ABSOLUTE方法验证和比较a-d ABSOLUTE和ASCAT在4次验证分析中的表现RMSE:均方根误差。P(P)-使用配对单侧Wilcoxon检验(*:P(P)< 0.05, **:P(P)< 0.001). 请参见补充说明1用于ASCAT2.1协议。
a、,37例原发性肿瘤样本基于FACS的倍性测量与推断的倍性估计。虚线表示年=x个.
b、,基于SKY的33种癌细胞系倍性测量与推断的倍性估计。数据显示如下一.
c、,所示33个细胞系的估计纯度(b)虚线水平线表示真实性(1.0)。
d、 两种细胞系的癌-正常DNA混合实验结果。每个癌细胞系的DNA以不同比例与匹配的B淋巴细胞的DNA混合(x个-轴)。(顶部)预测与真实DNA混合分数与年=x个线(虚线)。(底部)预测的癌症细胞系倍性与混合物纯度。几个样本的复制文件被曲解了(x);RMSE计算中没有包括这些点。倍性估计值与之前SKY对这些细胞系的分析基本一致:网址:http://www.path.cam.ac.uk/~木鱼/细胞%20line%20cataloges/breast-cell-lines.htm.
e、 组织学肿瘤中白细胞甲基化特征富集低估了纯度。HGS-OvCa样本根据所示的组织学纯度评估进行分组(x个-轴)33黑色水平线表示各组的中位纯度,由ABSOLUTE估算(年-轴)。每个点的颜色对应于样本甲基化特征与纯化白细胞相似的程度(在线方法)。