图1

A）ProHits系统由两个主要模块组成数据管理模块和分析师模块。设施中的所有质谱仪都可以连接到ProHits：在文件转换和数据库搜索之后，执行质谱数据的定时备份。DIA识别由DIA-Umpire和光谱匹配工具MSPLIT-DIA支持。肽和蛋白质鉴定结果被解析为Analyst模块中定义的Sample。样本在项目→诱饵→实验→样本层次中定义。不同项目的权限在“管理”部分中分配给用户。B）通过ProHits使用SAINT进行蛋白质相互作用分析的示意性工作流程。在项目中，用户定义应该分析哪些样本，并指定哪些是控件。选择SAINT版本（SAINTexpress或标准SAINT）以及可选参数和样本压缩级别。SAINT使用定量矩阵推导相互作用的概率。使用SAINT进行分析后，数据可以从ProHits本身可视化或存储在存储库中。