留物位置 结构残留物 xsd:string          文档 蛋白质在结构位置的指定残基
注释	文档 SNP的结构信息

要素 学生

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	内容 复杂的
儿童	顺序
由使用	元素 卢比
属性	姓名 类型 使用 默认 固定 注释 ssId（ssId） xsd:int格式 必需的       文档 提交的dbSNP登录号 手柄 xsd:string 必需的       文档 提交实验室的标签 批ID xsd:int格式 需要       文档 批量提交的dbSNP编号 locSnpId xsd:string          文档 提交（ss#） 提交者ID subSnp类 推导依据：xsd:string          文档 按变异类型划分的SubSNP分类 定向 推导依据：xsd:string          文档 refsnp簇成员对refsnp聚类序列的定向 绞线 推导依据：xsd:string          文档 根据侧翼核苷酸序列的性质，链被定义为TOP/BOTTOM mol类型 推导依据：xsd:string          文档 批次表中的模具 构建ID xsd:int格式          文档 将ss#添加到refSNP（rs#）集群时的dbSNP内部版本号 方法类 推导依据：xsd:string          文档 用于检测变异的方法类别 已验证 来源：xsd:string          链接URL xsd:string          文档 将loc-snp-id附加到此基本URL以构造指向提交者数据的指针。
注释	文档 单个提交给dbSNP的数据

要素 Ss/序列

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
属性	isRef（参考号） 0 内容 复杂的
儿童	序号5 观察 序号3

要素 序列/序列5

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 1 内容 简单的
注释	文档 侧翼变化的5'序列

要素 Ss/序列/观察值

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 内容 简单的
注释	文档 ss-list成员中观察到的所有核苷酸等位基因列表，纠正反向报道的成员的反向互补

要素 Ss/序列/Seq3

图表
命名空间	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/docsum
类型	xsd:string
属性	isRef（参考号） 0 最小OCC 0 最大OCC 1 内容 简单的
注释	文档 侧翼变化的3'序列

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