图4

a.（左）按KEGG分类比较L和S基因丢失。X轴是L基因的分数损失，y轴是S基因的分数损失。蓝线是基于全基因组平均值（56.4%）的预期L/S损失。红点表示损失程度较高的功能类别（χ²测试p<0.01）。品红点是显示高度保留的功能类别（p<0.01）。（右）组织WGCNA类别的类似散点图。请参见补充说明10.1以进行更详细的讨论。

b。日志的箱线图₁₀（升_tpm公司/S公司_{第三方物流管理})对于同源基因对，放大显示中值。左侧为卵巢和母体控制的发育时间点（分别为浅蓝色和深蓝色条），右侧为颧骨控制的发育时点和成年组织（分别为红色和绿色条）。红线显示相等比率日志₁₀(1). 平均而言，母体数据集中同源对的L基因表达比S高12%（中位数=0%），而合子组织和时间点表达同源对的L-基因比S高25%（中位数=1.8%）。平均值和中位数之间的差异由许多同源基因之间差异较大的基因解释，如扩展数据图8c在这里，为了说明合子表达中位数的差异，我们放大箱线图的中心。

c.（左）发育表达图和（右）后生景观环境霍克斯b4.L表达式为红色，S表达式为蓝色，热带的表达式以黑色显示。右侧面板显示了H3K4me3（绿色）和p300（黄色）ChIP-seq轨迹的基因组图谱，以及通过全基因组亚硫酸氢盐测序（灰色）确定的DNA甲基化水平。基因注释轨迹显示霍克斯b4L（顶部）和S上的基因。L和S基因组序列之间的保守性在基因注释轨迹之间以灰色显示。

d.（左）发育表达图和（右）后生景观环境数字L表达为红色、S表达为蓝色，热带的表达式以黑色显示。母亲的少量表达麻木的，麻木的。L（左）重复之间是一致的。除了介绍的轨道外c），右侧面板显示RNA聚合酶II（RNAPII；紫色）和H3K36me3（蓝色）ChIP-seq剖面。

e、。GFP表达的代表性胚胎六个六角-CNE或六个六角不锈钢-CNE与基础启动子GFP盒连接(六个六角-CNE:GFP和六个6.S-CNE:GFP）。原位杂交检测GFP的表达。半定量图像分析显示，它们的平均表达水平存在显著差异（p<0.01）；由驱动的表达式六个六角不锈钢-CNE（n=27）比六个六角-眼部CNE（n=32）。鉴于其内源性表达的眼睛特异性模式六个6基因可能有额外的沉默物来限制眼睛中CNE的增强子活性。