图4

1. 稳定转染表达EGFP、FUS-DDIT3-EGFP或EWSR1-FLI1-EGFP的HT1080细胞系组蛋白修饰的免疫印迹分析（IB）。针对H3K27Ac、H3K17me3、H3K 4me3和组蛋白负载控制H4的抗体用于检测组蛋白修饰和针对EZH2的抗体，负载控制GAPDH用于评估催化PRC2量。用GFP抗体进行免疫印迹分析可以验证FET融合癌蛋白和EGFP的表达。显示了一个具有代表性的免疫印迹。图中显示了更多的免疫印迹，包括第二个稳定的生物复制和瞬时转染（24和48小时）后组蛋白修饰的分析电动汽车2A–D。
2. 显示根据免疫印迹相对每个相应的负载控制H4或GAPDH量化的蛋白质量（H3K27me3、H3K4me3、比率H3K17me3/H3K4me3、H3G27Ac和EZH2）的图表，归一化为亲本HT1080。平均值±扫描电镜显示了稳定转染的两个实验中的单个重复（见图4A、 和电动汽车2A和F）和两个瞬时转染实验（24和48小时，见图电动汽车2B和G），n个 = 4. 学生的t吨‐测试，ns=不显著*P（P） < 0.05, **P（P） < 0.01, ***P（P）<0.001。所有量化的原始数据，包括P（P）值显示为源数据。
3. SWI/SNF反对多梳复合体PRC2。PRC2的催化亚单位EZH2催化组蛋白H3（H3K27me3）上Lys27的三甲基化，这是一种与封闭染色质相关的染色质修饰，导致多梳调控基因的下调。FET与SWI/SNF的融合结合可能会损害SWI/SNF的功能，包括多梳对抗。特别是，当FUS‐DDIT3在HT1080细胞中过度表达时，基因下调（RNA‐seq数据，n个=3，与对照组相比，n个=4）EZH2敲除、NIPP1敲除和HDAC敲除以及SMARCE1空细胞系中BAF57（SMARCEl）重建后与上调基因集重叠。HT1080 wt的RNA-seq数据(n个=4），HT1080 EGFP(n个=4），HT1080 FUS‐ddid3‐EGFP(n个=3）和HT1080 EWSR1‐FLI1‐EGFP(n个=4），并使用分子签名数据库（MSigDB）分析>双重调控的基因。基因列表与基因集集合“化学和遗传扰动”进行了比较，源数据中显示了每次比较的前20个基因集。q个值（FDR调整P（P）‐值）在括号中表示。
4. 融合癌蛋白FET家族、靶向DNA序列和相关肿瘤的示意图。左图：FET N端融合伴侣并与SWI/SNF结合。中心：C末端转录因子融合伙伴及其DNA靶序列（JASPAR数据库）。右：由各自融合癌基因引起的肿瘤类型。注意每个融合癌蛋白的肿瘤类型特异性，FET‐NTD在某些实体中作为融合伙伴相互替换。随着越来越多的成员被不断发现，只有一部分FET家族融合癌蛋白和肿瘤被显示出来。

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