HMGB1包含两个折叠的DNA结合基序，称为A盒和B盒。它的尾巴呈酸性，含有一串谷氨酸和天冬氨酸。HMGB1是一个高度保守的跨物种，小鼠和人类之间的序列同源性超过98%。HMGB1有三个半胱氨酸，其中两个位于A框中的23和45位，另一个位于B框中的106位。此外，HMGB1包含两个NLS，一个位于A框中（aa 28–44），另一个位于B框中（aa 179–185）。K、 高乙酰化目标赖氨酸。
